Stargate Atlantis

Setelah aliansi dengan Wraith kandas, tim Atlantis harus mencari cara untuk menghentikan dua Kapal Induk Wraith yang menuju Bumi. Weir memerintahkan untuk menyerang dan Sheppard mengandalkan Michael untuk membantunya menyelamatkan McKay dan Ronon.

Setelah berhasil mengubah seisi Kapal Induk Wraith menjadi manusia dengan retrovirus, tim kembali ke Atlantis bersama tawanan dalam keadaan stasis. Weir terus mempertahankan jabatannya di hadapan evaluasi independen yang dilakukan oleh IOA.

Tim menemukan desa dengan pemimpin yang disegani. Terpikat oleh pemimpin itu, Beckett membawanya ke Atlantis. Namun, semua tak seperti kelihatannya. Tak lama berselang, McKay sadar bahwa Lucius menggunakan feromon untuk memikat orang di sekitarnya.

Saat menjelajahi desa, tim tiba-tiba diserang dan ditawan karena Ronon memancing Wraith tanpa sadar. Penduduk desa membebaskan Sheppard dan Teyla, yang kemudian mengerahkan pasukan penyerang. Saat mereka kembali, desa itu sudah luluh lantak.

Dr. McKay menemukan referensi ke situs pengujian Ancient yang terbengkalai. Di sana, tim menemukan kota metropolitan yang didiami jutaan Ancient. Berhasrat untuk membentuk aliansi, Weir terkejut begitu pemimpin mereka, Oberoth, menolak tawarannya.

Terbangun di rumah sakit jiwa di pinggiran DC, Weir terkejut saat mengetahui bahwa seluruh pengalamannya di Atlantis selama dua tahun terakhir hanyalah imajinasinya. Kecelakaan mobil membuatnya menderita psikosis delusi.

Dipanggil ke planet oleh kode komunikasi, tim disergap oleh Kolya yang kini menciptakan faksi Genii-nya sendiri setelah dipaksa keluar dari lingkaran dalam. Meskipun anggota tim lainnya berhasil melarikan diri, Sheppard ditawan.

McKay dipanggil pulang ke Bumi untuk meyakinkan adiknya yang diasingkan, Jeannie Miller, untuk membantu Angkatan Udara. McKay dan Jeannie bergerak menuju ke Atlantis. Pada awalnya, eksperimen berhasil, sebelum McKay dari semesta paralel muncul.

Tim Mayor Leonard gagal kontak dengan Atlantis saat menjalankan misi. Mengikuti deteksi energi dengan harapan menemukan Mayor Leonard dan timnya, McKay memimpin tim ke dalam gua dan mendapati bahwa penyebab lonjakan energi adalah generator Wraith.

Ancient yang terbangun bertemu dengan O'Neill dan Woolsey. Setelah berterima kasih karena menjaga kota, mereka diminta untuk meninggalkan Atlantis. Saat Ronon dan Teyla menetap di Pegasus, yang lainnya berjuang untuk melanjutkan kehidupan di Bumi.

O'Neill dan Woolsey, penyintas kudeta berdarah Replicator, bersembunyi di sisi kota yang terbengkalai. Tahu bahwa Landry mendapat mandat untuk menuklir Atlantis jika situasi genting muncul, keduanya bersembunyi sambil bertaruh nasib.

Teyla mulai melihat penampakan orang-orang zaman dahulu yang menderita dan meyakini bahwa mereka adalah hantu Ancient yang ditumpas Replicator. McKay yakin bahwa ia menemukan paus yang menyelamatkannya tahun lalu saat terjebak dalam genangan air.

Mendengar tentang pejuang hebat dengan kisah heroik mengalahkan Genii dan Wraith, tim mencarinya dengan harapan dapat membentuk sekutu baru yang kuat. Saat mengetahui bahwa pejuang ini adalah Lucius, mereka yakin ia akan melakukan trik lamanya lagi.

Mencoba menghemat daya dengan mematikan semua sistem yang tidak penting yang diaktifkan oleh Ancient sebelum ditumpas oleh Replicator, McKay terkena pancaran energi dari perangkat misterius secara tak sengaja.

Lorne menemukan planet dengan puluhan satelit di orbitnya. Namun, penghuni planet ini tak lebih maju dari periode renaisans dan benderanya bergambar wajah McKay. Tim menyadari bahwa permainan yang ditemukan mungkin lebih dari sekadar permainan.

Saat menyelidiki stasiun luar angkasa yang ditinggalkan, McKay tak sengaja membangunkan ilmuwan. Ilmuwan menjelaskan bahwa pangkalan tersebut adalah upaya terakhir bangsanya untuk menghindari pemusnahan oleh Wraith.

Seluruh kota diperintahkan untuk cuti dan tim pun bersantai untuk menikmati waktu luang mereka. Tanpa peringatan, sebuah ledakan misterius mengguncang kota dan menewaskan serta melukai warga yang tidak menaruh curiga.

Tim mencari stasiun pengeboran panas bumi peninggalan Ancient. Saat menjelajahi stasiun itu, Teyla merasakan kehadiran Wraith. Weir, yang yakin bahwa itu hanyalah halusinasi, meminta tim untuk terus maju.

Setelah membantu merelokasi suku Taranan, tim Atlantis menyadari bahwa mereka belum mendengar kabar dari desa tersebut. Tampaknya, suku Taranan baru saja meninggalkan desa mereka sampai akhirnya McKay mendeteksi tanda kehidupan di bawah permukaan.

Tim terkejut ketika satelit yang mengangkut Stargate mengorbit di atas Atlantis. Ketika Stargate mulai memancarkan sinar energi yang menyerang kota, McKay menenggelamkan Atlantis kembali ke lautan.