Mentre Hanna nasconde Clara nelle vaste foreste della Romania settentrionale, le altre allieve vengono trasferite in una struttura di formazione chiamata "I Meadows", dove ricevono delle nuove identità. Marissa si prepara a trovare Clara fingendosi sua madre online e la attira in un hotel di Bucarest, dove la Utrax le tende un'imboscata e la cattura. Hanna la segue e ritrova Marissa.

Marissa e Hanna tornano a Parigi, mentre Clara viene introdotta tra le fila dei Meadows, ma la sua natura ribelle causa problemi e Terri riceve il compito di convincerla a riunirsi al programma. Seguendo Clara, Hanna trova la società farmaceutica responsabile dei microinfusori della Utrax e partecipa a un trial medico, scoprendo che i farmaci testati sono destinati alle allieve dei Meadows.

Hanna torna alla Passway e segue Dumont e i farmaci fuori città, consapevole che la condurranno ai Meadows. Marissa scopre che Sonia è in Belgio e raggiunge Hanna appena in tempo, uccidendo Sonia. Hanna arriva ai Meadows, pronta a salvare Clara, ma scopre con stupore che il piano di Terri per stabilire un contatto con Clara ha funzionato e lei sembra essersi ambientata.

Marissa raggiunge Hanna ai Meadows e le dimostra di essere dalla sua parte, organizzando un piano di fuga per quella sera. Hanna convince Clara a unirsi a loro, ma la comunità familiare dei Meadows si dimostra troppo confortante per lei, e Clara tradisce Hanna, rimettendo il potere nelle mani di Carmichael. Intanto, l'agente CIA Mannion trova i Meadows, ma non c'è traccia di Hanna o Marissa...

Marissa è imprigionata ai Meadows, mentre Hanna viene incoraggiata ad accettare una nuova identità come Mia Wolff. Farlo significa elaborare la perdita di Erik, e Terri la aiuta ad accelerare il processo. Marissa fugge e convince Hanna ad andarsene, ma Clara si intromette: spara a Marissa e dice a Carmichael che è stata Hanna, per impedire a Marissa di rapirla. Hanna viene riaccolta nei Meadows.

Hanna e Jules partono per la loro prima missione: uccidere una giornalista a Londra, prima che incontri un avvocato militare deciso a rivelare i segreti della Utrax, mentre Sandy e Clara volano a Barcellona per recuperare le prove. Hanna tenta di tirarsi indietro e si unisce a Mannion nel tentativo di salvare la vita di Nicola, ma Jules e Leo la anticipano. Le conseguenze sono disastrose.

Hanna arriva a Barcellona per salvare Gelder e convincere Clara a lasciare la Utrax. Hanna dice a Clara dov'è sua madre e come si chiama, mettendola in crisi. Sandy si è conquistata la fiducia di Kat, figlia di Gelder, ed è furiosa quando Clara non vuole più ucciderli. Uccide lei Gelder, mentre Hanna e Clara fuggono con Kat. Marissa è incaricata di trovare Hanna dal collega di Mannion, Grant.

Dopo l'assassinio di Gelder, Carmichael arriva a Barcellona, mentre Hanna, Clara e Kat si nascondono in una villa in collina. Hanna recupera la lista degli obiettivi, aiutata da Marissa, che segue Carmichael fino alla villa e lo ricatta perché consegni alla giustizia gli altri capi della Utrax. Hanna aiuta Clara a ricongiungersi con sua madre, prima di tornare da Marissa per distruggere la Utrax.