Nikita

No primeiro episódio da terceira temporada, Ryan assume o comando da Divisão, com Nikita a seu lado. A primeira missão deles é capturar "Os Trinta Sujos", agentes renegados da Divisão que continuam a monte.

Nikita, Michael e a equipa tentam encontrar uma rapariga que sofreu uma lavagem cerebral, reabrindo feridas do passado de Alex.

Quando Ryan diz a Nikita que uma agente infiltrada foi detida e precisam de a resgatar da prisão, Nikita questiona-se por que razão a Divisão continua a levar a cabo as antigas missões de Percy. Nikita, Michael e Sean tentam impedir um ataque terrorista, mas sofrem uma baixa quando Alex é alvejada. Entretanto, Birkhoff e Sonia (atriz convidada recorrente LYNDIE GREENWOOD) continuam a discutir.

Amanda envia Anne, uma agente renegada da Divisão, para libertar Owen de uma prisão russa, mas Owen consegue escapar das suas garras e envia uma mensagem a Nikita a dizer que está livre. Quando Nikita o localiza, Owen fica chocado ao descobrir que Nikita agora faz parte da Divisão, mas regressa à base com ela. Michael e Ryan não têm a certeza se podem confiar em Owen, mas Nikita apoia o seu amigo.

Ryan admite que a Divisão está em apuros e Nikita e Michael estão furiosos por lhes terem ocultado esta informação. Alex e Owen são apanhados por uma explosão e acham que foi orquestrada por alguém de dentro.

Nikita e Michael capturam Cyrus, um traficante de armas que está a comprar um dispositivo de bloqueio de armas para Ari. Nikita convence Ryan a usar Cyrus como isco para capturar Amanda, mas Cyrus consegue escapar à armadilha. No entanto, quando Amanda trai Cyrus, a única esperança de sobrevivência deste é Nikita. Birkhoff persegue o infiltrado de Amanda e Alex começa a perder o controlo.

Birkhoff diz a Nikita que Sonya é a infiltrada de Amanda e que esta reativou o chip de morte de Sonya e colocou um segundo infiltrado na Divisão para a vigiar. Nikita, Michael e Ryan planeiam usar Sonya para descobrir o esconderijo de Amanda. Birkhoff arma uma armadilha para o segundo infiltrado. Michael confronta Alex sobre o seu consumo de drogas e ela implora-lhe que não conte a Nikita.

Nikita e Owen enfrentam um "limpador" renegado chamado Liam (ator convidado PEDRO PASCAL - The Good Wife), enquanto Michael assume um novo cargo na Divisão. A relação entre Michael e Nikita fica tensa à medida que ele a vê a trabalhar com Owen.

Um agente renegado chamado Ray (ator convidado MATT BUSHELL - True Blood) rapta a namorada, Kate (atriz convidada ANNA HOPKINS - A Minha Versão do Amor), pelo que Ryan envia a equipa para a resgatar. Nikita fica confusa quando Michael manda Owen para o terreno com ela, em vez de ir ele próprio. Entretanto, Sean toma uma decisão em relação a Alex.

Michael abdica do seu cargo de agente no terreno e retoma as suas funções na Divisão, liderando as Operações. Depois de obter informações cruciais de Birkhoff, Nikita prepara uma missão secreta em território perigoso. Quando Michael, Alex e Ryan descobrem, seguem-na até ao Kosovo, mas o desfecho tem consequências de longo alcance para a Divisão.

Uma agente da CIA chamada Naomi depara-se com um dossier que detalha o envolvimento de Madeline Pierce com a Divisão e entrega-o ao diretor da CIA, Morgan Kendrick. Quando Kendrick é assassinado pouco tempo depois, Amanda incrimina Sean pelo assassinato e a CIA detém-no. Nikita promete a Alex libertar Sean e elabora um plano que pode salvá-lo ou custar-lhe a vida.

Ari pede ajuda à Divisão e Nikita e Michael ficam surpreendidos quando Ryan considera a proposta. Sean sente ciúmes da relação entre Alex e Owen.

Para conseguir o controlo da caixa negra, Amanda planeia raptar Stefan, filho de Ari, para o usar como moeda de troca. Ainda sob custódia da Divisão, Ari implora ajuda a Nikita. No entanto, Krieg, guarda-costas de Stefan, consegue capturar Nikita e Amanda, e as duas têm de colaborar para escapar. Owen fica furioso com Michael depois de este designar Alex para ser o reforço de Nikita, em vez dele.

Amanda mantém Alex refém e diz a Nikita que a libertará em troca de Ari. Em cativeiro, Alex faz amizade com uma outra prisioneira, Larissa.

Nikita decide que a Divisão deve aceitar uma missão do governo em Paris. Alex e Birkhoff ficam chocados quando descobrem um segredo tão grande que poderia literalmente fazer a Divisão explodir.

Nikita e Michael descobrem uma nova prótese de mão que poderá fazer com que Michael volte a ser como era, mas o preço a pagar é demasiado elevado. Entretanto, Alex e Sean são encarregados de investigar quem, dentro da Divisão, está por trás de um motim que termina em derramamento de sangue.

Alex confessa a Birkhoff o seu desejo de deixar a Divisão. Amanda começa a dar a Owen algo que ele nunca conseguiu encontrar: memórias do seu verdadeiro passado. Apesar das tentativas de Nikita para o ajudar, Owen começa a confrontar os acontecimentos do seu passado.

Submetida ao horrível processo de condicionamento mental de Amanda, Nikita embarca numa terrível viagem ao passado. Neste processo, ela descobre o segredo mais profundo e bem guardado de Amanda.

Marcada pelo sangue e pela destruição da Divisão, Alex, dominada pelas emoções, volta aos velhos hábitos violentos. Birkhoff debate-se com as suas perdas pessoais.

Nikita, Michael, Alex e o traficante de armas Cyrus (ISAIAH MUSTAFA) realizam uma ousada operação na cimeira económica do G20, fortemente protegida.

Michael questiona o compromisso de Nikita para com uma vida para além da rede da Divisão e não é o único a ter dúvidas. Alex pondera uma proposta intrigante feita por um vencedor do Prémio Nobel.

No último episódio da temporada, Amanda põe o seu plano final em ação e coloca Nikita numa situação de risco de vida, em que esta tem de escolher entre salvar Michael... ou a si própria. A equipa corre contra o tempo para encontrar uma forma de deter Amanda, mas com a Divisão, podem acabar por ficar em desvantagem.