Tóquio, 2120. Um drone de transporte cai, e os novos inspetores da Unidade 1, Arata Shindo e Kei Mikhail Ignatov, começam a investigar. Ao descobrir que o contador da Hipertransportes, Asahi Rick Fellows, está desaparecido, Arata faz um rastreio mental para encontrá-lo, mas descobre um corpo encharcado. Arata e Kei suspeitam que a queda foi planejada e buscam o mandante que tentou silenciar Rick.

A Unidade 1 vai atrás de um suspeito, o executivo da Hipertransportes Takumi Yonehara, em uma área abandonada. No entanto, já encontram Yonehara morto. Arata e Kei ignoram ordens da chefe Shimotsuki e buscam o cérebro por trás de tudo, Sasagawa, no aeroporto Ariake, onde dois homens desconhecidos ficam no caminho deles: Shinya Kogami e Nobuchika Ginoza, do Ministério de Relações Internacionais.

Depois de ficar cara a cara com Karina Komiya, Arata sente algo incompreensível vindo dela. Lee Aki, secretário de Kosuke "Heracles" Yakushiji, candidato da oposição de Komiya, é assassinado. A Unidade 1 decide se separar para investigar os dois ataques e suas vítimas.

A jornalista freelance Yayoi Kunizuka entra na Unidade 1 como consultora de investigação para preencher a vaga de Kei, que está suspenso. A investigação progride, e a Unidade 1 revela o maior segredo de Karina Komiya. Supondo que ela será a próxima a ser atacada, corre até o debate político na Arena Giga.

Uma área especial religiosa é estabelecida, onde imigrantes têm liberdade religiosa. Uma conferência de imprensa une líderes religiosos na Nova Cidade de Mitake, a área especial, e o local da conferência vira alvo de ataque terrorista por um homem-bomba com explosivos implantados no estômago. Assim, a Unidade 1 começa a investigar a facção contra a área especial.

Arata e os colegas acabam de descobrir que há outros três homens-bomba quando um terceiro bombardeio no distrito industrial de Nova Cidade tira a vida de Joseph Auma. Enquanto isso, Kei e Kisaragi se infiltram no Salto Celestial em busca de provas dos bombardeios terroristas, que conseguem com sucesso, mas são desmascarados e aprisionados.

Com rastreio mental, Arata descobre que o supostamente morto Kurisu está vivo e revela a verdade por trás dos bombardeios terroristas. Enquanto isso, Shimotsuki inicia uma busca forçada no Salto Celestial com a Unidade 2 para localizar Kei. Torri, encurralado, faz de Maiko refém e confronta Kei, mas Maiko se aproveita de uma oportunidade momentânea para dar fim à vida dele.

A Unidade 1 começa a alcançar a verdade por trás dos incidentes contínuos, como uma linha de dominós em queda, e cooperam com o Dep. de Ação Repressora para continuar a investigação. Arata protege a governadora, que corre risco de voltar a ser alvo, enquanto Kei organiza uma arapuca usando Kisaragi como isca. Chegando ao local combinado, porém, ele encontra Shizuka Homura esperando-o.