Tokyo, 2120. Un enorme drone da trasporto si schianta. Due nuovi ispettori, Arata Shindo e Kei Mikhail Ignatov scoprono che il contabile della Hyper Transport Asahi Rick Fellows è scomparso. Arata esegue una Traccia Mentale per cercarlo e trova il suo cadavere annegato. I due sospettano che non si tratti di un incidente e si mettono sulle tracce dei criminali che hanno provato a far tacere Rick.

I due investigatori dell'Unità Uno inseguono Takumi Yonehara, il sospettato per l'incidente del drone, in una zona deserta e lo trovano morto. Ignorando gli ordini del capo Shimotsuki si mettono sulle tracce di Sasagawa, il vero responsabile, ma quando arrivano in aereoporto trovano ad aspettarli Shinya Kogami e Nobuchika Ginoza degli Affari Esteri.

Dopo un faccia a faccia con Karina Komiya, Arata percepisce qualcosa di misterioso in lei, ma non riesce a trovare indizi riguardanti il caso. Successivamente Lee Aki, il segretario del suo avversario, Kosuke "Heracles" Yakushiji, viene assassinato. L'Unità Uno decide di dividersi e indagare sia sugli aggressori che le loro vittime.

La giornalista freelance Yayoi Kunizuka si unisce all'Unità Uno come consulente investigativo per affiancarla durante il periodo di sospensione di Kei. Con il procedere dell'indagine, l'Unità Uno scopre finalmente il grande segreto di Karina Komiya. Temendo che Karina sia la prossima vittima, l'Unità si precipita al dibattito elettorale presso la Giga Arena.

Viene istituita una Zona Religiosa Speciale dove gli immigrati possono praticare liberamente la loro religione. I leader religiosi si riuniscono per una conferenza stampa a Mitake New Town, dove sorge la Zona Speciale, ma l'incontro diventa l'obiettivo di un attacco terroristico da parte di un kamikaze con esplosivi impiantati nello stomaco. L'Unità Uno investiga la fazione anti Zona Speciale.

Arata e gli altri hanno appena appreso che ci sono altri tre kamikaze quando Joseph Auma muore nel terzo attentato nel distretto commerciale di New Town. Nel frattempo, Kei e Kisaragi si sono infiltrati in Heaven's Leap alla ricerca di indizi sugli attentati. Trovano le prove che stanno cercando ma vengono fatti prigionieri.

Grazie a una Traccia Mentale, Arata scopre che Kurisu, creduto morto, è vivo e rivela la verità riguardo gli attacchi terroristici. Nel frattempo, Shimotsuki manda una squadra a perquisire Heaven's Leap e usa l'Unità Due per localizzare Kei. Torri, messo alle strette, prende Maiko in ostaggio e affronta Kei, ma Maiko sfrutta un momento di distrazione e lo uccide.

L'Unità Uno inizia a comprendere la verità che sta dietro alla serie di incidenti che si susseguono come un domino e si unisce alla SAD per proseguire con le indagini. Arata protegge la governatrice che è di nuovo a rischio, mentre Kei organizza un'operazione usando Kisaragi come esca. Quando arriva al luogo dell'appuntamento, però, trova Shizuka Homura ad aspettarlo.