Dopo secoli di follie distruttive, l'umanità è quasi giunta a estinguersi. Vent'anni dopo la Grande Catastrofe, pochi superstiti vivono nelle isole sopravvissute all'innalzamento degli oceani. Tra questi vi sono il giovane e intrepido Conan, nato nell'era post-apocalisse, e suo nonno, unico legame del selvatico ragazzo con un mondo ormai scomparso.

La pace della solitaria Isola Perduta è stata sconvolta: prima l'arrivo di Lana, misteriosa ragazzina che rappresenta per Conan il primo confronto con altri esseri umani, poi i soldati di Indastria, guidati dalla durissima Monsley, che uccidono il nonno e rapiscono Lana. Conan non può più rimanere confinato nella sua isola: la sua vita e la sua amata Lana lo attendono là fuori.

Partito con un catamarano improvvisato, Conan attraversa l'oceano infuriato e arriva su un'altra isola. Qui incontra Jimsy, un ragazzino selvaggio che vive per conto suo, cercando di ottenere quel che può dai traffici con gli emissari di Indastria che sfruttano i superstiti dell'isola per estrarre plastica e altri materiali da una gigantesca discarica.

Intrufolatisi a bordo del Barracuda, la grande nave comandata dall'ineffabile capitano Dyce, Conan e Jimsy vengono scoperti e forzatamente arruolati nell'equipaggio. La disciplina a bordo è dura, soprattutto per due ragazzini costretti a lavorare nella stiva, ma l'obiettivo è in vista: il Barracuda fa rotta di ritorno a Indastria, la sinistra isola dove Lana è stata portata da Monsley.

Sempre in cerca di Lana, Conan e Jimsy arrivano a Indastria a bordo del Barracuda. Qui il capitano Dyce dovrà affrontare il Comitato, che lo accusa di aver rapito Lana di sua iniziativa. L'ambizioso Direttore Amministrativo Repka, però, sembra intenzionato a usare metodi coercitivi per sapere dalla ragazza dove si nasconde suo nonno.

Indignato per il trattamento riservatogli dal Comitato, Dyce decide di ribellarsi al potere di Indastria e di portar via la sua adorata Lana dalle mani del perfido Repka. Intanto, il tentativo di liberazione attuato da Conan non è andato a buon fine, e il ragazzino finisce incarcerato, apparentemente impotente.

Il Barracuda è salpato da Indastria con Lana a bordo, e il Comitato non può che autorizzare Repka e Monsley a un inseguimento che costerà alla città molta preziosa energia. Intanto, Lana respinge gli approcci amichevoli di Dyce e pensa solo al suo Conan, che forse però non è così lontano.

Dyce cerca di usare Lana come scudo umano contro la cannoniera di Repka che sta braccando il Barracuda, ma le cose non vanno come previsto. Sarà l'intervento del redivivo Conan a far precipitare la situazione, riuscendo finalmente a ricongiungersi con Lana, naufragando su una costa desertica.

Conan e Lana trovano rifugio in una piattaforma di recupero guidata con polso fermo dal burbero Patch, un uomo massiccio che sembra nascondere un segreto. I ragazzi vengono messi a lavorare, e Conan ha modo di far valere le sue incredibili capacità di apnea.

Tellit, il secondo di Patch, contatta Indastria e rivela la presenza di Lana, attirando Monsley sulla piattaforma. Ma il suo tradimento non gli varrà la promozione che spera, perché Patch è ormai pronto a rivelare la sua vera identità.

Ritrovato finalmente il dottor Rao, Lana e Conan si dirigono insieme a lui verso la Torre Triangolare di Indastria, centro di potere e controllo della città-stato. Lungo la strada ritrovano il capitano Dyce, condannato a morte nel deserto, che si unirà a loro per cercare di riavere la sua nave e il suo equipaggio.

Di nuovo a Indastria, il gruppo si divide: mentre Conan e Dyce cercheranno di liberare Jimsy e gli altri membri dell'equipaggio del Barracuda, Lana e suo nonno scenderanno nel Nucleo della Torre Triangolare, in cerca di un pezzo di ricambio per la nave volante del dottor Rao. Ma le truppe speciali di Repka sono in agguato.

Fuggiti da Indastria, Conan e Lana vengono lasciati dal dottor Rao sul Barracuda, e Dyce ottiene il compito di riportarli su High Harbor, l'isola felice in cui Lana è cresciuta. Qui i nostri troveranno un rifugio sicuro, e potranno per la prima volta riassaporare la gioia di una vita tranquilla e ospitale.

Conan e Jimsy sono stati ospitati dagli zii di Lana e si godono la pace di High Harbor. Ma sull'isola tutti devono lavorare in comunione con gli altri e con la natura. Conan è in grado di rendersi utile pescando, ma Jimsy, come cacciatore, crea un incidente diplomatico con il gruppo di giovani ribelli che vivono sulle montagne.

Anche su High Harbor si annida il germe dell'ostilità umana: il gruppo di orfani guidato dall'arrogante Orlo minaccia di creare problemi agli altri pacifici abitanti dell'isola, a causa di un maiale ucciso da Jimsy. Conan e Jimsy si recano allora a scusarsi, e conoscono così la regione selvaggia di High Harbor e le sue tentazioni.

Conan e Jimsy hanno deciso di costruirsi una casa tutta per loro, ma High Harbor è minacciata dall'alleanza fra il capitano Dyce, stufo di lavorare come fabbro, e Orlo, che vuole ottenere il potere di dominare l'isola. Le loro macchinazioni diverranno però inutili nel momento in cui una nave da guerra di Indastria compare all'orizzonte.

Orlo e i suoi compari si apprestano ad affrontare i soldati di Indastria, ma, armati solo di lance e sassi, vengono facilmente sconfitti grazie all'intervento della cannoniera. Ben presto i soldati arriveranno al villaggio, e gli abitanti si preparano ad una strenua resistenza.

Lana è in pericolo e Conan viene tramortito da un razzo nemico nel tentativo di salvarla dai soldati di Indastria. Sembra tutto perduto, anche il villaggio si è arreso a causa del tradimento di Orlo, ma Conan non si arrende: farà saltare la cannoniera.

Conan riesce a far esplodere la cannoniera e a liberare Lana che era tenuta prigioniera al suo interno. Ora Monsley e i suoi soldati sono bloccati su High Harbor, perciò pensano di aggiustare il Barracuda per tornare ad Indastria. Conan e zio Gull proveranno a far saltare anche questa nave, ma c'è qualcosa di strano nell'aria.

Dopo lo tsunami, Monsley e i suoi si sono arresi e finalmente ritorna la pace su High Harbor. Ma questo nuovo sconvolgimento terrestre può aver causato danni irreparabili ad Indastria. Lana è molto preoccupata per suo nonno poiché non riesce più a mettersi in contatto telepatico con lui. Conan e Jimsy decidono pertanto di tornare a Indastria per salvare il dottore.

La macchina volante con a bordo Conan e Monsley viene intercettata e abbattuta dal Falco. I due si salvano miracolosamente ma vengono imprigionati dagli uomini di Indastria. Lana, Jimsy e Dyce invece si nascondono nei cunicoli del sottosuolo e vengono aiutati dagli abitanti del sotterraneo.

Monsley, ormai passata definitivamente dalla parte di Conan, lo aiuta ad evadere ma rimane gravemente ferita. Rimane poco tempo ormai. Repka infatti, deciso a stanare Lana ad ogni costo, ordina di allagare completamente i sotterranei. Moriranno tutti annegati se Lana non si consegna nelle sue mani.

Lana è minacciata di essere uccisa se non comunica telepaticamente col dottor Rao, ormai ridotto in fin di vita dalle ripetute torture di Repka. Ma lei non cede: l'energia solare nelle mani di Repka porterebbe solo ad una nuova catastrofe sulla Terra. Ma ancora una volta Conan riesce a liberare Lana e a sconfiggere il malvagio Repka. Finalmente si può tornare a casa.

Mentre scosse di terremoto sempre più frequenti fanno tremare Indastria, Repka, sopravvissuto alla caduta della macchina volante, si sta preparando per riprendere il potere: insieme a pochi militari vuole riattivare il Giganto, ultimo dei velivoli che provocarono la grande catastrofe. Ma Monsley e Lana riescono ad avvertire Conan.

Conan, Jimsy e Dyce riescono ad atterrare sul Giganto. Ora viene la parte più difficile: provare a distruggerlo. L'unica soluzione è correre sulle sue ali e provare ad intrufolarsi all’interno. Ma è un'impresa ardua con tutte quelle torrette che sparano!