สตาร์เกต แอตแลนติส

เมื่อแอตแลนติสเริ่มหยุดทำงานเพราะระบบไฟฟ้าพัง แมคเคย์ปิดระบบที่ไม่จำเป็นทั้งหมด แต่ในเพียง 28 ชั่วโมง เขาก็รู้ว่าโล่ของเมืองอาจหยุดทำงานอย่างสิ้นเชิงและทุกคนจะตายจากสุญญากาศของอวกาศ

นาวาอากาศโทเชพเพิร์ดนำทีมไปบุกเพื่อชิงซีพีเอ็มมากู้แอตแลนติส เมื่อเรพลิเคเตอร์รู้ว่าเมืองของตนโดนบุกรุก ทีมของเชพเพิร์ดต้องสกัดไม่ให้พวกเขาเข้าใกล้ มิฉะนั้นจะต้องล้มเลิกภารกิจและความหวังที่จะช่วยแอตแลนติส

โรนอนกลับไปติดต่อกับชาวเซทาดันกลุ่มหนึ่งที่เขาเคยรู้จัก ซึ่งมาชักชวนทีมแอตแลนติสไปช่วยต่อสู้กับเรธในภารกิจที่อันตราย แต่เมื่อทีมถูกจับ โรนอนต้องเผชิญความจริงว่าเพื่อนเก่าของเขาได้แปรพักตร์ไปแล้ว

ระหว่างเดินสำรวจดาวป่าดวงหนึ่ง เชพเพิร์ดแตะผลึกเรืองแสงและเขาได้กลายเป็นพาหะของพลังงานที่แพร่จากคนสู่คนได้ เมื่ออยู่ที่แอตแลนติส มันเริ่มย้ายจากคนสู่คน ทำให้ลูกทีมทั้งหมดตกอยู่ในความเสี่ยง

ระหว่างทางกลับแอตแลนติส นาวาอากาศโทเชพเพิร์ดถูกจับเป็นนักโทษโดยยานอันธพาลนอกคอกที่มีผู้บัญชาการเป็นมนุษย์โหดเหี้ยมผู้มีวาระซ่อนเร้น ระหว่างที่ทีมตามหาตัวเขา สติปัญญาของเชพเพิร์ดต้องถูกทดสอบอย่างหนักเพื่อเอาชีวิตรอด

ไวรัสความจำเสื่อมระบาดทั่วแอตแลนติส แมคเคย์ตื่นขึ้นโดยไม่รู้ว่าตัวเองเป็นใครหรือเกิดอะไรขึ้น แมคเคย์ปลดปล่อยตัวเองและออกตามหาความจริงเพื่อปลดล็อกปริศนานี้ โดยทำตามคำแนะนำในวิดีโอที่ตัวเองอัดไว้ก่อนหน้า

เทย์ลากับดร.เคลเลอร์มาถึงนิวแอโทสเพื่อแวะพักหนึ่งคืน แต่พบว่าทั้งเมืองถูกทิ้งร้างและชีวิตทั้งคู่ก็ตกอยู่ในอันตรายจากชนเผ่านักรบที่เกรี้ยวกราด โบลาไค ทั้งคู่ต้องเลี่ยงการถูกจับกุมจนกว่าแอตแลนติสจะส่งคนมาช่วย

เมื่อยังไม่พบร่องรอยชาวอะโธเชียน เทย์ลาขอออกจากดาวไปพบผู้หยั่งรู้ชื่อดาวอสที่อาจช่วยเธอตามหาคนของเธอได้ ขณะเดียวกันที่แอตแลนติส เจ้าหน้าที่วูลซีย์เดินทางสังเกตการณ์และประเมินนาวาอากาศเอกคาร์เตอร์

หลังทำงานถอดรหัสเรพลิเคเตอร์นายหลายชั่วโมง แมคเคย์ยอมรับแบบไม่เต็มใจว่าเขาต้องการความช่วยเหลือจากน้องสาว จีนนี่ แต่เธอหายตัวไป แมคเคย์เดินทางไปโลก มุ่งมั่นที่จะตามหาเธอและเปิดโปงว่าใครอยู่เบื้องหลังการลักพาตัว

ในขณะที่ดร.แมคเคย์ประสบความลำบากในการหาสาเหตุที่ทำให้สตาร์เกตใช้การไม่ได้อยู่นั้น ยานสำรวจปริศนาก็ตกลงมาที่เมือง การตรวจสอบทำให้แมคเคย์พบรหัสนาไนต์ที่น่าตกใจครู่หนึ่ง ก่อนโปรแกรมตรวจสอบระบบจะพังและสูญเสียข้อมูลไป

เมื่อได้วิธีติดตามยานของพวกเรพลิเคเตอร์แล้ว ทีมแอตแลนติสก็พยายามกำจัดพวกเรพลิเคเตอร์ให้สิ้นซาก ทีมเร่งอพยพผู้คนจากพื้นที่ทางผ่านของกองกำลังเรพลิเคเตอร์ที่กำลังรุกล้ำเข้ามา

เซ็นเซอร์ตรวจจับสัญญาณระยะไกลของแอตแลนติสพบสัญญาณจากอุปกรณ์ติดตามใต้น้ำที่คล้ายกับดร.แมคเคย์ ทีมตามรอยสัญญาณไปเจอยานไฮฟ์ที่ลอยพังอยู่ในอวกาศ ท่ามกลางข้อมูลของยาน พวกเขาพบข้อมูลอ้างถึงฐานลับของเรธ

เมื่อสัญญาณเตือนภัยดังขึ้น แมคเคย์สงสัยว่าไวรัสที่แพร่ง่ายได้กระตุ้นให้ระบบป้องกันตัวเองของเมืองทำงาน ระบบที่สำคัญต่างๆ ได้รับผลกระทบ ทีมแอตแลนติสพบตัวเองถูกขังอยู่ตามจุดต่างๆ ของเมืองโดยไม่มีทางออก

เพื่อรักษาความสัมพันธ์ทางการทูต เชพเพิร์ดและแมคเคย์ตกลงที่ร่วมทางไปกับฮาร์โมนี เจ้าหญิงองค์น้อยที่ฉลาดเกินวัย ในพิธีผ่านวัยที่จำเป็นต้องเข้าร่วม โดยไม่รู้ว่าเธอมีศัตรูและนิสัยบางอย่างที่เป็นข้อบกพร่องซึ่งยังไม่ได้แก้ไข

เมื่อนาวาอากาศโทเชพเพิร์ดได้รับข่าวว่าพ่อของเขาเสียชีวิต เขากลับโลก แต่เมื่อกลับถึงโลก เขามาพัวพันกับการทดลองอันตรายที่ผิดพลาด ทำให้เรพลิเคเตอร์ในร่างมนุษย์หลุดออกมาและต้องถูกจับกุมด้วยทุกวิถีทาง

ระหว่างทำภารกิจในหมู่บ้านนอกโลกที่เจอแผ่นดินไหวรุนแรง นาวาอากาศเอกคาร์เตอร์ ดร.แมคเคย์ และดร.เคลเลอร์ตกลงในหลุมยุบและโดนขัง ทุกครั้งที่พยายามหนีออกจากห้องขัง เขายิ่งตกอยู่ในอันตรายมากขึ้น

ไอโอเอมอบหมายให้นายคูลิดจ์สัมภาษณ์เทย์ลา เอ็มมาแกนและโรนอน เด็กซ์เรื่องความเหมาะสมที่พวกเขาจะอยู่ในทีมแอตแลนติสต่อไป โดยไม่มีใครรู้ว่าแผนบุกสถานีมิดเวย์ของเรธกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว

เทย์ลามุ่งมั่นที่จะตามหาชาวอะโธเชียนที่หายไปมากกว่าที่เคย เธอชวนเชพเพิร์ดเดินทางไปยังชุมชนค้าขายเพื่อค้นหาความจริง สิ่งที่พวกเขาพบที่นั่นจะนำไปสู่การค้นพบที่ไม่มีใครคาดคิด

หลังจากการกลับมาอย่างไม่คาดคิด ดร.คาร์สัน เบ็คเกตเล่าว่าตนเคยโดนกักขัง เมื่อเทย์ลาได้พบเพื่อนชาวอะโธเชียนที่หายไปบางคน และเริ่มวางแผนช่วยพวกเขาหนี ถ้าเธอหาพวกเขาพบได้ทันเวลา

หลังท้อใจจากตามหาเทย์ลาที่ไม่สำเร็จอีกครั้ง นาวาอากาศโทเชพเพิร์ดกลับแอตแลนติสและสัมผัสได้ว่าบางอย่างผิดปกติ เมืองถูกทิ้งร้าง แมคเคย์ริเริ่มแผนเสี่ยงในการจะไปแก้อนาคตอันเลวร้าย