Dopo che per anni si era creduto che l'agente dell'FBI Emily Byrne fosse stata una possibile vittima del serial killer Conrad Harlow, lei torna miracolosamente a casa dalla sua famiglia. Emily deve fare i conti con i misteri della sua prigionia e con il fatto che la vita di tutti i suoi conoscenti è proseguita senza di lei.

Il presunto assassino di Emily, Conrad Harlow, viene rilasciato. Emily non ha ancora compreso i motivi del rapimento e i misteri legati al periodo di prigionia. Mentre prova a rifarsi una vita, salta fuori un testimone che rafforza i sospetti su Emily. Lei nega ed è convinta che il testimone stia mentendo, probabilmente indotto dall'FBI a dichiarare falsa testimonianza.

Con l'omicidio del testimone, tutte le prove sembrano ricadere su Emily. Tommy Gibbs e il capo della polizia di Boston accusano Emily, mentre lei e Nick vanno alla ricerca dell'agente dell'FBI che ha indotto il testimone a mentire. Emily sospetta che lo stesso agente è anche coinvolto nel suo rapimento.

Le prove a carico di Emily non possono essere ignorate dall'FBI e dalla polizia di Boston, e le viene chiesto di costituirsi. Nel frattempo vecchi ricordi riaffiorano tra Emily e Nick. Emily decide di allontanarsi da Nick e provare a risolvere definitivamente i misteri che le hanno rovinato la vita.

La caccia a Emily si intensifica quando uno degli agenti dell'FBI viene assassinato, inducendo Nick a mettere in discussione tutto su Emily e sul suo ritorno.

Dopo essere riuscita a sfuggire miracolosamente alle autorità, Emily ritorna a Boston e scopre che l'unica persona a poterla aiutare potrebbe essere proprio quella che vuole distruggerla.

Supportata da nuove informazioni relative al suo rapimento, l'indagine di Emily la riconduce alla sua infanzia – mentre Nick affronta un'altra tragedia.

Mentre Emily si avvicina alla risoluzione del mistero del suo rapimento, Nick non si dà pace, cercando Alice e Flynn – le loro indagini li distruggeranno?

Con Nick e Tommy alle calcagna, Emily ottiene un indizio fondamentale da Jack che la riporta dove tutto è iniziato.

Il passato e il presente di Emily collidono in una drammatica resa dei conti – riuscirà a salvare Alice e Flynn e a dimostrare finalmente la sua innocenza?