NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

海軍補佐官が殺害され、遺留品からマクギーの連絡先が見つかる。彼に心当たりはなかったが、補佐官が最後に連絡した人物がマクギーの祖母ペネロペだと分かり、チームは聞き込みを始めることに。真相を突き止めようとするメンバーたちと気丈に振舞う祖母の間で、複雑な心境に陥ったマクギーは自ら彼女を説得しようと必死になる。 ※エミー賞・トニー賞・グラミー賞受賞の舞台女優リリー・トムリンがマクギーの祖母ペネロペ役でゲスト出演！

極秘任務を言い渡されてから数ヶ月後、トニーは銃撃を受け、病院に運ばれていた。彼はショックで一連の記憶を無くしていたが、現場にはトニーと同時に別のNCIS捜査官が撃たれた痕跡があり、ギブスは事情を探るため元捜査官ケイトの姉の精神科医レイチェルを連れ病室を訪れる。 一方、殉職したレヴィン捜査官の検視を行っていたダッキーは、仲間のバレット捜査官が遺体の前で不審な動きをしていたことを発見する。

アフガニスタンから帰還した海軍兵の青年が、自宅でのサプライズパーティーの出迎えを前に、腹部を刺された状態で倒れ込み命を落とす。ジヴァとマクギーは現場付近の路上で彼の携帯電話を発見するが、清掃車に飲みこまれてしまい...。 一方、事情聴取に訪れた両親は、養子として彼を育てていたが家族仲も良く、人に恨まれるようなことがない誠実な息子だと語るが...。

ＦＢＩが指名手配していた暗殺者が事故に遭い、彼の次の標的が海軍少佐ブレットであることが判明。ジヴァがブレット少佐の護衛につき、ギブスたちは暗殺の依頼者を探ろうとする。少佐は軍事委員会の顧問として働いていたが、誰かに恨まれる覚えはないと言う。一方、腎臓提供を申し出たアビーは、ＤＮＡの適合検査により、驚くべき事実を知らされる。アビーには知られざる兄弟がいて、偶然にも彼も腎臓提供を申し出ていたのだ。

沿岸警備隊が不審船を捜索中、何者かに発砲されて隊員の１人が死亡する。ＣＧＩＳのボーリン捜査官と合同捜査を行うことになったギブスたちは、発砲した船員が救命ボートで逃げたと推測。そんな中、ダッキーが船内でモールス信号を聞きつけ、密航していたレバノン人一家を発見する。彼らは政府の迫害から逃れ、アメリカへの亡命を求めていた。捜査の一方で、トニーたちはボーリンの友人の中からギブスの恋人候補を探そうとする。

酔った様子で道路を横切っていた海軍大尉が、トラックにはねられた直後に口から水を流して死亡。犯人が大尉に薬物を与え、ノドの渇きを引き起こしたあとに水中毒で死亡させたことが分かり、ダッキーは犯人の独創性に興味を持つ。ギブスたちが調べを進めると、大尉は銃器店勤務の男とケンカをして、警察沙汰を起こしていたという。一方、ダッキーに恋人ができたという噂が広がり、チームの面々はその女性について探ろうとする。

ギブスとフォーネルは、共通の元妻ダイアンに呼び出される。ダイアンは半年前に結婚したヴィクターが家に帰らないため、捜索してほしいと依頼。ダイアンと関わりたくないギブスとフォーネルは何とか断ろうとするが、ヴィクターが訪れたハンバーガー店で死体が見つかり、誘拐の可能性が浮上する。そこでＮＣＩＳとＦＢＩが合同捜査を行うと、ヴィクターの隠し口座が発見され、さらにダイアンが証言を偽っていたことが明らかに。

アフガニスタンから遺体を移送していた航空機が墜落する。ＮＣＩＳが遺体の身元を確認すると、現地で死亡したはずのフローレス中尉の遺体が、機内に乗っていなかったことが発覚。フローレス中尉は女性海兵としてアフガニスタンで女子校の建設に当たっていたが、反乱グループが学校を襲撃し、彼女の鑑識票だけが現場に残されていたという。ギブスたちはフローレス中尉をアメリカに帰国させるため、学校襲撃事件の真相に迫っていく。

アフガニスタンの女子教育を推進していたフローレス中尉が、学校を襲撃した反乱グループに誘拐されてしまう。彼女を帰国させる命を受けたギブスは、ジヴァと共に現へ。フローレスの上官たちと共に、反乱グループとの直接対決に挑む。一方、学校の女性教師ソラヤが襲撃に関係していたことから、トニーとマクギーは彼女が所属する反乱グループを調査。そしてアメリカに留学しているソラヤの弟を確保し、彼らの真意を問いただす。

ロールス･ロイスのトランクから海軍大尉の死体が発見される。その運転席に座っていたのは、何と泥酔したトニーの父親アンソニー･ディノッゾ･シニアだった。トニーは何とか父の容疑を晴らそうとするが、ヴァンスとギブスによって捜査から外されてしまう。シニアは昨夜の記憶がないと証言し、さらに被害者との取引が失敗に終わり、彼に襲いかかるような監視映像が残されていたため、状況はどんどん不利になっていく。

クリスマスイブにホテルで海軍大佐が殺害される。ＮＣＩＳが現場を検証中、ホテルの部屋に謎の女性から電話があり、大佐と行動を共にしていたことが明らかに。彼女の行方を追うギブスたちは、田舎のショッピングモールでその女性を発見。彼女は何と臨月の海兵隊員で、産休に入ってから何者かに追われているという。ギブスは彼女をかくまいながら犯人を突き止めようとするが、大雪の影響で足止めを食らってしまう。

海軍中佐が車で走行中、銃弾を浴びて死亡する。目撃者によれば、助手席に乗っていた女性が発砲後に現場から逃走。さらに、中佐が知人の女性から助けを求められていたことが発覚したため、ギブスたちは彼女が宿泊していたモーテルに出向く。何とその女性は失踪中のＮＣＩＳ捜査官ＥＪ･バレットだった。ギブスは極秘の作戦部隊"ファントム８"の元隊員がＥＪを狙っていることを確信し、その男の行方を追いかける。

駐在武官として海外を飛び回っていた女性少佐バリスが殺害される。ＮＣＩＳが現場を検証中、取り乱した少佐の夫が現場に乱入。彼は殺人課の刑事であり、自ら捜査を行おうとしてＮＣＩＳと対立する。当初、警察は強盗事件と考えるが、何者かが隠ぺい工作を行ったことが発覚したため、ギブスたちは少佐の任務を調べ始める。一方、ジヴァの恋人でＣＩＡ局員のレイがついに帰国。レイと再会したジヴァは、重大な決断を迫られる。

レストランでコーヒーを飲んでいたギブスは、何者かに銃を向けられる。発砲の直後、ギブスの前に立っていたのは死んだはずのマイク･フランクス。ギブスはマイクと共に、自らの過去を振り返ることになる。マイクに促され、ギブスが話し始めたのは昨日の出来事。空母で下士官が射殺され、さらに民間人の負傷者が発見されたため、ＮＣＩＳが捜査を行っていた。そしてギブスが別の選択をしていた場合の人生が、次々と描かれていく。

海軍大佐と生花店の主人が殺害される。現場の生花店では金庫が開けられ、留守電には脅迫メッセージが残されていた。さらに大佐は軍服の下にコスチュームを着ており、"現実のヒーロー"として仲間たちと共に地域の犯罪撲滅に貢献していたことが明らかになる。一方、大佐から連絡をもらったという新聞記者がＮＣＩＳを訪れ、記事を差し止める代わりに事件の情報提供を求める。その記者は何とトニーの元婚約者ウェンディだった。

海軍予備役の心理学者バンクス博士が自殺を図る。しかしバンクス博士の知人だったクランストン博士は、彼が危険な心理戦の担当だったことから、自殺でなく殺人だと主張。さらにダッキーの分析により、彼の内臓の状態が急速に悪化していたことが分かる。ギブスは真相を突き止めるため、心理戦部門のライアン博士と協力することに。ところがライアン博士は有益な情報を渡そうとせず、ギブスとライアンの危うい駆け引きが始まる。

麻薬所持で逮捕されたワイリー兵曹長が、ＮＣＩＳに司法取引を持ちかける。彼は武器商人アガー･バヤルの情報を持っていると言うが、それを明かす前に突然死してしまう。アビーの分析により、ワイリーはペースメーカーの遠隔操作で殺害されたことが発覚。バヤルの動きを追うギブスは、彼が謎の美女ブランスキーと行動を共にしていたことを突き止める。ギブスはマクギーと新人のドーニゲット捜査官をブランスキーの元に送り込むが...。

ある会合の場で海軍長官が銃弾を浴びる。その場は騒然となるが、実はＮＣＩＳと心理戦部門が合同で長官暗殺を偽装し、海軍に脅迫メールを送った者を暴こうという試みだった。脅迫メールの送信元はウィックス鉄鋼社で、その社長は海軍長官の友人フィリップ･ウィックス。長官とギブスがウィックスの無実を信じる一方で、心理戦部門のライアン博士は当初からウィックスの関与を疑っており、捜査中にギブスと衝突する。

休暇中の水兵アダムスの死体が発見される。被疑者として警察が拘束したのは、何とヴァンス局長の義弟マイケルだった。ギブスがマイケルを取り調べる一方で、トニーとジヴァはアダムスの恋人の家へ。そこには失踪していた水兵スミスの姿があり、被害者の三角関係が明らかになる。マイケルの過去を調べていたマクギーは、封印された少年犯罪の記録を発見。ギブスはあくまでマイケルの無実を信じるヴァンスに詰め寄る。

海兵隊中尉の死体が空から落ちてくる。死体からは従軍牧師ウェイドのコインが発見され、彼女の同僚カストロ牧師の話によれば、ウェイド牧師は救援任務中にコロンビアで失踪していた。ジヴァは元インターポール捜査官の友人モニークに連絡を取り、麻薬カルテルがアメリカの軍人を誘拐したという情報を入手。ギブスはジヴァとトニー、さらに志願したカストロ牧師をコロンビアに送り込み、モニークと共にウェイド牧師を捜索させる。

ある倉庫で火事が発生し、海軍の極秘資料が保管されていたことから、ＮＣＩＳが被害の確認を行う。すると火事の犠牲者がウォッチャー艦隊の作戦部隊ファントム８のメンバーであることが発覚。さらに彼が死亡前に拷問を受けていたことが分かり、ギブスは火事に裏があると考えて捜査を開始する。ＮＣＩＳと合同で捜査を行うのはボルティモア警察の放火捜査官ジェイソン。ジェイソンとトニーの間には知られざる過去があった。

空母ブルワーで火事が発生し、海兵隊員と民間企業の技術者が犠牲に。これまでの放火に使われた燃焼促進剤と一致したため、ギブスたちは引き続き事件の黒幕を追う。アビーとマクギーが謎のハングル文書を解読する一方で、ナポリに滞在中のバーリー捜査官が貨物の中から爆弾を発見。貨物が積み込まれる予定だった空母フランクリンも標的リストに入っていたことから、トニーとジヴァはイタリアに飛んでバーリーに合流する。

ドーニゲット捜査官の歯に盗聴器が仕掛けられていたことが発覚。ギブスたちはドーニゲットの歯科医の取り調べを行い、対艦艇テロの容疑者ハーパー･ディアリングの仕業であることを突き止める。するとディアリング本人からＭＴＡＣに通信が。ディアリングは大義のためなら少数の犠牲はいとわないと告げ、ギブスの責任を追及する。心理部門のライアン博士も協力し、ディアリングを確保するための決死の捜査が始まる。

ヴァンス局長が帰宅途中に失踪し、ＮＣＩＳは乗り捨てられた車を調査。一方、ヴァンスが霊廟の石棺の中で目を覚ますと、隣には海軍大尉ウィッティングの遺体が安置されていた。ディアリングの息子エヴァンがウィッティングと共に船上テロで死亡したことから、ギブスとライアン博士はディアリングが息子の敵討ちをしていると推測する。果たしてギブスたちはディアリングを捕まえ、連続爆破事件を止めることができるのか。