Emily sta per finire il suo periodo di sospensione dall'FBI, e cerca di accettare le conseguenze delle sue azioni nelle ultime due stagioni. Sempre all'erta e sospettosa nei confronti degli altri, Emily vede minacce in ogni dove, e studia da vicino tutte le persone che incontra.

A seguito dei terribili avvenimenti, Emily deve lottare contro il tempo per trovare Nick e salvarlo, aiutata dal suo misterioso informatore, Kai. Quando scopre la sua ubicazione, però, Emily capisce che c'è un complotto più elaborato, e deve contemplare la possibilità che Nick sia stato ucciso.

Disorientato e paralitico per delle sostanze che gli hanno fatto assumere, Nick si sveglia in un luogo scuro ed isolato. Nel frattempo, in assenza del cadavere, Emily si rifiuta di credere che Nick sia morto, e stringe un patto per ritrovarlo. Scopre però che Dawkins ha preparato una trappola, e che tutti sono in pericolo.

La richiesta di Emily che l'FBI si metta alla ricerca di Nick incontra resistenze. Prepara quindi un piano rischioso che la fa incontrare con l'unico uomo che può portarla a Nick. Nel frattempo, da qualche parte in Europa, Nick viene drogato e torturato psicologicamente, e rivela il suo nascosto senso di colpa e le sue insicurezze come agente dell'FBI, come marito e come padre.

Emily accetta le richieste di Dawkins per farsi portare da Nick, e nel frattempo elabora un complesso stratagemma. Nel frattempo, il senso di colpa e la paranoia di Nick rischiano di sopraffarlo, ma lui riesce a far tacere i demoni che lo hanno perseguitato.

Nick viene ancora torturato, ma ha un'occasione di tentare la fuga dai suoi custodi. Cal ed Emily partono in soccorso di Nick, e nel corso del viaggio diventano più intimi. Quando raggiungono il luogo misterioso, trovano delle prove collegate al caso di Nick a Boston, ma di Nick non c'è traccia.

Emily fa un ultimo tentativo di restituire le cartelle rubate in cambio di Nick, e chiede prove che è vivo, ma non sa che lui è scappato dai suoi custodi con una fuga piena di brivido. Nick contatta l'FBI, ed Emily prende una decisione coraggiosa,e si scontra con Cal sul suo passato.

Emily e Nick architettano un piano per infiltrarsi nel campo profughi, e Cal fa finta di essere una guardia di Meridian nella speranza di trovare Armstrong e portarlo alla giustizia. Nel frattempo, Crown e Gunnarsen si avvicinano alla talpa di Meridian e alla fattoria arriva un visitatore inaspettato.

Nick si adopera per liberare i profughi, e Cal finalmente affronta Armstrong. Quando Gunnarsen e Crown vanno ad arrestare il vicedirettore Webb, fanno una scoperta terribile. Emily cerca di capire a fondo l'operazione di Elliot, e fa di tutto per proteggere la propria famiglia.

Finalmente Emily e Nick, tornati a Boston, si incontrano con Flynn, ma l'arma biologica di Elliot rimane una grave minaccia. Emily prende misure drastiche, e fa scelte pericolose, pur di salvare la sua famiglia.