Mason, Nadia og Bernard er gået i skjul efter begivenhederne i første sæson. Mens Mason kæmper med identitetsproblemer, og Nadia flygter med sin datter fra agent Aparna, allierer Bernard sig med tidligere CIA-agent Hutch for at stoppe Paulo Braga. En hemmelighed afdækkes, når Nadia møder Frank Sharpe.

Abbys flugt udløser en kædereaktion, mens Mason bekæmper Manticore-snigmordere. Paulo og Joana forfiner deres våben, mens de forfølger Mason. Bernard og Hutch gør alt for at genforene gruppen. Efter et voldsomt sammenstød med Nadia søger Mason hjælp fra en gammel fjende og afslører Bernards mørke hemmelighed.

Mens Paulos plan tager til, tvinges Mason og Nadia til en tvivlsom alliance. Sammen med Bernard, Hutch, Celine og Frank Sharpe indleder de en dristig mission for at afdække identiteten på en mystisk hacker, der er nøglen til at stoppe en global katastrofe.

Efter at have fundet Edisons sande identitet, tager holdet til en højprofileret galla, hvor deres mål forventes at dukke op. Men da spændingerne mellem Mason og Nadia når et bristepunkt, og fjenderne nærmer sig, truer en uberegnelig beslutning med at vælte hele missionen.

Mason og Dahlia igangsatte en højrisiko-fangeudveksling for at forhandle om Abbys løsladelse. Men da Masons nedsmeltning truer med at afspore planen, haster det for begge sider med at udføre handlen, hvilket fører til en chokerende åbenbaring fra Abby, der ændrer alt.

Mens Joana fremskynder planen om at myrde den russiske præsident på G8-topmødet, tager Mason og Nadia Abby til et tilflugtssted i Skotland. Men da de afslører den forfærdelige sandhed om, hvad der blev gjort mod Abby, udløser det en ødelæggende kædereaktion.

Citadel-agenter haster for at forhindre Joanas attentat mod præsident Aronov på G8-topmødet, hvor hun planlægger at overtage kontrollen med russiske satellitter. Holdet sendes på en farlig infiltrationsmission og stilles over for umulige og dødbringende valg i en endelig konfrontation.