Après avoir porté secours à un garçon victime de racket, Boruto apprend que ce dernier s'apprête, tout comme lui, à intégrer l'Académie ninja.

De retour à l'Académie Ninja après son exclusion de deux semaines, Boruto est soupçonné de favoritisme paternel par ses camarades. Parmi eux, le plus ouvertement critique est Iwabê, un élève aigri par ses échecs à l'examen final.

Entrainement au shuriken à l'Académie.

Boruto et Sarada se disputent un sayokiba-pan et déchainent les antagonismes filles-garçons.

Ce matin-là, Boruto, Shikadai et ses amis poursuivent un énergumène atteint du syndrome des flammes bleues, jusqu'à une ruelle où ils tombent nez-à-nez avec un étrange jeune garçon, qui a maîtrisé le fauteur de troubles. Plus tard, Shino Sensei présente le nouvel élève à la classe.

Shino Sensei a convoqué Boruto, Shikadai et Mitsuki en pleine forêt, dans le cadre d'une sortie scolaire. Ne voyant pas le reste de la classe arriver, les trois compères commencent à s'inquiéter. Quand Shino Sensei apparaît, il leur annonce qu'il va leur donner leur dernier cours.

Sumire, Sarada et Chôchô ont la désagréable impression d'être suivies. Chôchô parvient à attraper le coupable, un garçon d'une classe voisine qui s'appelle Magire et qui peut se rendre invisible grâce à la technique du camouflage. Il déclare sa flamme à Sumire, qui le repousse, effrayée.

Boruto se demande si son byakugan ne s'est pas éveillé. En effet, il est le seul à voir cette ombre qui rode... Il fait un étrange rêve où Toneri lui parle... à son réveil, il se prend pour Kagemasa, un personnage de super héros. Naruto et Shikamaru s'inquiètent du nombre croissant de personnes atteintes de crises de violence autour de l'académie.

Naruto emmène Boruto chez son grand-père maternel, Hiashi, pour découvrir s'il a vraiment hérité du Byakugan. Boruto affronte Hanabi, mais son Byakugan ne se réveille pas.

Boruto et ses acolytes passent la journée à scruter l'horizon à la recherche de ce qu'ils appellent maintenant le fantôme.

Sumire est en pleine convalescence, sur son lit d'hôpital. Elle est entourée de ses camarades Wasabi et Namida, qui lui sont reconnaissantes de les avoir sauvées.

Mitsuki continue à "étudier" Boruto et réussi à se faire inviter chez lui. Naruto envoie un clone au bureau et continue à travailler avec Shikamaru. Naruto demande à Mitsuki de veiller sur son fils ce dernier accepte et révèle à Boruto que Misure est derrière toute cette histoire de fantôme...

Gôzu Tennô, le legs de Danzô a été implanté par son père dans le corps de la petite Sumire. C'est elle qui invoque l'ombre que voit Boruto.

Le combat s'engage entre Boruto, rejoint par Mitsuki, et Sumire et son nué. Sumire explique qu'elle doit venger ses parents.

Personne ne sait si Sumire sera autorisée ou non à retourner à l'académie, après les événements récents. Mais tous ses camarades le souhaitent. Même Boruto demande à son père s'il peut interférer en sa faveur.

A l'approche des examens partiels, Denki et Iwabé sont inquiets, car le premier est nul en Ninjutsu et le second à l'écrit. Ils vont échanger leur savoir et s'entraider pour réussir l'examen.

Shino Sensei apprend à marcher sur l'eau à ses élèves et Boruto décide d'apprendre à Denki l'art de la pêche... Sakura charge Sarada de rapporter une peluche à une petite fille hospitalisée.

Retour sur le jour de la cérémonie d'investiture de Naruto.

Tous nos apprentis ninjas ont des souvenirs d'enfance avec leur papa et s'entrainent avec eux. Mais pas Sarada.

Chôchô et Sarada partent en voyage pour retrouver le véritable père de Chôchô.

Sarada s'introduit dans la planque de Sasuke qui ne la reconnaît pas tout de suite. Elle est blessée.

Naruto révèle à Sarada et Chôchô que Shin et ses clones sont une création du monstrueux Orochimaru.

Naruto, Sasuké, Chôchô et Sarada foncent vers le repaire de Shin Uchiwa, qui détient Sakura. Mais des clones de Shin surgissent...

Le Conseil des Kages a lieu à Konoha. Naruto apprend aux autres le danger imminent, venu d'une dimension parallèle. Tous sont inquiets pour l'avenir car ils considèrent que la génération de leurs enfants est d'un niveau médiocre.

Boruto est nommé chef de groupe du voyage scolaire à destination du village de Kiri, au pays de l'eau, victime de sa mauvaise réputation.