El episodio comienza con el asesinato del presidente del banco Yatsubishi, el señor Yamazaki, en una fiesta realizada en una mansión privada. La víctima se encerró a si misma en una habitación, cerrándola completamente por dentro y quedando así sola. El Inspector Megure está sin pistas para resolver el caso hasta que llega Shinichi y revela que el asesino fue...

Shinichi se despierta y se halla en el cuerpo de un joven niño por efecto del veneno. Después de demostrar su identidad al profesor Agasa y explicar las condiciones en las que fue envenenado, decide permanecer escondido para que los hombres de negro no lo encuentren y traten de matarlo.

Conan Edogawa se levanta de la cama, se cepilla los dientes y dice que han pasado tres dias desde que es niño; en eso recuerda a los hombres de negro, al salir de la escuela Conan se niega a caminar a casa desde la escuela con sus compañeros de clase. Va a la casa de Hiroshi Agasa quien le entrega una Pajarita que según el puede emular cualquier voz.

Conan está con sus amigos en el museo de arte cuando se encuentran con un mapa de un tesoro. Ellos se ponen muy contentos y deciden ir a buscar el tesoro, pero no saben ni por dónde empezar, los dueños del mapa se preocupan pero no pueden ir a recuperarlo ya que la policía estaba allí, más tarde deciden dejar que los niños descifren el mapa por ellos.

Kogoro y Ran fueron invitados a una boda, pero se tienen que llevar con ellos a Conan, Mitsuhiko, Ayumi y Genta. Cuando estaban en el tren para dirigirse a la boda, Conan se encuentra con unos hombres de negro que parecen idénticos a Gin y Vodka.

Ran es invitada a una fiesta por el día de San Valentín a la que decide ir junto con Sonoko, su mejor amiga. Conan se pone celoso ante la posibilidad de que alguien pueda tontear con Ran y decide ir también, al terminar de comer un poco, se da lugar un áspero caso de asesinato.

Durante los últimos dos años, el cirujano Masayuki Ogawa ha estado recibiendo cajas con juguetes usados, algo de dinero en efectivo el primer día de cada mes por parte de un remitente desconocido, además de una carta en su último envío y unas flores que envía cada año. Kogoro se hace cargo del caso, como siempre con Conan investigando.

Ran obliga a Conan y Kogoro a visitar el museo de arte de Beika del cual se cuenta que hay una armadura medieval moviéndose por sí misma. El museo será demolido pronto pero ocurre un asesinato.

Un amigo acaba asesinando a otro, pero huye disfrazado y nadie le reconoce. Cuando la policía investiga el caso se encuentra con que este inviduo posee una coartada sólida.

Una chica joven llega a la oficina de Kogoro para pedirle que encuentre a su novio desaparecido: Shinichi Kudo. Sin embargo, Conan no reconoce a esta joven, aunque ella insiste. Al mismo tiempo el hermano pequeño de un futbolista ha sido secuestrado. Los dos sucesos están enlazados entre sí. Las mentiras y la verdad terminarán saliendo a la luz.

Kogoro recibe una carta de un tal Seiji Aso en la que se anuncia un asesinato, así que van a la isla indicada, donde descubren que Seiji Aso murió hace mucho tiempo. En el velatorio del anterior alcalde, muerto de un ataque al corazón, un hombre aparece muerto junto al piano que tocaba Seiji Aso entre las llamas.

Segunda parte del especial. Tras releer la carta, Conan cae en la cuenta de que lo que la carta anuncia realmente son asesinatos en serie, por lo que aún no ha acabado.

Cuando están jugando al escondite en un parque, Ayumi se esconde en el maletero de un coche y se queda dormida. Cuando se despierta, el coche ya no está en el parque y Ayumi encuentra la cabeza de una niña degollada envuelta en papeles de periódico. Conan tendrá que encontrar el coche y rescatar a Ayumi, junto a Genta y Mitsuhiko.

Una chica llega a la agencia de detectives Mouri para que Kogoro busque a su padre, al que no ve desde hace algún tiempo. Siguiendo algunas pistas, Conan, Ran y Kogoro lo encuentran. Sin embargo, poco después, el padre es asesinado y la chica desaparece en extrañas circunstancias. Todas las pistas conducen a un hombre corpulento.

La liga juvenil de detectives ven como un hombre está disparando a una pelota en el río y Conan se da cuenta de que el hombre está siendo amenazado con una pistola por otra persona. En el lugar donde estaba el hombre hay una calculadora con extraños números. Los detectives se marchan de allí, pero Conan se da cuenta de lo que quiere decir aquella pista.

Cuando están buscando a un gato a petición de un niño, la liga juvenil de detectives ven por la ventana de una casa el cuerpo ensangrentado de un hombre en la bañera. Los niños llaman a la policía y Conan se queda vigilando. Los policías llegan, la casa en cuestión es de dos hermanos muy misteriosos. Pero, sorprendentemente, el cadáver ya no está allí y todo está limpio.

Un hombre llama a Kogoro para que investigue si su mujer es infiel, y tras escuchar los resultados de la investigación, donde se determina que su mujer le es infiel, llega un visitante y el hombre es asesinado. Consultando su agenda, hay varios sospechosos, su mujer infiel, y sus otras visitas, un médico, un amigo y un profesor.

La liga juvenil de detectives se quedan encerrados en un centro comercial y tienen la mala suerte de que ese día entran unos ladrones cuyo jefe va caracterizado como Yaiba el Enmascarado, el héroe de los niños.

Una antigua profesora de Shinichi y Ran se va a casar, así que esta última, Sonoko y Conan van visitarla momentos antes de la boda. Mientras conversan con ella, entran otras personas, como una amiga de la señorita Sayuri, su padre, el superintendente del departamento de homicidios, el novio, y un alumno enamorado de la profesora. Pero la señorita es envenenada y los sospechosos son esos 4.

Ran es elegida para ser modelo por una diseñadora de moda, pero cuando van a su oficina, una empleada que tenía diferencias con su jefa, la diseñadora, es asesinada en el ascensor. Conan empieza a sospechar inmediatamente en la culpabilidad de la diseñadora, pero tendrá que probarlo, ya que al parecer no pudo tener tiempo para llegar, matarla y volver a bajar dando la voz de alarma.

Ayumi va camino a casa cuando ve una luz extraña en una casa abandonada, en la cual se produjo un asesinato hace años. Al final, convence a sus amigos para ir allí. Los chicos están muertos de miedo, aún repitiéndose que los espíritus no existen. Pero algunos hechos y ruidos hacen pensar a Conan que algo pasa realmente en esa casa, y no es precisamente un cuento de fantasmas.

Yoko Okino protagoniza una serie de televisión e invita a Ran, Kogoro y Conan al rodaje en agradecimiento de su ayuda de la última vez. Pero poco después, uno de los cámaras allí presentes es asesinado, y el deber de Conan será investigar hasta dar con el asesino, gracias a un mensaje póstumo que dejó la víctima con su sangre justo antes de morir.

Kogoro, Ran y Conan pierden su barco de vuelta a casa y suben a uno muy lujoso, de una rica familia, los Hatamoto. Pero justo entonces el mayordomo pega un grito y se descubre el cadáver del cabeza de familia. El principal sospechoso es Hiroshi, el joven que ese mismo día se había casado con la joven nieta.

Otro asesinato ha sacudido a la familia Hatamoto. Todos siguen sospechando de Hiroshi, y ahora aún más, ya que se ha escapado de la bodega donde estaba encerrado momentos antes de este último crimen. Poco después, sucede otro ataque, esta vez sin víctima mortales. Rato después, buscando a Hiroshi, Conan descubrirá la identidad del asesino y la tragedia y dolor que hay tras esa familia.

Kogoro parece estar de suerte. ¡Ha conocido a una joven guapísima! Pero ella no tiene ni idea de quién es ni el porqué de su encontronazo con el «célebre detective durmiente», porque sufre de amnesia. Ran, Conan y Kogoro se propondrán esforzarse al máximo para ayudarla a recuperar la memoria.