Stargate Atlantis

Teamet reddes med ankomsten av oberst Steven Caldwell, Daedalus og ødeleggelsen av de to Skrømt-skipene som nærmer seg. McKay håper at nullpunktmodulen vil være nøkkelen til suksessen deres, samtidig som Ford virker unormal etter en ulykke.

Sheppard begynner å tvile på ting når merkelige funksjonsfeil begynner å skje etter at teamet returnerer fra jorden. Teamet opdager at Daedalus er infisert med et Skrømt-virus, som får skipet til å gå inn i overlevelsesmodus.

Søket etter ltn. Ford fører Sheppard og Teyla til planet P3M-736 der de blir fanget av Ronon Dex, en mann på rømmen, jaget av skrømtene. Teamet tilbyr å hjelpe Ronon, og går mot skrømtene enda én gang.

Mens på planeten Thenora, blir teamet sjokkert når McKay og marineoffiser Cadman plutselig tas om bord i en Skrømt-dart. Når teamet skyter ned darten, oppdager de at en teknisk feil has satt Cadmans bevissthet i McKays kropp.

Teamet oppdager en planet med grusom straff for alle som begår en forbrytelse; de plasseres nær Stargate for å bli tatt av skrømtene. Dette viser seg å være for effektivt, og tvinger samfunnet til å sette uskyldige i fengsel for å glede skrømtene.

Teamet oppdager restene av et eksperiment de Eldgamle jobbet med for å skape en ultimat strømgenerator og McKay tror han kan fullføre det de Eldgamle startet. Teyla og Ronon oppdager at Ronon ikke er den siste av sitt folk.

Beckett eksperimenterer med en ny behandling som kan gjøre skrømtene til mennesker. Teamet finner en ung Skrømt-jente som kan være Becketts første pasient. Jenta, oppdratt av et menneske, er ivrig etter og uredd for å prøve alt.

Etter å ha blitt injisert med Becketts Skrømt-behandling, er Sheppards liv i fare da han sakte forvandles til en Iratus-insekthybrid. Teamet haster for å finne en kur og reversere bivirkningene, men til slutt kan det være opp til Sheppard.

Sheppard (Joe Flanigan) og teamet oppdager et krigsskip fra de Eldgamle, kalt Aurora, som eksisterer i suspendert animasjon. Sheppard border via et virtuelt miljø i håp om å lære verdifull informasjon fra de Eldgamle.

Teamet kidnappes av ingen andre enn ltn. Aiden Ford, som har samlet sitt eget team av supersoldater, menn som har tatt Skrømt-enzymet. Fords team mener å ødelegge et flokkskip for å bevise hvor utrolig og kraftig enzymet er.

Teamet tas som gisler av skrømtene etter at et forsøk på å ødelegge Flokken mislykkes. Sheppard står snart foran Skrømt-dronningen, som vil ha svar. McKay returnerer til Atlantis i håp om å overbevise vaktene om å hjelpe med å redde teamet.

Teamet oppdager et apparat skapt av de Eldgamle, uten advarsel, som trekker inn Sheppard. Idet teamet haster for å frigjøre ham fra det merkelige stedet han sitter fast på, oppdager McKay at tiden beveger seg annerledes på innsiden.

Teamet haster for å forpurre Goa’uld-enes plan om å ødelegge Atlantis etter at gen. maj. Landry informerer dem om en bombe har blitt plantet, utløst for å detonere neste gang teamet drar til Jorden. Samtidig er to Skrømt-skip på vei mot Atlantis.

Mens de tester et nylig reparert dvergskip, mister McKay og kaptein Hugh Griffin plutselig kontroll over skipet og krasjer i havet. Idet skipet begynner å synke sakte mot bunnen av havet, ofrer Griffin seg selv for å redde McKay.

Sheppard og teamet oppdager en verden som har teknologi skapt av de Eldgamle. Men planetens kongelige familie lar ikke noen andre bruke teknologien, og behandler landsbyboerne med lite aktelse.

Teamet oppdager to livskapsler som flyter i rommet. Ved nærmere undersøkelse, overfører teamet ved et uhell hjernene til individene inn i Sheppard og Weir. Ting blir verre når teamet oppdager at de to personene vil ødelegge hverandre.

Ob. Sheppards team kalles i all hast til M1K-177, der maj. Lornes team har blitt angrepet. Når Sheppard og enheten hans ankommer finner de imidlertid bare en brent bygning som inneholder forkullede lik, som de antar er Lorne og mennene hans.

Ltn. Kenmore våkner på sykestua uten noen minner. Han begynner å tro at noe er galt når marerittene hans om å være et Skrømt virker mer enn ekte. Frykten hans ville være grunnløs, om ikke for serumet som gjør Skrømt til mennesker.

Sheppard og teamet besøker planeten Taranis på invitasjon fra to ledende borgere, dr. Norina Pero og kansler Lycus, som vil at McKay skal reparere en sviktende skjoldgenerator på en Eldgammel-base og et Eldgammel-krigsskip de har oppdaget.

Kenmore kommer tilbake til Atlantis med en gruppe Skrømt, midt i en krig. Kenmore, som håper å utnytte kunnskapen sin om Atlantis mot Sheppard og teamet, foreslår en handel; Becketts serum, i bytte mot å holde Atlantis skjult.