Hikari vive con sus amigos en el mar, pero después de que su antigua escuela, Nami, cerrara sus puertas, deben transferirse a una en la superficie llamada Mihama. Se encuentran con nuevos conocidos, como Tsumugu, y trabajan en su tolerancia hacia la actitud de los demás al provenir de un lugar diferente.

Confiar en los habitantes de la superficie es difícil para Hikari, pero le resulta aún más complicado al notar que Manaka parece tener sentimientos por alguien de la superficie. Sin embargo, se ven obligados a trabajar juntos en la creación de una figura de madera de "Ojoshi-sama". Después de la escuela, Hikari presencia a su hermana Akari con un chico de la superficie.

Akari es llevada por los adultos del pueblo marino. A pesar de los intentos de Hikari y los demás por detenerlos, descubren por primera vez la regla de que: 'Si te relacionas con alguien de la superficie, serás desterrado'. Mientras los chicos tienen una reunión, las chicas van a otro lugar, donde Manaka encuentra una babosa de mar de vientre rojo muy especial.

Hikari descubre que el novio de Akari, Itaru Shiodome, es en realidad el padre de Miuna, con quien a veces tiene conflictos. A pesar de esta revelación, Miuna le pide ayuda a Hikari para separarlos. Al día siguiente, durante la clase de economía doméstica, el grupo del pueblo marino queda aislado de los demás.

Akari, al expresar sus verdaderos sentimientos hacia Miuna e Itaru frente a Uroko-sama, logra recuperar un poco de su sonrisa. En su ruta habitual, Chisaki, que se retrasó un poco, observa las babosas de mar con una expresión sombría, recordando las palabras de Manaka.

Los estudiantes varones se emocionan al ver a las chicas en traje de baño durante la clase de natación. Finalmente, comienzan a llevarse bien con sus compañeras de clase de la superficie. Sin embargo, Hikari siente una rivalidad hacia Tsumugu y se pone a prueba a la hora de nadar.

Después de clases, en el taller de carpintería, se reunieron para poner el último esfuerzo hacia la finalización de "Ojoshi-sama". En ese momento, Tsumugu sugiere revivir la tradición de "Ofunehiki", que solían llevar a cabo juntos en el pasado. Al ver esto, Hikari se ofrece voluntario para persuadir a los residentes del pueblo marino y asume la responsabilidad.

Akari ha decidido vivir en la superficie, mientras que Hikari declara que se irá de casa con su hermana. A pesar de los esfuerzos de los dioses por retenerlos, logran llegar a la superficie. Más tarde, Hikari descubre que Miuna quiere expresar sus verdaderos sentimientos a Akari y desea comprarle un regalo.

Miuna y Akari juegan haciendo una babosa de mar con la 'nieve cálida' que se acumula. Mientras observa a estas dos, Hikari reflexiona sobre su padre, Tomoru. En el mar, Uroko-sama había reunido a todos para contarles sobre la calamidad que estaba por venir.

Uroko-sama revela que el poder del dios del mar es ahora significativamente más débil en comparación con el pasado. Tanto en el mar como en la superficie, la 'nieve cálida' caerá, acumulándose y haciendo que el mundo se vuelva cada vez más gris, frío y congelado. Sin rendirse, Hikari, decidido a recuperar el poder del dios del mar, se propone llevar a cabo el "Ofunehiki" a toda costa.

Chisaki, sorprendida por la repentina confesión de Kaname, no logra aceptar esas palabras fácilmente. Mientras Hikari, Manaka y los demás se preparan para la hibernación y el 'Ofunehiki', la relación que pensaban que sería la misma para siempre entre ellos se encuentra en medio de un gran cambio.

Akari toma la decisión de ocupar el lugar de Ojoshi-sama en el 'Ofunehiki' y casarse con Itaru como si se dirigiera hacia el dios del mar. Mientras tanto, Miuna y Sayu se encuentran con Tomoru y le piden que les transmita a Hikari y los demás.

Recordando a Manaka, Hikari se encuentra con ella para expresarle sus sentimientos. Aunque ella también intenta decirle algo, solo sonríe y le pide que espere hasta después del Ofunehiki. Entre despedidas, todos ascienden hacia la superficie donde los esperan Tsumugu, Akari y los demás, pero algo inesperado sucederá.

Han pasado cinco años desde los acontecimientos y siguen sin noticias de Hikari y Manaka. Chisaki, ahora con 19 años, ha seguido adelante con su vida. Tsumugu estudia meteorología para comprender los fenómenos climáticos anómalos, mientras que Miuna y Sayu, ahora con 14 años, asisten a la escuela en Mihama. Akari e Itaru tienen un nuevo hijo llamado Akira.

En el día de Tomoebi, Hikari aparece frente a Miuna y los demás, sin haber cambiado en cinco años. Aunque no recuerda nada, su cuerpo está en perfecto estado, y puede retomar su vida en la casa Shiodome. Después de reunirse con sus antiguos amigos y conocidos, Hikari y Tsumugu reciben noticias sobre el estado de la gente en Shioshishio.

Hikari, quien ahora asiste a la escuela Mihama como solía hacerlo antes, se encuentra en la misma clase que Miuna y Sayu. Al presentarse, pide que lo traten con respeto como el adulto que es, provocando risas y creando un ambiente algo extraño. Luego, Hikari necesita conseguir un nuevo uniforme, pero con Akari enferma, termina yendo a la tienda junto a Miuna. ¿Qué sucederá entre ellos?

Después de recibir la noticia de Akari, Hikari y Miuna se apresuran a la asociación de pescadores y encuentran a Kaname recién despertado, al igual que Hikari, sin cambios en los últimos cinco años. Entre emociones encontradas, le hacen preguntas, pero Kaname apenas recuerda, mencionando solo un sonido similar al fluir de la arena, el mismo que Miuna también escuchó.

Bajo la guía de Mihashi, Hikari, Kaname y Miuna se sumergen en el mar para explorar el camino hacia Shioshishio. Siguiendo el sonido de la arena que Miuna asegura haber escuchado, avanzan y encuentran su destino. Sin embargo, todo el lugar está cubierto por nieve, y la nostalgia los invade. Por su parte, Miuna se pone a investigar y se encuentra con Uroko-sama.

Hikari y los demás descubren a Manaka durmiendo dentro de la densa membrana de Ena en el "Cementerio de Ojoshi-sama". Aunque logran llevarla a la superficie y hasta la casa Shiodome, Manaka sigue durmiendo. Después de una revisión médica, se revela que ha perdido su Ena, pero su cuerpo se encuentra en buen estado.

Después de una semana, Manaka sigue dormida. Hikari, Kaname y Chisaki buscan pistas diariamente en Shioshishio para despertarla. Mientras tanto, Miuna y Sayu investigan en la biblioteca de la escuela y concluyen que la mejor manera de despertar a Manaka es con un beso, momento en el que Miuna comienza a darse cuenta de sus verdaderos sentimientos.

En medio de una discusión entre Hikari y Miuna, Manaka despierta repentinamente. A pesar de sorprenderlos, Manaka muestra una sonrisa como si nada hubiera pasado. Aunque se queda en la casa Shiodome y todo parece normal, la sonrisa de Manaka parece inquietar a Hikari de alguna manera.

Después de mencionar a Uroko-sama, en el codo de Tsumugu aparece una escama similar a la que tenía Manaka antes. Al enterarse de esto, Hikari y los demás están convencidos de que Uroko-sama está en la superficie. Comienza la búsqueda para obtener información sobre los habitantes de Shioshishio, el futuro en la superficie y la situación de Manaka sin Ena.

Hikari y Miuna descubren de Uroko-sama que Manaka ha perdido la capacidad de enamorarse. Aunque intentan discutir esto con los demás, las respuestas de Kaname y Chisaki sugieren que Manaka parece feliz y no necesita nada más. Después de esto, Sayu finalmente explota...

Tsumugu se sumerge en el mar persiguiendo a Chisaki. De repente, desarrolla Ena en su cuerpo y recupera la capacidad de respirar, pero al confesarle sus sentimientos a Chisaki, ella huye. Mientras tanto, Manaka recibe una carta del pequeño Akira, en la que, al ver un 'te quiero' escrito, no sabe cómo responder y se va en silencio.