Jede Nacht verwandeln sich die Straßen in eine lebensfeindliche Gegend. Yuuki Makoto dagegen, welcher um Mitternacht in dieser Stadt ankommt, nimmt das gelassen. Erst als sein Wohnheim von einer Horde starker Shadows angegriffen wird, begreift er die Bedrohung. Doch plötzlich entfesselt Yuuki ungeahnte Kräfte und beschwört ein sogenanntes „Persona", das es mit allen Gegner aufnehmen kann.
