Full Metal Panic

Après une mission de sauvetage, Sousuke Sagara, un mercenaire de l'organisation Mithril (organisation qui lutte contre le terrorisme) est investi d'une nouvelle mission consistant à protéger une jeune citoyenne japonaise, Chidori Kaname. Pour assurer cette mission, il est assisté par deux autres mercenaires du nom de Mélissa Mao et Kurz Weber.

Plus les jours passent et plus Sosuke a des difficultés à assurer sa mission de protection; il se fait remarquer par Chidori et se fait confisquer régulièrement son arme. L'ennemi ne s'est toujours pas montré, mais Sousuke à déjà fait pas mal de dégâts et pourtant cet ennemi complote avec un général de l'armé russe afin de capturer Chidori.

Pendant que Mithril traque les individus à la poursuite de Chidori, notamment en détruisant une de leurs bases, Sousuke poursuit sa mission en apprenant à recycler les détritus. Afin qu'il se repose un peu, Mélissa et Kurz prennent la relève mais au moment où ils pensent que tout danger est écarté, un individu escalade la façade de l'immeuble ou Chidori réside...

L'avion vient de décoller de l'aéroport emmenant la classe vers son lieu de destination, mais il est détourné par des terroristes dont le chef se nomme Gauron. C'est en atterrissant sur une base militaire étrangère qu'ils découvrent qu'ils sont pris en otage. A ce moment, Sosuke, isolé face à l'ennemi, ne peut qu'attendre le meilleur moment pour agir...

Sosuke arrive à temps pour sauver Chidori des expériences dont elle était le cobaye, mais l'alerte à été donnée et ils doivent fuir la base. Cet à ce moment que Chidori découvre la véritable identité de Sousuke, qui est obligé de se battre pour la protéger. Grâce au raid mené par Mithril, les otages son finalement sains et saufs mais un mystérieux AS piloté par Gauron...

Chidori, Kurz et Sousuke tentent de fuir mais sont très vite rattrapés par l'ennemi, et obligés de se défendre avec les moyens du bord. Grâce à un plan ingénieux, ils arrivent à donner leur position à Mithril qui de ce fait leurs envoie l'Arbalest en renfort.

Gauron a suivi les traces des fuyards, et un combat entre les 2 AS s'engage. A ce moment, Sousuke n'a pas connaissance de la puissance que possède son AS mais il n'a aucune chance de gagner. Cependant, grâce aux conseils que Chidori lui transmet inconsciemment, il arrive à faire fonctionner le Lambda Drive qui lui permet de battre Gauron...

Une camarade de classe du nom de Inaba Mizuki embarque Sosuke dans une histoire impossible, après une altercation avec son ancien petit ami. En effet, Mizuki a promis de présenter son petit ami à ses amies, mais comme il vient de la plaquer, Sousuke est obligé de le remplacer...

Takuma Kugayama, un jeune garçon est arrêté dans un aéroport après avoir attaqué un employé. Il semblerait qu'il ait un lien avec l'organisation terroriste A21, mais il semble aussi avoir la capacité de contrôler le lambda drive. De ce fait, il est transféré dans un bâtiment de haute sécurité. Dans le même temps, Sousuke continue sa mission de protection...

Après avoir résolu le malentendu sur la présence de Tessa dans l'appartement, Chidori apprend toute l'histoire concernant la situation actuelle et les dangers qui en découlent. C'est par hasard que le groupe découvre l'émetteur implanté en Takuma, qu'il décident de détruire grâce à un micro-onde.

Chidori et Tessa sont emmenées dans le repaire des terroristes, qui se trouve être un bateau, et sont utilisées afin d'obliger Kalinin à parler. Dans le même temps, Sousuke part à leur poursuite avec Kurz et Mélissa...

Chidori, Tessa, Kurz et Sousuke essayent d'échapper au Béhémoth à bord de leur véhicule de fortune. Kurz parvient à déstabiliser l'engin titanesque mais ne peut le détruire. Pour avoir une chance de détruire ce monstre, Tessa demande l'envoi de l'Arbalest qui se trouve dans le Tuatha de Danaan. Une fois l'Arbalest arrivé à destination, Sousuke en prend les commandes et...

Une dispute éclate entre Tessa et Mélissa, Tessa accusant Mélissa d'être débauchée et Mélissa accusant Tessa de ne pas savoir ce qu'est le combat. Pour mettre un terme à cette dispute, Tessa accepte de se battre en duel contre Mélissa avec des AS. Cependant, Tessa n'a jamais piloté d'AS et demande conseil auprès de Sousuke...

Pour les vacances d'été, suite à une idée de Shinji, Sousuke ne trouve rien de mieux que d'emmener Chidori est ses amies à un festival de démonstration d'AS. L'équipe Nérima (dont le père de Shinji est membre) se fait toujours battre par les dragons rouges dont le chef essaye tant bien que mal de séduire Chidori...

Pendant que Chidori et ses amis sont à la plage en train de s'amuser, Sousuke est envoyé en mission au Helmajistan à la poursuite de Gauron. Il doit faire équipe avec d'autres mercenaires de Mithril, avec lesquels il a des difficultés d'intégration. Une fois sur le terrain, ils s'aperçoivent que ce groupe terroriste transporte une tête nucléaire...

Traqués par l'ennemi, Sousuke et son équipe trouvent refuge dans un repaire situé dans un canyon. Pendant son enfance, Sousuke et les rebelles utilisèrent ce repaire comme base de repli.

Un combat s'engage entre Mithril et les terroristes lorsque ceux-ci découvrent le repaire. Alors que Sousuke se bat en duel contre son ancien frère d'armes, Gauron en profite pour éliminer un à un les autres mercenaires. Sousuke parvient à éliminer Zaïed et à ramener la tête nucléaire mais toute son équipe a été décimée.

Pour se faire pardonner après avoir encore gaffé, Sousuke emmène Chidori sur une île du sud. Alors qu'ils sont dans l'avion, un imprévu survient et ils sont obligés de sauter en parachute en pleine mer pour être recueillis par le Tuatha de Danaan. Une fois dans le sous marin, Tessa explique la situation à Chidori et organise une petite fête pour son arrivée.

Chidori, Tessa et Mélissa se retrouvent pour prendre un bain. Pendant la discussion, Mélissa raconte comment elle a rencontré Kurz et Sousuke.

Tessa explique à chidori ce qu'est un Whispered mais avoue ne pas trop en savoir elle-même. Alors que le Tuatha de Danaan fait route vers l'ile de Melida, les mercenaires de Mithril échafaudent un plan afin de reprendre l'île où se tiennent Gauron et ses acolytes.

Gauron s'étant rendu, il est emmené avec le Venom dans le sous-marin, comme prisonnier, mais cela intrigue Kalinin. Ayant pris conscience du mal qu'il a fait à Chidori, Sousuke tente désespérément de la retrouver. En même temps, Gauron réussit à s'échapper de sa cellule...

Le Tuatha de Danaan est désormais aux main de Gauron, mais est pris en chasse par le Pasadena. Tessa, communiquant avec Chidori par la pensée, permet à Chidori de s'enfuir et lui prodigue les conseils dont elle a besoin afin de contrer Gauron. Pour punir Tessa d'avoir fait diversion, Gauron decide de détruire le premier bateau aux alentours afin que cela serve d'exemple...

Pendant que Kurz, aidé par Mélissa, combat un traître , Chidori arrive à la Lady Chapel et parvient à reprendre le contrôle du Tuatha de Danaan grâce à sa capacité de Whispered. Elle réussit à éviter les 2 torpilles lancées par l'autre sous-marin pendant que Sousuke arrive au poste de commandement afin de sauver Tessa...

Le combat fait rage entre Sousuke et Gauron. Devinant que la fin est proche, Gauron décide d'activer l'auto-destruction de son Venom et par la même occasion détruire le sous-marin et tous ses occupants...