สตาร์เกต แอตแลนติส

เมื่อเชพเพิร์ดกับโรนอนติดอยู่ใต้ซากอาคารถล่ม แมคเคย์กับลอร์นก็ติดอยู่ใต้ซากอีกมุมหนึ่ง ยานเรธครูเซอร์รุ่นเรือธงของไมเคิลพุ่งไปที่อาคาร ขณะที่คาร์เตอร์นำภารกิจช่วยเหลือ ใครจะไปถึงก่อนกัน

เมื่อดร.เคลเลอร์ไม่มารายงานตัวเข้ากะ สมาชิกทีมที่เป็นห่วงพบว่าเธอสลบอยู่ในห้องพัก สถานการณ์ที่แอตแลนติสตึงเครียดมากขึ้น วูลซีย์เผชิญกับการตัดสินใจที่อาจต้องแลกด้วยชีวิตเคลเลอร์

ระหว่างภารกิจนอกโลก โรนอน (เจสัน โมโมอา) ถูกซุ่มโจมตีและจับกุมโดยเพื่อนเก่า ไทร์ (มาร์ค ดาคัสคอส) และส่งให้เรธ ขณะที่ทีมเร่งหาเบาะแสเพื่อระบุตำแหน่งของเพื่อน โรนอนต้องเผชิญกับบททดสอบสุดทรมาน

ความขัดข้องของระบบขับเคลื่อนบนยานดีดาลัสปลอมลึกลับทำให้ทีมหลุดเข้าสู่โลกคู่ขนาน พบสิ่งมีชีวิตน่ากลัว ดวงอาทิตย์ที่แผดเผา และการสู้รบอย่างดุเดือดกลางอวกาศเหนือแอตแลนติส

หลังเกิดเหตุผิดปกติและพลังงานขัดข้องหลายครั้ง ทีมแอตแลนติสเผชิญการตัดสินใจที่ยากแสนยาก คือคิดหาวิธีปล่อยสิ่งมีชีวิตลึกลับไป หรือรอดูมันทำลายโครงสร้างเทคโนโลยีของเมือง

ระหว่างบินกลับแอตแลนติส แมคเคย์ล้มป่วยโดยไม่ทราบสาเหตุ ด้วยเกรงว่าอาการอาจทรุดหนัก แพทย์จึงเรียกน้องสาวเขามาอำลา แต่โรนอนเล่าให้จีนนี่ฟังถึงแท่นบูชาที่อาจช่วยให้ร็อดนีย์ได้กลับมาเป็นตัวเองอีกครั้งก่อนที่เขาจะตาย

ดร.เบ็คเกต (พอล แมคกิลเลียน) ถูกขอให้เลื่อนเดินทางกลับจากแอตแลนติส เมื่อมีข่าวว่าผู้พันแอนน์ เทลดี้ (คริสติน่า ค็อกซ์) และทีมภาคสนามของเธอบังเอิญพบหนึ่งในห้องทดลองร้างของไมเคิลที่อยู่ในอุโมงค์ใต้ดินขนาดมหึมา

ดร.เคลเลอร์และทีมแอตแลนติสพบกับเรธที่ชื่อท็อดด์เพื่อยื่นข้อเสนอที่น่าตกตะลึง เคลเลอร์เชื่อว่าเธอพบ “วิธีรักษา” ให้เรธไม่ต้องกินมนุษย์อีก แต่การรักษาใหม่นี้จะต้องมีผู้เข้ารับการทดสอบ

แมคเคย์กับโรนอนอาสาช่วยดร.เจนนิเฟอร์ เคลเลอร์ในการติดตามอาการผู้ป่วยนอกแอตแลนติส แต่ต่อมาเมื่อทั้งคู่กลับมาหาเธอ พวกเขาแปลกใจที่ได้รู้ว่าเธอได้ออกไปแล้วและการค้นหาในหมู่บ้านก็ไม่พบร่องรอยของเธอด้วย

ดร.แดเนียล แจ็กสัน (ไมเคิล แชงค์ส) จากเอสจี-1 เดินทางมาแอตแลนติสหลังงานวิจัยของเขาชี้ว่านักวิทยาศาสตร์แอนเชียนต์นาม “แจนัส” (กิลดาร์ท แจ็กสัน) อาจซ่อนห้องแล็บลับไว้ในเมือง

แจ็กสันและแมคเคย์เปิดใช้งานแอทเทโรดี เครื่องจักรของแอนเชียนต์ที่ออกแบบมาเพื่อกำจัดเรธ แต่ต่อมาพวกเขาก็ทราบเหตุผลที่ทำให้มันถูกทิ้งในท้ายที่สุด ในระหว่างนั้น ท็อดด์ยังกักตัวลูกเรือดีดาลัสเอาไว้

นาวาอากาศเอกเชพเพิร์ดและทีมพบดร.คาร์สัน เบ็กเก็ตต์บนดาวดวงหนึ่ง เขารักษาผู้รอดชีวิตจากโรคระบาดฮอฟแฟนกลุ่มเล็กๆ อยู่ แต่คืนเดียวกันนั้นเอง มีพวกนักรบเรธบุกเข้ามา ซึ่งเป็นภัยคุกคามถึงขั้นล้างเผ่าพันธุ์

สมาพันธ์กาแล็กซีที่ก่อตั้งใหม่เชิญนาวาอากาศโทจอห์น เชพเพิร์ดและทีม เป็นตัวแทนแอตแลนติสไปเข้าร่วมการประชุมครั้งต่อไป แต่เมื่อไปถึง พวกเขาถูกจับและต้องขึ้นศาลข้อหาอาชญากรรมต่อมนุษยชาติ

จู่ๆ แอตแลนติสก็มืดสนิท ยกเว้นยอดหอคอยกลาง เหลือเพียงชั้นบนสุดที่ไม่ได้รับผลกระทบ ขณะที่เชพเพิร์ดกับแมคเคย์พยายามขึ้นไปชั้นบนสุด พวกเขาพบว่ามีการสร้างสนามพลังขวางไม่ให้พวกเขาเข้าไป

ระหว่างที่ริชาร์ด วูลซีย์ (โรเบิร์ต พิคาร์โด) ประสบความยากลำบากในการรักษาตำแหน่งผู้นำแอตแลนติสอยู่นั้น แมคเคย์ (เดวิด ฮิวเล็ตต์) กับเซเลนกา (เดวิด นิกเกิล) สืบค้นข้อมูลเกี่ยวกับสิ่งลึกลับที่เจอ และเชพเพิร์ดก็ถูกศัตรูเก่าที่วางแผนจะบุกเมืองจับตัวไป

เมื่อทีมแอตแลนติสได้รับอนุญาตพักสองสัปดาห์ ดร.ร็อดนีย์ แมคเคย์รับคำเชิญโดยไม่เต็มใจนักจากอดีตคู่แข่ง มัลคอล์ม ทันนีย์ ไปร่วมงานสาธิตทางวิทยาศาสตร์ที่เขาอ้างว่าจะช่วยแก้ปัญหาโลกร้อน

ทีมเตรียมรับมือสถานการณ์ที่เลวร้ายที่สุดขณะขึ้นยานไฮฟ์ของเรธที่ลอยอยู่เหนือแอตแลนติส พวกเขาแปลกใจที่พบว่าลูกเรือของเรธอยู่ในภาวะหลับลึก เมื่อเกิดเหตุขัดข้อง ยานไฮฟ์ปล่อยลูกเรือที่เหลือออกมากินกันเองเป็นอาหาร

มีผู้สังเกตว่าดร.เจนนิเฟอร์ เคลเลอร์มีพฤติกรรมแปลกๆ แต่ตรวจอย่างละเอียดก็ไม่พบสิ่งผิดปกติ แต่การสืบของแมคเคย์ชวนให้เขาสงสัยว่าดร.เคลเลอร์อาจสลับจิตกับนีล่า คาโซล อาชญากรชื่อดัง

ในโลกคู่ขนาน จอห์น เชพเพิร์ดเป็นตำรวจสืบสวนในลาสเวกัสและสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องแปลกๆ ซึ่งเชื่อว่าเป็นผลงานของฆาตกรต่อเนื่องเพี้ยนๆ รายหนึ่ง ชีวิตเขาเปลี่ยนไปหรือนี่คือแผนอันตรายของเรธ

ทีมงงกับการจากไปแบบกะทันหันของของยานไฮฟ์ มีการตรวจพบสัญญาณซับสเปซอ่อนๆ ซึ่งเข้ารหัสเรธไว้ เมื่อถอดรหัสได้ก็ต้องพบกับสิ่งที่พวกเขากลัวที่สุด ข้อความดังกล่าวระบุชุดพิกัดที่คุ้นเคย ยานไฮฟ์กำลังมุ่งหน้าไปยังโลก!