I den femte sæson af The Last Ship er verden ved at komme sig efter den dødelige virus, der har ødelagt befolkningen, men der er stadig uro på verdensplan. Tom Chandler er gået på pension, og hans tidligere besætning er spredt, og mange af dem rejser sig i flåden. Sasha, Danny, Wolf og Azima er på en hemmelig mission i Panama, da de bliver uretmæssigt anklaget for et angreb.
I den femte sæson af The Last Ship er verden ved at komme sig efter den dødelige virus, der har ødelagt befolkningen, men der er stadig uro på verdensplan. Tom Chandler er gået på pension, og hans tidligere besætning er spredt, og mange af dem rejser sig i flåden. Sasha, Danny, Wolf og Azima er på en hemmelig mission i Panama, da de bliver uretmæssigt anklaget for et angreb.