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अंतरिक्ष यात्री मॉली वुड, सीरिज़ प्रीमियर पर आउटर स्पेस में अपने 13-महीने के एकल मिशन के बाद, अपने पति जॉन और बेटे ईथन के साथ फिर से जुड़ने की कोशिश करती हैं।

मॉली के गिरने के बाद और सेराफ़िम या देवदूत से उसका सामना होने के आभास के बाद, सैम उसका अल्ट्रासाउंड करने के लिए तैयार हो जाता है ताकि वह अपनी रहस्यमय गर्भावस्था के बारे में अधिक जान सके। साथ ही, मॉली क्रिगर को ट्रैक करती है और उसे अपने खुद के एकल मिशन की परेशान करने वाली जानकारी बताती है।

मॉली को यह तय करना है कि यदि वह जॉन को अपनी गर्भावस्था के बारे में बताएगी, जहाँ एक ओर वह पहले से ही अपने रिश्तों में दूरी का सामना कर रही है। इस बीच, जॉन और मॉली अपने माता-पिता से मिलते हैं, जिन्हें ईथन पर संदेह है, जब वह पहली बार स्कूल जाता है।

जब स्पार्क मॉली को संगरोध करने का प्रयास करता है, तो वह और उसका परिवार अपने पिता क्विन, जिनके साथ उनका मनमुटाव था, एक दूर द्वीप पर शरण लेते हैं। जब एजेंसी अपने सभी ठोर-ठिकाने बंद कर देती है, तो ईथन एक बड़े खतरे में पड़ जाता है।

जब मॉली की गर्भावस्था की तिथि पर प्रश्न उठता है, तो जॉन उसकी मानसिक स्थिति पर संदेह करने लगता है। इस बीच, ईथन को एक बड़ा झटका लगता है और जॉन और जूली इस बात में उलझे हैं कि कौन उसकी देखभाल करेगा।

मॉली उस फ़ुटेज का पर्दाफ़ाश करती है, जो आईएसईए द्वारा उसे एकल मिशन हेतु चुनने का वास्तविक कारण जाहिर कर सकती है। इस बीच, ईथन अपने पहले सपने का अनुभव करता है, एक अचानक हुई प्रगति या वृद्धि जिसके लिए उसे प्रोग्राम नहीं किया गया था और जूली जिम में एक रहस्यमय व्यक्ति से मिलकर काम में से अपना ध्यान भंग करती है।

इस बात से आश्वस्त कि एजेंसी उसके बच्चे को रखेगी, मॉली यह पता लगाना चाहती है कि कहाँ। इस बीच, जॉन ईथन की प्रोग्रामिंग में नई और आश्चर्यजनक प्रगति की खोज करता है और केर्न क्रिगर को उस संदिग्ध वीडियो को पुनर्प्राप्त करने के प्रयास में बंधी बनाता है, जो उसने आईएसईए से चुराया था।

जब मॉली को पता चलता है कि उसका बच्चा जीवित है, तो वह केर्न और क्रिगर के साथ बच्चे तक पहुँचने के मार्ग को रोकने की योजना बनाती है, इससे पहले कि स्पार्क और यासुमोटो फिर से उसका पता लगा सकें। इस बीच, जॉन ईथन के तीव्र विकास को बनाए रखने के लिए संघर्ष करता है।

जब स्पार्क को अपनी मृत बेटी के ख्याल के प्रभाव में आ जाता है, तो वह मॉली के बच्चे के साथ कहीं दूर स्थान पर चला जाता है। अब, यासुमोटो और मॉली को बच्चे का पता लगाने के लिए एक दूसरे पर भरोसा करना होगा।

जैसे मॉली अपनी "संतान" को बचाने के करीब पहुँचती है, जॉन को पता चलता है कि यासुमोटो संभवतः उनके परिवार के हित में नहीं है और स्पार्क वादा करता है कि वह "संतान" को जीवित रखने और अपनी मृत बेटी के ख्याल को बनाए रखने के लिए, कुछ भी करेगा।

जैसै-जैसे बच्चे की शक्तियां बढ़ती हैं, मॉली को अविनाशिता तक यासुमोटो के दर्दनाक पथ के बारे में ज्ञात होता है। जब स्पार्क को अपने मिशन के बारे में संदेह होना शुरु होता है, तो अन्या उत्तरदायित्व ले लेती है। इस बीच, ओडिन गुप्त रूप से एथन की सर्किटरी तक पहुंचने की कोशिश करता है।

जब मॉली का आखिरकार अपनी संतान के साथ आमना-सामना होता है, तो उसे एहसास होता है कि केवल वो ही आने वाले खतरे को रोक सकती है। इस बीच, जूली ओडिन के बारे में गंभीर रहस्यों को उजागर करती है।

मॉली सेराफ़िम को पृथवी से दूर रखने और दुनिया की आबादी को घातक बीमारियों से बचाने के एक प्रयास में अंतरिक्ष में वापस लौटती है। साथ ही, जॉन को पता चलता है कि सीज़न के अंत में ओडिन की योजना ने ईथन को एक बड़े खतरे में डाल दिया है।