หน่วยสืบสวนแห่งนาวิกโยธิน

ในขณะที่สมาชิกเอ็นซีไอเอสกำลังทำใจกับการจากไปของเคท ความมุ่งมั่นของกิบส์ที่จะหยุดยั้งอำนาจมืดของอารีก็ทวีคูณขึ้นเรื่อยๆ

อารี (รูดอล์ฟ มาร์ติน) ยังคงกระหน่ำโจมตีเอ็นซีไอเอสอย่างต่อเนื่อง โดยใช้สมาชิกทีมเป็นหมากในเกมที่กำลังเล่นกับกิบส์

กิบส์ได้รับคำสั่งให้ไปพบกับฆาตกรต่อเนื่องที่จะถูกประหารในอีกสามวัน เพื่อเค้นข้อมูลสำคัญก่อนมันลาโลกไป

กิบส์และทีมถูกเรียกตัวไปช่วยตรวจสอบ หลังจากมีการพบศพชายคนหนึ่งที่เพิ่งเสียชีวิตได้ไม่นาน ถูกฝังอยู่ในสุสานสมัยสงครามกลางเมือง

เมื่อจ่าทหารเรือนายหนึ่งถูกยิงเสียชีวิตบนทางด่วน กิบส์และทีมค้นพบว่าทหารนายนั้นใช้ชีวิตแบบมีโลกสองใบ

กิบส์และทีมไปสืบสวนคดีฆาตกรรมภรรยาของนาวิกโยธินที่ดูเหมือนจะถูกถ่ายทอดสดทางอินเทอร์เน็ต

กิบส์และทีมออกโรงไขคดีเมื่อมีเด็กชายวัยหกขวบแจ้งเอ็นซีไอเอสว่าพ่อของเขาถูกลักพาตัว

เมื่อเอ็นซีไอเอสได้รับศพมือสังหารสองคนที่ถูกส่งมาจากต่างประเทศ โทนี่และซีวาจึงสวมรอยเป็นพวกเขาเพื่อแฝงตัวไปนัดพบที่โรงแรมหรูและตามหาเป้าหมาย

เมื่อมีการพบชิ้นส่วนศพผู้หญิงคนหนึ่งที่ควอนติโก ทีมเอ็นซีไอเอสจึงเริ่มสืบสวนและต้องตกตะลึง ยามหลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์ทั้งหมดบ่งชี้ว่าโทนี่เป็นผู้ต้องสงสัยหลัก

เมื่อแม็กกีพลั้งฆ่าคนตายขณะปฏิบัติภารกิจ ทีมเอ็นซีไอเอสจึงเข้ามาช่วยเหลือเขาและได้พบว่าชายคนนั้นเป็นตำรวจนอกเครื่องแบบ

กิบส์และทีมสืบสวนคดีฆาตกรรมนางแบบระดับโลกที่กำลังถ่ายเรียลลิตี้โชว์ในฐานทัพเรือ

กิบส์และทีมเร่งตามหาโทนี่และซีวาที่หายตัวไปขณะค้นหาอาวุธลักลอบนำเข้าที่อู่ต่อเรือ

กิบส์และทีมถูกเรียกตัวไปปฏิบัติภารกิจในช่วงสุดสัปดาห์ เมื่อนาวาตรีหญิงซึ่งรับผิดชอบการขนส่งอาวุธนิวเคลียร์ถูกลักพาตัวไป

เมื่อภรรยาของนาวิกโยธินสองนายถูกฆาตกรรม กิบส์และทีมจึงถูกเรียกตัวมาไขคดี กิบส์และทีมเกรงว่าการฆาตกรรมครั้งนี้จะมีแรงจูงใจมาจากเรื่องเชื้อชาติ

ทีมเอ็นซีไอเอสต้องตกตะลึงเมื่อพบศีรษะที่ถูกตัดของนาวิกโยธินนายหนึ่ง ณ อู่แยกชิ้นส่วนรถเถื่อนที่มีนาวิกโยธินกลุ่มหนึ่งอยู่เบื้องหลัง

เอ็นซีไอเอสต้องสืบสวนเหตุระเบิดปริศนาของรถพยาบาล ซึ่งควรจะบรรทุกศพนาวิกโยธินที่เสียชีวิตจากอุบัติเหตุรถยนต์มา

กิบส์และทีมได้รับแจ้งให้ไปตรวจสอบเมื่อกลุ่มวัยรุ่นที่กำลังเดินป่าพบด็อกแท็กประจำตัวนาวิกโยธินในป่าสงวนแห่งชาติ

กิบส์และทีมถูกเรียกตัวไป เมื่อมีนักเรียนวัยรุ่นคนหนึ่งในโรงเรียนมัธยมปลายควอนติโกในเขตฐานทัพ ติดระเบิดไว้กับตัวและจับเพื่อนนักเรียนเป็นตัวประกัน

กิบส์และทีมถูกเรียกตัวไป เมื่อเด็กสองคนบังเอิญพบศพของนาวิกโยธินที่หายตัวไปในทะเลสาบที่กลายเป็นน้ำแข็ง

กิบส์และทีมถูกเรียกตัวไป เมื่อนักถอดรหัสของเพนตากอนที่ต้องสงสัยว่าเป็นสายลับฆ่าตัวตาย

หลังค้นพบว่ามีการจัดฉากฆาตกรรมสุดสยองขึ้น และหลักฐานสำคัญบางอย่างจากคดีนั้นก็ปนเปื้อนในห้องแล็บของแอ็บบี้จนเกือบทำให้เธอเสียชีวิต พวกเขาก็ได้รู้ว่าแอ็บบี้คือเป้าหมายที่แท้จริง

ซีวาตกอยู่ในอาการช็อก เมื่อกลยุทธ์ปกติที่เธอใช้ในการควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยอาจเป็นสาเหตุให้เขาเสียชีวิตอย่างกะทันหัน

ในพาร์ทหนึ่งของตอนสุดท้ายของซีซั่นสามที่แบ่งออกเป็นสองพาร์ทนี้ ทุกคนในเอ็นซีไอเอสต่างใจเสีย เมื่อกิบส์ได้รับบาดเจ็บจากเหตุระเบิดโดยผู้ก่อการร้ายระหว่างปฏิบัติภารกิจ

ขณะที่ทีมพยายามติดตามตัวผู้ก่อการร้ายเบื้องหลังเหตุระเบิดที่ทำให้กิบส์ได้รับบาดเจ็บ พวกเขาก็ได้รู้ว่ากลุ่มผู้ก่อการร้ายกำลังวางแผนก่อเหตุระเบิดอีกครั้ง