19 에피소드
1. 미지의 섬

1. 미지의 섬
마사코, 마스터 우, 클러치 파워스 교수가 미지의 섬에서 탐사하던 중 사라진다. 닌자들은 그들의 흔적을 뒤따라가는데...
2. 스톤을 지키는 자들

2. 스톤을 지키는 자들
가까스로 섬에 도착한 닌자들은 정글에서 뜻하지 않게 드래곤과 친구가 되지만, 살아있는 돌기둥의 습격을 받는다.
3. 제물이 된 제이

3. 제물이 된 제이
닌자들은 스톤의 파수꾼들에게 붙잡힌다. 그러나 파수꾼들은 제이만큼은 아주 소중하게 대접한다. 혼자 탈출한 로이드는 친구들을 구할 계획을 세운다.
4. 워지라의 이빨

4. 워지라의 이빨
제이는 섬을 위협하는 큰 뱀을 달래기 위한 제물로 바쳐진다. 그러나 다른 닌자들은 섬에서 뭔가 수상한 낌새를 차리는데...
5. 거대한 충격

5. 거대한 충격
니야는 원소 에너지 능력을 잃게 되고, 닌자들은 그 이유를 찾아 나서던 중, 이 일이 원래 물의 마스터였던 니야의 엄마와 관련있음을 알게 된다.
6. 심해에서 보내는 신호

6. 심해에서 보내는 신호
니야의 엄마, 마야는 니야의 힘을 되찾아주기 위해 사원으로 온다. 쟌, 픽셀은 수상한 파동이 일어난 출처를 알아내는데...
7. 가라앉지 않는 배

7. 가라앉지 않는 배
닌자들은 니야의 능력을 방해하는 수상한 에너지 신호가 잡히는 곳을 알아내기 위해 잠수함을 타고 출발한다.
8. 깊은 바닷속 악당

8. 깊은 바닷속 악당
니야와 마야는 에너지 파동이 나오는 곳을 발견하고, 새로운 악의 존재를 만나게 된다.
9. 칼마르의 분노

9. 칼마르의 분노
니야와 마야는 칼마르 왕자에게서 벗어나려 하지만 실패하고, 칼마르 왕자는 자신의 자애로운 아버지, 트리마르 왕을 배신하고 권력을 잡는다.
10. 새로운 왕의 등장

10. 새로운 왕의 등장
왕이 된 칼마르는 멀로피안 족을 속여, 닌자들을 도망자 신세로 만든다.
11. 멀로피아 탈출 작전

11. 멀로피아 탈출 작전
벤토마르의 도움을 받아 궁전을 빠져 나온 닌자들은 물의 전함으로 향한다.
12. 벤토마르 이야기

12. 벤토마르 이야기
벤토마르의 비극적인 사연... 거듭된 배반, 배신 속에서도 희망이 엿보인다.
13. 폭풍의 스톤

13. 폭풍의 스톤
니야와 닌자들은 칼마르보다 먼저 폭풍의 스톤을 손에 넣기 위해 급히 길을 나선다.
14. 스핑크스의 수수께끼

14. 스핑크스의 수수께끼
닌자고 시티에 있던 마스터 우, 카이, 레이, 마사코가 진짜 스톤을 손에 넣기 위해 탐험가 클럽으로 향한다.
15. 신문팔이 소녀

15. 신문팔이 소녀
닌자고 시티를 공격하려던 칼마르 왕자는 뜻밖의 방해 인물을 만난다.
17. 폭풍 전야

17. 폭풍 전야
칼마르는 워지라를 깨우고, 닌자고 시티를 파괴하기 위해 나선다.
18. 닌자고 시티 총격전

18. 닌자고 시티 총격전
닌자들은 시민들을 대피시키는데 온힘을 쏟고, 칼마르는 닌자고 시티를 공격하기 시작한다.
19. 니야드

19. 니야드
닌자들이 워지라의 힘에 밀리자, 니야는 제이와 도시를 구하기 위해 최후의 일격을 준비한다.
20. 역전의 순간

20. 역전의 순간
니야는 닌자들을 이끌고 칼마르와 워지라에게 맞서 마지막 전투를 벌여 닌자고 시티를 구하려고 한다.













