NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

ヴァンス局長が誘拐されてから 1 ヵ月。彼が不在の間、ギブスが局長代理に任命される。シーズン16の最初のエピソードでは、ヴァンス局長の行方を追ってチームが世界中を捜索する。

海軍大尉が浴槽の中で殺害されるという事件が発生し、チームはどこか奇妙な近隣住民たちに聞き込み調査を行う。一方で、パーマーとトーレスは、夜遊びに繰り出し、そこでも問題が発生する。

NCISチームは、海軍一等兵曹トッド・ニコラス（キャメロン・ラディス）の自宅前で発生した爆発事件を捜査することに。人気リアリティ番組のスターであるトッドの妻、シーバ・ニコラス（タラ・ホルト）に魅了されてしまう捜査官も。

人里離れた別荘で静かに休暇を過ごしていたギブス。その憩いの時間は、トバイアス・フォーネル（ジョー・スパーノ）と海軍大佐フィリップ・ブルックス（ドン・レイク）の突然の訪問によって中断される。さらにNCISからの電話で、ギブスは近くの森に潜伏している強盗犯の捜索を手伝うよう依頼される。

50年前に殺された被害者が残したテープの録音が発見された。NCISチームは、殺人罪で終身刑に服しているレイ・ジェニングス（チャーリー・ロビンソン）の無実を証明しようとする。

ハロウィーンに犯罪現場に到着するNCISチーム。トーレスは、被害者が連邦法執行訓練で一緒だった友人だと気づく。一方で、ジミーは実験室に置いてある物が奇妙な動きをする現象に悩まされ、幽霊がいるのではないかと警戒する。

活動家であり、ストリートアーティストでもある人物の壁画が盗まれた。NCISは捜査を進めるうちに、海軍契約企業と海洋生物の安全を脅かす陰謀にたどり着く。そして、ビショップとストリートアーティストとの間には、特別な絆が生まれる。

米国内の殺人事件が、海外で起きた味方の誤射で兵士が死亡するという一連の事件と関連していることが判明する。捜査のために、マクギーとビショップはアフガニスタンに渡る。一方、ケイシーはトーレスと共に、さらなる法医学的証拠を求めて現場へと赴く。

未解決のまま迷宮入りした強盗事件の主犯が出所することになる。その事件には共犯者がいるとされていたが、不明のままだった。そんな中、再び捜査を始めたギブスたちは、彼女を追跡しようとする。

クリスマス休暇が迫る中、ホームレス施設でボランティア活動をしていた退役軍人が殺される。被害者は死の前日、麻薬密売人を施設から追い払っていた。その男の家を訪ねたギブスたちは、身元不明の赤ん坊を発見する。

国防長官の捜査中止命令を無視したことで、マクギーとトーレスは銃とバッジを提出するよう長官本人から求められる。窮地に立った2人は事の経緯を説明。発端は、ホテルの一室で大量の遺体を発見したことだった。

ギブスたちは、麻薬密売人に命を狙われた海軍大尉の死を偽装し、犯人を逮捕しようとする。しかし、予想外の事態が発生。そんな中、ギブスの父親の友人シドニーがNCISを訪れ、ある頼み事をしてくる。

軍属の民間人が殺される。被害者は、マクギーが高校時代に使っていたパスワードを所持し、彼の母校に電話していた。そんな中、マクギーの自宅に何者かが侵入し、学生時代に使っていたコンピュータを盗もうとする。

赤道祭が行われていた駆逐艦で、救助員が落水して死亡する。遺体には、中世の武器で殴られたような傷跡があった。艦長が溺死を否定する中、ギブス、マクギー、ビショップは事件の真実を探る。

クマに襲われたかのような三等兵曹の死体が見つかる。そんな中、刺創に気づいたパーマーのもとを義父エドが訪れ、殺人事件の偽装を懇願。職務と義理の間で板挟みになったパーマーは、ディノッゾ・シニアを頼る。

原子力潜水艦メンフィスで訓練中の死亡事故が発生する。ギブスとビショップが現場で状況を確認する中、なぜか潜水艦が潜行を開始。外部と隔離された状況下で、ギブスたちは他殺の線を疑って捜査を開始する。

音信不通のトーレスが、バージニアビーチの釣り船で血まみれの姿となって発見される。ギブスは記憶の一部をなくしたトーレスに診察を受けるよう命じ、聞き込みを開始。一方、ヴァンスに怪しい女が近づく。

海軍病院で銃乱射事件が発生。死傷者が出る中、顔を隠した犯人は大勢の人々に目撃されながらも現場から逃走する。ギブスたちが事情聴取にあたる一方、スローンは犠牲者のリストを確認した後に立ち去ってしまう。

工事現場から、2001年9月11日のアメリカ同時多発テロで死亡したはずの女性海兵隊員の遺体が見つかる。ギブスが被害者の父親に事件解決を誓う中、ビショップとケイシーは殺された彼女とギブスの関係を知る。

DNAのデータ化により、30年前の毒入りアイスクリーム殺人事件が解決に導かれる。しかし、犯人は法の網をすり抜けて無罪で放免。そんな中、マクギーは好条件の仕事のオファーを受けて、とある企業を訪れる。

国防長官の隠し口座を調査していたCIA局員クラークが殺される。やがて長官から口座記録を提供され分析にあたったマクギーたちは、闇の死刑執行組織の存在をつきとめる。

テロ指導者を確保した英雄らの1人である一等軍曹が殺される。残された妻が取り乱す一方、同じ戦功をあげた別の隊員が失踪。そんな中、ギブスは突然現場を離れ、精神科医の助言を求めに向かう。

フォーネルの娘がオピオイドの過剰摂取で入院し、生死の境をさまよう。同様の事件が大学内で相次いでいたことから、フォーネルはギブスに売人をつきとめてほしいと依頼。一方、ギブスは自身の苦しみと向き合う。