Sæsonpremiere. Omtrent tre måneder efter begivenhederne i sidste afsnit af sæson 1, bliver U.S.S. Cerritos sendt ud på en mission, der resulterer i et møde med ”sære energier”.

Vores Underdækkere har problemer med at knytte bånd med sekondløjtnant Jet Manhaver, som har fået tildelt Boimlers køje og opgaver. Samtidig får vi et glimt af Boimlers liv på U.S.S. Titan, der er mere intenst, end han havde forestillet sig.

Tendi hyrer Mariner til at hjælpe med en særlig opgave, som dr. T'Ana har tildelt. På U.S.S. Cerritos er Rutherford opslugt af et brobesætningsmysterium.

U.S.S. Cerritos sendes til en planet for at undersøge en uforklarlig observation af en farlig Mugato.

Mariner og Boimler forsøger at opspore placeringen af en legendarisk Stjerneflåde udsending, mens broens besætning tager sig af et usikkert diplomatrumvæsen.

Anomali-konsolideringsdagen på U.S.S. Cerritos efterlader Underdækkerne med blandede følelser. Kaptajn Freeman forsøger at forhandle fred i Pakled-planetens hjemverden.

Mariner og Boimler er strandet på en ubeboet planet med en sansende computer. På Cerritos skal kommandørløjtnant Billups bevise sine tekniske evner over for en gammel modstander.

En konsulent ankommer til U.S.S. Cerritos for at gennemføre øvelser, der kræver, at folkene fra de nedre dæk og fra broen bytter ansvarsområder.

Boimler forsøger at finde en ven på broen, mens besætningen på U.S.S. Cerritos får noget hviletid under en lang warptur.

I sidste afsnit af sæson to får U.S.S. Cerritos til opgave at yde hjælp til et rumskib af Excelsior-klassen på en første kontakt-mission.