Dans un futur indéterminé. La guerre contre les machines s'est intensifiée. Les humains sont forcés d'affronter en permanence des machines déterminées à les réduire en esclavage. Une terrifiante nouvelle tombe : 250 000 sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, est désigné pour sauver ses congénères. Il ne lui reste...