Auf der Suche nach Antworten über die Vergangenheit seines Vaters reisen Alex und seine besten Freunde Tom und Kyra nach Malta. Dort kommen sie den Anfängen einer tödlichen Verschwörung des kriminellen Geheimbunds Scorpia auf die Spur und decken die Identität seines charismatischen und ehrgeizigen neuen Anführers auf.

Als die britische Regierung eine erschreckende Terrordrohung erhält, die die Rückkehr von Scorpia ankündigt, beginnen Alan Blunt und das Department mit der Jagd auf ihren langjährigen Feind. In Malta verfolgt Alex die Spur des zwielichtigen, für Scorpia arbeitenden Wissenschaftlers zu seinem geheimen Labor an Bord eines stillgelegten Schiffs.

Alex wird gefasst und gefangen genommen, weshalb sich Tom, Kyra und Jack in einem Wettlauf um die Zeit auf die Suche nach ihm machen. Als Scorpia die Leistungsfähigkeit ihrer neuen Waffe, dem Unsichtbaren Schwert, demonstriert, wird Alex von Julia Rothman mit einigen unangenehmen Wahrheiten über seinen Vater konfrontiert.

Getrennt von seinen Freunden und gezwungen, mit einem seiner größten Feinde zusammenzuarbeiten, wird Alex von Scorpia einer harten Indoktrination unterzogen und muss sich einer Bande rücksichtsloser angehender Auftragskiller stellen.

Alex wird von Scorpia auf eine Mission geschickt, um seine Loyalität zu beweisen, dicht gefolgt von Tom und Kyra, die auf seine Rettung hoffen. Unterdessen versucht das Department, das Geheimnis um das Unsichtbare Schwert zu lüften.

Alex kehrt mit einer düsteren Rachemission nach Hause zurück. Jack, Tom und Kyra müssen die Hilfe unerwarteter Verbündeter in Anspruch nehmen, um Alex zu retten, bevor er sich Scorpia für immer verpflichtet.

Alex wird vom Department gefangen genommen und verhört. Jetzt liegt es an seinen Freunden, ihn daran zu erinnern, wer er wirklich ist. Aber gibt es da noch Wahrheiten über Alex' Vergangenheit, die ihm das Department verschwiegen hat?

Während Scorpia die letzten Phasen ihres Plans ausführt, der das Leben einer ganzen britischen Stadt bedroht, muss Alex erneut verdeckten Ermittlungen nachgehen und versuchen, Julia Rothman aufzuhalten, bevor es zu spät ist.