خلال مداهمة اجتماع مع ممثل أجنبي يشتبه في تورطه في فساد وأنشطة إجرامية، يصادف "دايسكي أراماكي" من الأمن العام امرأة غامضة ذات جسد آلي كامل. تقدّم المرأة نفسها باسم "موتوكو كوساناغي"، وتقترح على وزير الشؤون الداخلية تشكيل وحدة قوات خاصة جديدة. كخطوة أولى، يطلب "أراماكي" من "كوساناغي" التحقيق في أمر ما.

بعد أن يستقطبهم "أراماكي"، تبدأ "كوساناغي" وفريقها العمل باسم فرقة "الشبح في الصدفة". في مرحلة ما، يُصاب الدماغ المعزز إلكترونياً لمترجمة وزير الخارجية بفيروس، فيشعر "أراماكي" أن العقيد "ماليس"، المقيم منفياً في البلاد، يحاول إفشال اجتماع سرّي، لذا يكلّف "كوساناغي" بتتبع مصدر الاختراق والعثور على الجاني.

بعد مطاردة محمومة بآليات الـ"فوتشيكوما"، تتمكن "كوساناغي" و"توغوسا" من القبض على المشتبه فيه. في مكان آخر، يراقب "أراماكي" و"باتو" العقيد "ماليس"، قبل أن يزوره شخص يشتبهان في أنه "سيد الدمى"، المخترق الذي أطلق الفيروس بأوامر منه.

تشهد البلاد موجة من الهجمات على البشر تنفّذها روبوتات قُدمت كعينات ترويجية. يجمع فريق "كوساناغي" روبوتات من ذلك الطراز، فيتبيّن أنها تحمل قاسماً مشتركاً. يتوجه "باتو" و"توغوسا" إلى شركة "هانكا" للصناعات الدقيقة حيث صُنعت تلك الروبوتات لكشف الحقيقة وراء هذه الهجمات.

تتوجه "كوساناغي" والفريق إلى الشمال الأقصى لمراقبة إنسان نصف آلي قتالي يُدعى "كويل كراسنوف". لمعرفة ما يسعى إليه "كويل" وكشف الفساد وراء توسعة مصنع "ساغاوا" للإلكترونيات الواقع تحت الأرض، تتسلل "كوساناغي" إلى مكاتب "ساغاوا"، بينما يتجه "باتو" وبقية الفريق إلى المصنع الجوفي.