Mary Queen of Scots verkent de turbulente levensloop van de charismatische Mary Stuart. Wanneer Mary - koningin van Frankrijk met 16 jaar - twee jaar later weduwe wordt, weigert ze te hertrouwen. Ze verkiest naar Schotland terug te keren om er haar rechtmatige troon op te eisen. Door haar geboorte kan ze ook aanspraak maken op de troon van Elizabeth I, Koningin van Engeland.
