Absentia

Emily udtjener de sidste dage i sin FBI-suspendering, mens hun kæmper med at acceptere konsekvenserne af hendes handlinger i de sidste to sæsoner. Ekstremt på vagt og mistroisk omkring andre ser Emily trusler overalt og ser nærmere på alle.

Efter dødbringende begivenheder må Emily haste om kap med tiden for at finde og redde Nick med hjælp fra en mystisk meddeler, Kai. Da hun opsporer ham, indser Emily, at der er et mere komplekst komplot på færde og må kæmpe med muligheden for, at Nick er blevet slået ihjel.

Desorienteret og bedøvet til en lammet tilstand vågner Nick på et mørkt og snævert sted. I mellemtiden, uden et lig som beviser, nægter Emily at acceptere, at Nick er død og går langt for at få ham tilbage, blot for at finde ud af, at Dawkins har lagt en fælde, og alle er i fare.

Emilys krav til FBI om at søge efter Nick mødes med modstand, hvilket får hende til at igangsætte en vovet plan, der stiller hende ansigt til ansigt med den eneste mand, der kan føre hende til Nick. I mellemtiden i Europa bliver Nick bedøvet og psykologisk tortureret, hvilket afslører hans begravede skyldfølelse og usikkerhed som FBI-agent, ægtemand og far.

Emily følger Dawkins anmodninger om at blive ført til Nick og lægger en klog plan på vejen. I mellemtiden truer Nicks skyldfølelse og paranoia med at overvælde ham, han lægger endelig sine personlige dæmoner til side.

Nick bliver tortureret, men finder en mulighed for at flygte. Cal og Emily tager ud for at redde Nick og bliver tættere på vejen. Da de når det mystiske sted, finder de beviser, der knytter Nicks sag til Boston, men der er intet spor af Nick.

Emily gør et sidste forsøg på at bytte de stjålne filer for Nick og kræver beviser for, at han er i live, uden at vide, at Nick er flygtet fra sine tilfangetagere i en hæsblæsende jagt. Nick kontakter FBI, og Emily tager den vovede beslutning at konfrontere Cal omkring hans fortid.

Emily og Nick planlægger at infiltrere flygtningelejren, og Cal udgiver sig for at være Meridian-vagt for at finde Armstrong og stille ham til retfærdighed. I mellemtiden nærmer Crown og Gunnarsen sig Meridians muldvarp, og der dukker en uventet gæst op på gården.

Nick arbejder for at befri flygtningene, og Cal konfronterer endelig Armstrong. Da Gunnarsen og Crown vil anholde vicedirektør Webb, opdager de noget dødbringende. I mellemtiden prøver Emily at nå til bunds i Elliots operation og går langt for at beskytte sin familie.

Emily og Nick forenes endelig med Flynn i Boston, men truslen om Elliots biovåben hænger stadig ved. Emily tyr til drastiske midler og træffer et farligt valg for at sikre sin families sikkerhed.