Anno 2015: un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili. L'ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell'Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da combattimento umanoide multifunzione, l'arma definitiva, l'Evangelion.
