시즌 프리미어. 스타플릿은 이전 동료들인 크리스 리오스, 아니카 한센 대통령, 라피, 쥬라티 등이 은하계를 위협하는 이상 징후를 발견하고 다시 한번 전설적인 장 뤽 피카드를 불러들여야 한다.

피카드는 자신이 엇갈린 시간대의 2024년으로 보내졌고, 여기서 오랜 앙숙, 큐가 마지막 '시험'을 계획하고 있다는 사실을 알게 된다. 피카드는 반이상향 미래의 원인을 찾기 위해 믿을 만한 동료를 찾는다.

피카드와 선원들은 2024년 로스앤젤레스로 돌아가 엇갈린 시간의 실마리를 푸는데 도움을 줄 수 있는 '감시자'를 찾는다. 세븐, 라피, 리오스는 400년 전의 낯선 세상에서 모험을 즐기는 가운데, 피카드와 쥬라티는 위험하면서도 예상 밖인 협력자를 만나 정보를 얻으려 한다.

미래를 구할 시간이 점점 사라지는 가운데, 피카드는 위기를 인지하고 오랜 친구의 도움을 찾는다. 이 와중에 리오스는 잘못된 길로 빠지게 되고, 쥬라티는 보그 여왕과 거래를 한다.

피카드는 한 인물을 만나 그의 과거가 시간을 엇갈리게 하는 데 중요한 역할을 한 것을 알게된다. 큐는 계속 시간을 조작하고 있는 가운데, 애덤 숭 박사의 관심을 끌게 된다. 세븐과 라피는 리오스 구출을 위해 과감한 도전을 하고, 쥬라티는 보그 여왕과의 거래로 인한 결과물을 맞이한다.

탈린의 도움으로 피카드와 선원들은 합동 우주 임무 전날 밤 갈라에 침입한다. 이들이 엇갈린 시간을 되돌릴 수 있는 우주 비행사 중 한 명인 르네 피카드를 지키기 위함이다. 코레는 르네의 아버지의 업적에 대한 놀라운 발견을 하게 된다.

탈린은 피카드의 잠재의식으로 들어가 혼수 상태에서 깨우는 동시에 가장 어두운 비밀이자 두려움을 맞서게 도와준다. 세븐과 라피는 이들을 내적 괴물에 대한 두려움으로 무릎을 꿇게 한 쥬라티를 찾아나선다. 리오스는 테레사에게서 자신의 정체에 대한 진실을 들키지 않게 하기 위해 힘쓴다.

유로파 임무 발사 시간은 점점 가다오는 가운데, 피카드와 가이난은 어서 FBI 감시에서 벗어나야 한다. 세븐과 라피는 쥬라티, 그리고 그녀가 가져올 공포와 마주하게 된다.

피카드와 선원들은 새 육신을 가진 오래된 적에게 공격을 당하면서 목숨을 걸고 싸운다. 하지만 생존을 위해 피카드는 먼저 그의 과거 유령과 맞이해야 한다. 세븐과 라피는 쥬라티와의 마지막 승부를 가진다.

시즌 2 최종회. 유로파 임무까지 몇 시간 남지 않은 가운데, 피카드와 선원들은 미래를 구하기 위해 시간에 맞서는 자신들을 발견한다.