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Une partie de l'hôpital reste bouclée pendant que le centre de contrôle des maladies enquête sur la mystérieuse et mortelle maladie qui oblige Carter, Abby, Chen, Pratt et un patient SDF à être mis en quarantaine durant plusieurs jours. Restée seule, Susan Lewis lutte pour sauver un malade. Pendant ce temps, Elisabeth Corday, désormais veuve, retourne à Londres auprès de ses parents. Mais la ch...

Le chaos s'empare des urgences, lorsque, à la suite d'une fermeture d'hôpital, elles se retrouvent envahies de patients. Corday subit pour la première fois le contrecoup de la mort de son mari et se dispute avec Weaver, elle-même surmenée. Pratt met en colère ses collègues, lorsque, outrepassant son autorité, il ramène à la vie un patient déclaré mort d'un infarctus.

Atteint de la maladie de Huntington, un patient de Lewis est en phase terminale. Sa mère le voit s'éteindre peu à peu comme son père avant lui. Eric, le frère d'Abby, profite d'une permission pour lui rendre visite. Carter est touché par le cas d'une adolescente qui se prostitue pour se payer sa drogue...

Alors qu'elle est en train de faire une démonstration de vaccination en direct à la télévision, Weaver, à la stupeur générale, pique successivement ses deux journalistes cobayes avec la même seringue. Peu de temps après, Susan et Abby découvrent Weaver en train de se faire une injection dans les toilettes...

Le soir d'Halloween, les nombreuses victimes d'un incendie sont ammenées aux urgences. Au cours d'une opération délicate où il dirige le docteur Corday, Romano, encore traumatisé par son accident, perd son sang froid et son professionnalisme. Marquez porte de lourdes accusations contre Kovac. Simone Phipps, une jeune femme venant d'accoucher apprend que son enfant ne survivra pas. Elle n'arrive...

Le docteur Corday entre en conflit avec le nouveau chirurgien, Paul Nathan, quant à son intervention sur une jeune femme, Alison, ayant signé une décharge de non réanimation. Abby s'interroge sur le comportement très lunatique de son frère, Eric, et s'inquiète de la plainte déposée contre Kovac, son ancien petit ami, par une infirmière du service. Chen, menacée par un patient, trouve du réconfo...

Carter et Chen soigne une nurse d'origine chinoise qui semble très effrayée. Ils pensent que son patron est le père de son futur enfant. Incapable de dominer ses pulsions sexuelles, Kovac doit aussi faire face à des problèmes d'ordre professionnel et ce malgré sa détermination à trouver un spécialiste en ophtamologie pour un enfant. Gallant et Erin Arkins s'engagent dans une compétition de savo...

Toujours sans nouvelle de son frère Eric, Abby Lockhart se fait de plus en plus de soucis. Avec sa mère, elle part à sa recherche. Elizabeth Corday doit, quant à elle, s'occuper d'enfants qui ont été renversés par un camion alors qu'ils construisaient ensemble un bonhomme de neige. Leur état est critique...

Abby est affligée d'apprendre que sa mère est intervenue dans le traitement de son frère, Eric, en le placant dans un hôpital psychiatrique. Pratt soigne Morgan Brenner, une jeune fille victime d'un accident de voiture, porteuse d'un lourd secret qu'elle refuse de révéler. Kovac, encore sous le choc de son accident, reçoit de surprenantes propositions de la part de Matilda. Le couple qu'il form...

Tous étaient chez Susan pour fêter Noël ! Après avoir échangé les cadeaux, Abby s'apprêtait à partir quand Luka est arrivé, complètement ivre. Il lui avoue qu'elle lui manque mais la jeune femme le repousse... Un peu plus tard, Luka et Erin, qui sont en train de discuter en roulant en voiture, percutent un autre véhicule. Un père et son fils sont blessés. Luka et Erin se précipitent et parvienn...

Quand Pratt apporte une arme aux urgences, Carter se sent obligé de le couvrir. Par la suite, le comportement de plus en plus imprévisible de son collègue le pousse à réviser son jugement.De son côté, Weaver voudrait bien cacher son état à ses collègues. Des complications risquent fort de modifier ses plans...

Kerry Weaver ne sait quelle attitude adopter lorsqu'un homme politique influent, par ailleurs bienfaiteur de l'hôpital, est déclaré atteint de syphilis. Ce dernier lui demande en effet de maquiller les dossiers médicaux afin que cette information ne tombe pas entre les mains de la presse...

Pratt n'en croit pas ses oreilles. Son frère Leon, qui souffre de problèmes mentaux, lui demande de soigner un cambrioleur. Or, le malfrat s'est joué de Leon en le faisant participer à un acte criminel. Malgré tout, Pratt se laisse convaincre. Les relations entre Kovac et Weaver se dégradent...

Abby est bouleversée en apprenant que son frère a disparu aux commandes d'un avion. Les urgences sont submergées de jeunes adolescentes renversées par une étudiante atteinte d'un trouble psychologique rare. Les relations entre Chen et Pratt changent radicalement. Une jeune femme insiste pour que tout soit mis en oeuvre afin de sauver sa mère mourante : elle veut que les médecins la maintiennent...

Kerry se rend chez Luka afin de lui poser un ultimatum : s'il ne revient pas travailler le jour même, il sera renvoyé. Abby, quant à elle, peine à faire accepter à sa mère la mort d'Eric. Maggie demeure en effet persuadée que ce dernier est vivant, quelque part, et qu'il ne tardera pas à les rejoindre...

Un hold-up sanglant a endeuillé le restaurant "Doc Magoo", qui sert de point de chute aux employés du Cook County. Tandis que les médecins essaient de sauver la seule rescapée du massacre, la police tente de retrouver les coupables. Ce sont Gallant et Pratt qui font les frais du zèle des policiers...

John Bright revient à l'hôpital et fait pression sur Weaver pour qu'elle accepte de soigner discrètement son amant, à qui il a fini par transmettre la syphilis. Weaver cède et administre une injection de pénicilline au jeune homme sans connaître son dossier médical : une décision lourde de conséquences...

Romano, nommé chef des urgences contre son gré, décide de rendre la vie impossible à tout le monde. Luka reçoit un appel de Croatie de la part d'une amie médecin. Elle voudrait faire opérer aux Etats-Unis un enfant gravement malade. Susan, de son côté, est débordée par l'arrivée de plusieurs blessés...

Abby obtient des informations au sujet d'Eric, son frère disparu. Pendant ce temps, Romano continue à se faire des ennemis par ses jugements irréfléchis. Cette fois, il va même jusqu'à entreprendre une opération de chirurgie aux urgences. Kovac accueille une vieille amie et consoeur croate, Gordana Horvat, qui a décidé de venir observer le chaos régnant dans un hôpital urbain américain. Un grou...

Luka rassemble une équipe de bénévoles pour opérer un jeune Croate nécessitant une intervention urgente malgré le refus de Weaver. Par ailleurs, Romano se blesse à nouveau au bras et demande à Gallant de le soigner sans avertir les autres médecins. Carter, lui, soigne un jeune, victime d'un gang...

Lors d'une nuit de garde qui était programmée pour être sa dernière, Pratt doit multiplier les interventions. Il dispense les premiers soins à des cas très divers. Il commence par intervenir auprès d'une femme dont le bébé, sitôt né, lui a été enlevé pour être soumis à des expériences médicales...

Carter s'est rendu au Congo à la suite de l'appel au secours de Luka. Sur place, il découvre une situation sanitaire catastrophique, aggravée par le début d'une guerre civile. Il part rejoindre Luka au fin fond de la jungle, pour mettre en place une campagne de vaccination dans un camp déjà surpeuplé...