Lapan tahun lepas, Citadel, sebuah agensi perisik dunia bebas, dimusnahkan oleh sindiket baru, Manticore. Dengan kehilangan ingatan, ejen-ejen elit Mason Kane (Richard Madden) dan Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas) melarikan diri. Lapan tahun kemudian, bekas rakan sekerja Mason, Bernard Orlick (Stanley Tucci), meminta bantuannya untuk menghalang Manticore daripada menubuhkan sebuah dunia baru.
