Cypher

Wanneer de FBI een mysterieus gecodeerd document ontdekt, schakelen ze een van de beste cryptanalytici in: Wil Scott. Terwijl hij probeert het vaderschap en zijn werk in evenwicht te brengen, brengt wat hij ontcijfert zijn eigen leven in gevaar als hij zich realiseert dat het document een hitlijst is.

De mysterieuze mensen na de hitlijst faken Wills dood. Nu probeert hij van de straat te blijven en ontmoet een mysterieuze vrouw genaamd Claire die hem opneemt. Will neemt contact op met zijn FBI-beste vriend Kurt en lijdt aan de angel van verraad.

Will probeert erachter te komen voor wie Kurt werkte, en hij keert terug naar Claire's zodat ze de rest van de gecodeerde lijst samen kunnen kraken. Andere onheilspellende, geïnteresseerde partijen geven het FBI-onderzoeksteam reden om zich zorgen te maken over wie deze cryptanalyticus "Will" eigenlijk is en aan welke kant hij vecht.

Will en Claire haasten zich om het volgende slachtoffer op de hitlijst te bereiken voordat het te laat is, terwijl Will undercover probeert te blijven en 'dood' lijkt. Het FBI-team ervaart enkele doorbraken in hun onderzoek terwijl ze proberen de verantwoordelijken voor de dood van verschillende FBI-agenten tot op de bodem uit te zoeken.

Will maakt weer contact met dochter Anna en ze belooft zijn geheim te bewaren. De FBI praat met Will's ex-vrouw en Anna, en hun razernij om Will te vangen neemt toe wanneer hij en Claire uitglijden en hun dekking opblazen. Ondertussen ontcijfert Will het volgende hitlijstdoel.

Wanneer de FBI een kopie van de lijst vindt, brengen ze een nieuwe cryptograaf binnen om de code te kraken. Will bezoekt een hackervriend en ontdekt een nieuwe lead om Kurt's telefoon te ontgrendelen, die nieuwe onthult informatie over Claire."

Claire onthult haar ware aard en voor wie ze werkt, en haar baas Chris ontvoert Anna zodat Will de druk voelt om de rest van de code op te lossen. Will keert terug naar het FBI-team wanneer hij zich realiseert dat hij het niet alleen kan volhouden, maar beide partijen hebben moeite om elkaar te vertrouwen.