Villainess Level 99: I May Be the Hidden Boss but I'm Not the Demon Lord

Após reencarnar como Yumiella, chefe secreto e vilã do jogo "Luz Mágica e o Herói", nossa protagonista decide se dedicar a ter uma vida pacífica para não receber um final ruim! Para isso, ela investe em aumentar o seu nível ao longo dos anos e evitar qualquer interação com os personagens do jogo... Mas isso será o suficiente para Yumiella ter uma vida de paz e tranquilidade?!

Após Yumiella ter sido classificada como Nível 99, a escola inteira passa a suspeitar de que ela seja uma farsante. A fim de garantir uma vida tranquila, a vilã procura manter o máximo de cautela na sua vida escolar.

Yumiella é convidada pelo rei para ir ao castelo real. O rei pede que Adolf, o capitão-cavaleiro, confirme o nível de Yumiella.

Alicia questiona Yumiella se ela não é o Rei Demônio, causando uma agitação na academia. O questionamento de Alicia levanta a possibilidade da protagonista do jogo também ser uma pessoa reencarnada, e Yumiella decide investigá-la.

Yumiella e Patrick passam a conversar mais durante as aulas ao ar livre, e o cotidiano da vilã se torna menos solitário. Entretanto, a ideia de finalmente ter um amigo no mundo que a rejeitou deixa Yumiella insegura...

Yumiella, Patrick, Alicia e outros alunos ficam na academia durante o recesso de verão. Ao ver que um amuleto que aumenta a magia negra seria o prêmio do torneio de artes marciais da academia, o chefe secreto não pensa duas vezes e decide participar.

Yumiella é abordada por Edwin a respeito do desaparecimento dos pertences de Alicia. Ela descobre que foi uma das seguidoras de Eleonora e tenta resolver a situação sem expor ninguém. Entretanto, essa abordagem faz com que Eleonora se interesse ainda mais por Yumiella.

Durante o recesso de primavera, Yumiella extermina dragões e adota o seu ovo para ser a nova mãe do dragão. Acontece que a ideia de um dragão das trevas pode ser assustadora para os alunos da academia!

Um espião do Reino de Remlest, um reino vizinho e inimigo, aborda Yumiella e a convida a migrar para o país. Pensando no que teria de abdicar, o chefe secreto recusa a proposta.

Yumiella encontra Alicia no meio da floresta. A heroína revela que, muitas vezes, ela perde o controle de seu corpo e ele age por conta própria. Dessa forma, Yumiella percebe que existe uma força maior no jogo que obriga Alicia a seguir o enredo.

Yumiella começa a ser atacada por inimigos misteriosos que tentam tirar sua vida. Ao descobrir o mandante dos atentados, ela decide tirar a situação a limpo.

O grupo de subjugação, composto pelos protagonistas do jogo e Yumiella chega ao castelo do Rei Demônio. Revelações sobre o passado do Reino de Valschein são feitas durante a batalha final que definirá o destino de Yumiella.