Stargate Atlantis

Kun liitto wraithien kanssa kostautuu, tiimin pitää pysäyttää kaksi Maahan suuntaavaa pesäalusta. Weir antaa hyökkäyskäskyn samalla kun Sheppard joutuu tukeutumaan Michaeliin pelastaessaan McKayta ja Rononia, jotka joutuivat vangeiksi.

Tiimin onnistuu muuttaa kokonaisen pesäaluksen wraithit ihmisiksi käänteisviruksella. Tiimi palaa Atlantikseen mukanaan vangit staasissa. Weir jatkaa johtajan virkansa puolustamista joutuessaan valvontakomitean itsenäiseen tutkintaan.

Tiimi päätyy kylään, jolla on kunnioitettu johtaja. Beckett mieltyy isäntäänsä nopeasti ja tuo tämän Atlantikseen. Pian McKay kuitenkin huomaa, että Lucius käyttää jonkinlaista feromonia lumotakseen seuralaisensa.

Kylää tutkiva tiimi joutuu hyökkäyksen kohteeksi, sillä Ronon houkutteli wraitheja sinne tietämättään. Kyläläiset vapauttavat Sheppardin ja Teylan kokoamaan iskuryhmän. Kylä on hävitetty heidän palatessaan.

Tri McKay löytää viittauksen muinaisten hylättyyn koeasemaan. Paikan päällä tiimi löytää suurkaupungin, jonne mahtuu miljoonia muinaisia. Liittoa innokkaasti tarjoava Weir järkyttyy, kun heidän johtajansa Oberoth kieltäytyy.

Weir herää Washingtonin ulkopuolella sijaitsevassa psykiatrisessa sairaalassa ja tajuaa järkytyksekseen kuvitelleensa koko Atlantis-matkansa viimeiseltä kahdelta vuodelta. Käy ilmi, että auto-onnettomuus aiheutti hänelle harhaluuloja ja psykoosin.

Tiimi kutsutaan eräälle planeetalle koodiviestillä, ja he joutuvat Kolyan väijytykseen. Hän on luonut oman genii-ryhmittymänsä tultuaan häädetyksi sisäpiiristä. Vaikka muu tiimi onnistuu pakenemaan, Sheppard otetaan vangiksi.

McKayta pyydetään suostuttelemaan vieraantunut sisarensa Jeannie Miller auttamaan ilmavoimia. McKay sekä Jeannie matkaavat Atlantikseen, ja heidän kokeensa onnistuu aluksi, kunnes rinnakkaisuniversumista ilmestyy toinen McKay.

Majuri Leonardin ryhmä ei ole ilmoittautunut Atlantikselle tehtävällään. McKay seuraa energialukemia etsiessään majuri Leonardia ja tämän miehiä. McKay johtaa tiimin luolaan, jossa energiapiikin aiheuttajaksi paljastuu wraith-generaattori.

Heränneet muinaiset tapaavat O’Neillin ja Woolseyn sekä kiittävät heitä kaupungista huolehtimisesta, mutta myös pyytävät heitä poistumaan Atlantiksesta. Ronon ja Teyla jäävät Pegasus-galaksiin, mutta muilla on vaikeuksia jatkaa elämää Maassa.

O’Neill ja Woolsey ovat replikaattorien verisen kumouksen ainoat eloonjääneet. He piileksivät kaupungin hylätyssä osassa. He tietävät Landryn määräävän ydinaseiskun, mikäli Atlantis vallataan, ja odottavat kohtaloaan vähin äänin.

Teyla alkaa nähdä näkyjä hätääntyneistä muinaisista ja uskoo heidän olevan niiden muinaisten aaveita, jotka replikaattorit teurastivat hiljattain. McKay uskoo löytäneensä valaan, joka pelasti hänet vuosi sitten hänen jäätyään uppoavaan alukseen.

Tiimi kuulee suuresta soturista, jonka kerrotaan päihittäneen sekä geniitä että wraitheja. He toivovat saavansa hänestä uuden liittolaisen. Kun suuri soturi paljastuukin Luciukseksi, he arvelevat hänen turvautuneen tavallisiin kujeisiinsa.

Virtaa säästääkseen McKay sammuttaa toissijaiset järjestelmät, jotka muinaiset aktivoivat ennen kuin replikaattorit surmasivat heidät. McKayhin osuu vahingossa energiasäde salaperäisestä laitteesta.

Lorne löytää planeetan, jonka kiertoradalla on kymmenittäin satelliitteja. Planeetan asukit ovat jämähtäneet renessanssiajalle, ja heidän lipussaan komeilee McKayn naama. Tiimi tajuaa, että heidän löytämänsä peli voikin olla jotain paljon suurempaa.

McKay tutkii hylättyä avaruusasemaa ja herättää vahingossa sikäläisen tiedemiehen staasista. Tämä selittää tiimille, että asema oli hänen kansansa viimeinen keino, jolla välttyä joutumasta wraithien teurastamaksi.

Tiimi nauttii luppoajastaan parhaansa mukaan, kun koko kaupungille määrätään vapaapäivä. Salamyhkäinen räjähdys runtelee kaupunkia ilman varoitusta, jolloin pahaa-aavistamattomia asukkaita kuolee ja loukkaantuu.

Tiimi etsii merestä liikkuvaa geotermistä porausasemaa, jonka muinaiset jättivät uinumaan. Teyla tutkii asemaa varovasti ja uskoo aistivansa wraithin. Weir uskoo Teylan kärsivän paineesta ja hoputtaa tiimiä eteenpäin.

Atlantis-tiimi auttoi taranialaisia asettumaan uuteen kotiin ja tajuaa, ettei kylästä ole kuulunut aikoihin. Taranialaiset näyttävät hylänneen kylän, kunnes McKay havaitsee elonmerkkejä syvällä pinnan alla.

Tiimi järkyttyy, kun tähtiportilla varustettu satelliitti asettuu Atlantiksen kiertoradalle. Tähtiportti käynnistää energiasäteen ja alkaa hyökätä kaupunkiin. McKay ottaa muinaisista mallia ja päättää upottaa Atlantiksen takaisin mereen.