अपने पिता से धोखा मिलने के बाद, मार्क इंविंसबल की जिम्मेदारियाँ समझने में वक्त लेता है और एक ऐसे दुश्मन का सामना करता है जिसकी उसने कल्पना नहीं की थी।

मार्क और उसके दोस्तों का समर वैकेशन चल रहा है, पर सुपर विलन छुट्टियाँ नहीं लेते। मार्क को ऑम्नी-मैन की दो जिंदगियाँ का ख़म्याज़ा भुगतना पड़ता है।

मार्क का कॉलेज शुरू हो जाता है, डेबी एक बहुत ही मुश्किल व्यक्तिगत आघात से जूझ रही है, और एलन, द एलियन अपने घर लौट कर देखता है कि कोअलिशन ऑफ़ प्लैनेट्स पर एक नया खतरा मंडरा रहा है।

मार्क एलियन की प्रजाति को बचाने को राज़ी हो जाता है लेकिन उस मिशन पर कुछ मुश्किल निजी फैसले लेने पड़ते हैं।

ग्रेसन परिवार में तब उथल-पुथल मच जाती है जब मार्क हैरान करने वाली जिम्मेदारियां लेकर धरती पर वापिस लौटता है। गार्डीअन्स ऑफ़ द ग्लोब को घर और बाहर खतरे का सामना करना पड़ता है।

दो खतरनाक मिशन के बाद, गार्डीअन्स ऑफ़ द ग्लोब का एक टीम के तौर पर काम करना मुश्किल हो जाता है। इसी बीच, मार्क अपनी जिम्मेदारियों, अपने रिश्तों और अपनी स्टूडेंट के तौर पर कॉलेज की ज़िन्दगी में संतुलन बैठाने की कोशिश करता है।

जैसे ही मार्क अपनी ज़ाती ज़िन्दगी को बचाने की कोशिश करता है तो नए विलन आ पहुँचते हैं जिनसे पार पाना उसके लिए बहुत मुश्किल है। उधर डॉनल्ड अपने अतीत से जूझता है।

एक पुराना दुश्मन मार्क और उसके नजदीकी लोगों के लिए खतरा बन जाता है।