Stargate Atlantis

Tiimi pelastuu, kun paikalle saapuvat eversti Steven Caldwell ja Daedalus. Kaksi lähestyvää wraith-alusta tuhotaan. McKay toivoo, että nollapistemoduuli takaisi heille menestyksen. Samalla Ford käyttäytyy oudosti onnettomuuden jälkeen.

Sheppard käy epäileväiseksi, kun outoja toimintahäiriöitä alkaa sattua tiimin palattua Maasta. Tiimi saa selville, että Daedalukseen on tarttunut wraith-virus, joka ajaa aluksen selviytymismoodiin.

Luutnantti Fordin etsintä vie Sheppardin ja Teylan planeetta P3M-736:een. Siellä heidät vangitsee Ronon Dex: pakosalle lähtenyt wraithien vainoama mies. Tiimi tarjoutuu auttamaan Rononia ja vastustamaan wraitheja jälleen.

Tiimi järkyttyy Thenora-planeetalla, kun McKay ja merijalkaväen upseeri Laura Cadman viedään yhtäkkiä wraithien nuolialukseen. Kun tiimi tuhoaa sen, he huomaavat teknisen toimintavian, jonka johdosta Cadmanin tajunta päätyi McKayn kehoon.

Tiimi löytää planeetan, jossa rikollisia kohtaa julma rangaistus: sellaiset kuljetetaan tähtiportin lähelle wraithien vietäväksi. Menetelmä osoittautuu liiankin tehokkaaksi, sillä planeetan yhteiskunta vangitsee viattomia miellyttääkseen wraitheja.

Tiimi löytää sellaisen kokeen jäänteet, jolla muinaiset yrittivät luoda kaikkein tehokkaimman voimageneraattorin. McKay uskoo saavansa sen valmiiksi. Teyla ja Ronon saavat selville, ettei Ronon olekaan lajinsa viimeinen.

Beckett alkaa kokeilla uudenlaista hoitoa, jolla wraithit voisi muuttaa ihmisiksi. Tiimi löytää nuoren wraith-tytön, joka sopisi ensimmäiseksi potilaaksi. Tämä ihmisen kasvattama tyttö haluaa kokeilla kaikkia keinoja liiankin innokkaasti.

Beckett ruiskuttaa Sheppardiin wraith-lääkettä. Sheppardin henki vaarantuu hänen muuttuessaan hitaasti iratus-ötökkähybridiksi. Tiimi etsii parannuskeinoa kuumeisesti kumotakseen sivuvaikutukset, mutta ratkaisu saattaa jäädä Sheppardin harteille.

Sheppard (Joe Flanigan) ja tiimi löytävät muinaisten sota-aluksen nimeltä Aurora, joka on vaivutettu staasiin. Sheppard astuu alukseen virtuaaliympäristössä ja toivoo saavansa muinaisilta arvokkaita tietoja.

Itse luutnantti Aiden Ford sieppaa tiimin. Hän on koonnut oman supersotilaiden ryhmänsä wraith-entsyymiä ottaneista miehistä. Fordin tiimi aikoo tuhota pesäaluksen osoittaakseen, kuinka huikean voimakas entsyymi onkaan.

Wraithit ottavat tiimin panttivangiksi, kun pesän tuhoamisyritys epäonnistuu. Sheppard huomaa pian joutuvansa wraithien kuningattaren eteen, joka vaatii vastauksia. McKay palaa Atlantikseen suostutellakseen vartijat pelastamaan tiimin.

Tiimi löytää muinaisten luoman laitteen, joka imaisee Sheppardin sisäänsä ilman varoitusta. Tiimi rientää vapauttamaan hänet tuosta omituisesta vankilasta. McKay huomaa, että aika kuluu eri tavalla sen sisällä.

Tiimi kiirehtii estämään goa’uldeja, jotka aikovat tuhota Atlantiksen. Kenraalimajuri Landry ilmoittaa, että on viritetty pommi, joka räjähtää seuraavan kerran kun tiimi suuntaa Maahan. Sillä välin kaksi wraith-alusta suuntaa kohti Atlantista.

McKay ja kapteeni Hugh Griffin kokeilevat tuoreeltaan korjattua hyppyrialusta. Yhtäkkiä he menettävät aluksen hallinnan ja putoavat mereen. Kun alus alkaa upota hitaasti kohti merenpohjaa, Griffin uhrautuu pelastaakseen McKayn.

Sheppard ja tiimi löytävät maailman, jossa piilee muinaisten luomaa teknologiaa. Planeetan kuningasperhe ei kuitenkaan anna kenenkään muun valjastaa sitä, ja he kohtelevat kyläläisiä halveksuen.

Tiimi löytää kaksi avaruudessa kelluvaa pelastuskapselia. Niitä tutkiessaan he siirtävät vahingossa matkustajien mielet Sheppardiin ja Weiriin. Asiat kääntyvät pahempaan päin, kun tiimi saa kuulla kaksikon havittelevan toistensa tuhoa.

Eversti Sheppardin ryhmä saa kiireellisen kutsun M1K-177:ään, missä majuri Lornen ryhmän kimppuun käytiin. Kun Sheppard saapuu yksiköineen, paikan päältä löydetään vain palava rakennus ja hiiltyneitä ruumiita: oletettavasti Lorne miehineen.

Luutnantti Kenmore herää sairastuvasta muistinsa menettäneenä. Hän käy epäileväksi, kun painajaiset wraithiksi muuttumisesta vaikuttavat sangen aidoilta. Wraithit ihmisiksi muuttava seerumi tekee hänen pelostaan aiheellisen.

Sheppard ja tiimi vierailevat Taranis-planeetalla saatuaan kutsun sen kahdelta johtavalta asukkaalta: tri Norina Perolta ja kansleri Lycusilta. He haluavat McKayn korjaavan reistailevan kilpigeneraattorin ja sota-aluksen muinaisten tukikohdassa.

Kenmore palaa Atlantikseen wraith-ryhmä muassaan ja kesken sisällissodan. Hän pyrkii hyödyntämään Atlantis-tietojaan Sheppardin tiimiä vastaan ja ehdottaa vaihtokauppaa: Beckettin seerumi vastineeksi Atlantiksen salaamisesta.