สตาร์เกต แอตแลนติส

หลังการจับมือเป็นพันธมิตรกับเรธส่งผลในทางตรงข้ามกับที่หวัง ทีมต้องหาทางหยุดยานไฮฟ์สองลำที่มุ่งไปโลก เวียร์สั่งโจมตี และเชพเพิร์ดก็จำต้องพึ่งไมเคิลในการช่วยเหลือแมคเคย์และโรนอนที่ถูกจับเป็นเชลย

ทีมกลับมายังแอตแลนติสพร้อมนักโทษที่อยู่ในภาวะหลับลึกหลังใช้เรโทรไวรัสเปลี่ยนยานไฮฟ์ที่มีเรธเต็มลำให้เป็นมนุษย์ได้สำเร็จ เวียร์ยังคงปกป้องความเป็นผู้นำของตัวเองขณะที่ต้องเผชิญการตรวจสอบอิสระที่ดำเนินการโดยไอโอเอ

ทีมพบหมู่บ้านเล็กๆ ที่มีผู้นำที่เป็นที่เคารพนับถือ ไม่นานเบ็กเก็ตต์ก็เกิดต้องชะตากับเจ้าบ้านและพาเขาไปที่แอตแลนติส แต่ไม่นาน แมคเคย์ก็พบว่าลูเซียสใช้ฟีโรโมนบางอย่างในการทำให้คนรอบข้างเคลิบเคลิ้ม

ขณะสำรวจหมู่บ้านแห่งหนึ่ง ทีมถูกโจมตีและจับกุมแบบฉับพลัน เนื่องจากโรนอนล่อเรธไปที่นั่นโดยไม่รู้ตัว ชาวบ้านช่วยปลดปล่อยเชพเพิร์ดและเทย์ลา ผู้ระดมกำลังโจมตี เมื่อพวกเขากลับมา หมู่บ้านถูกทำลายย่อยยับ

ดร.แมคเคย์พบการอ้างอิงถึงสถานที่ทดสอบของแอนเชียนต์ที่ถูกทิ้งร้าง ที่นั่นเอง ทีมพบมหานครมหึมาที่รองรับชาวแอนเชียนต์ได้นับล้าน เวียร์กระตือรือร้นที่จะสร้างพันธมิตร แต่ก็ต้องตกใจเมื่อผู้นำของพวกเขา โอเบอร์รอธ ปฏิเสธข้อเสนอ

เวียร์ตื่นขึ้นในโรงพยาบาลจิตเวชนอกกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. ตกใจเมื่อพบว่าประสบการณ์ทั้งหมดของเธอในแอตแลนติสตลอดสองปีที่ผ่านมาเป็นเพียงจินตนาการ เธอได้ทราบว่าอุบัติเหตุทางรถยนต์ทำให้เธอป่วยเป็นโรคจิตหลงผิด

ทีมถูกเรียกไปยังดาวเคราะห์ดวงหนึ่งด้วยรหัสสื่อสารและถูกซุ่มโจมตีโดยโคลยา ซึ่งบัดนี้ได้สร้างกลุ่มเจนายของตัวเองขึ้น หลังถูกบีบให้ออกจากวงใน ทีมที่เหลือหลบหนีไปได้ แต่เชพเพิร์ดถูกจับเป็นเชลย

แมคเคย์ถูกเรียกกลับมายังโลกเพื่อโน้มให้น้าวน้องสาวที่ห่างเหินของเขา จีนนี่ มิลเลอร์ ช่วยกองทัพอากาศ แมคเคย์กับจีนนี่เดินทางไปยังแอตแลนติส และเริ่มต้นการทดลองซึ่งประสบความสำเร็จในช่วงแรก จนกระทั่งแมคเคย์จากจักรวาลคู่ขนานปรากฏตัว

ทีมของผู้พันเลโอนาร์ดไม่ได้ติดต่อกลับแอตแลนติสระหว่างทำภารกิจ แมคเคย์ติดตามค่าพลังงานด้วยความหวังว่าจะพบผู้พันเลโอนาร์ดและคนของเขา พร้อมนำทีมเข้าถ้ำไปและค้นพบว่าเหตุที่ทำให้มีการเพิ่มขึ้นของพลังงานคือเครื่องกำเนิดไฟฟ้าของเรธ

ชาวแอนเชียนต์ที่ตื่นขึ้นมาได้พบกับโอนีลและวูลซีย์และขอบคุณที่ดูแลเมือง แต่ก็ขอออกจากแอตแลนติส ขณะที่โรนอนและเทย์ลายังอยู่ในกาแล็กซีเพกาซัส ส่วนที่เหลือลำบากในการปรับตัวกลับมาใช้ชีวิตบนโลก

โอนีลและวูลซีย์ ผู้รอดเพียงสองคนจากการก่อรัฐประหารนองเลือดโดยเรพลิเคเตอร์ หลบซ่อนอยู่ในส่วนที่ถูกทิ้งร้างของเมือง ทั้งคู่รู้ว่าแลนดรี้ได้รับคำสั่งให้ทิ้งระเบิดแอตแลนติสหากถูกยึด พวกเขาจึงรอชะตากรรมอย่างเงียบๆ

เทย์ลาเริ่มเห็นภาพหลอนชาวแอนเชียนต์ที่ดูทุกข์ร้อนใจและเชื่อว่าเป็นวิญญาณของชาวแอนเชียนต์ที่เพิ่งถูกสังหารหมู่โดยเรพลิเคเตอร์ ด้านแมคเคย์เชื่อว่าเขาพบวาฬตัวเดิมที่เคยช่วยเขาไว้เมื่อปีก่อนตอนถูกขังอยู่ใต้พัดเดิลจัมเปอร์ที่จมอยู่ใต้น้ำ

ทีมได้ยินเรื่องของนักรบผู้ยิ่งใหญ่ที่เคยโค่นทั้งเรธและเจนาย จึงไปตามหาด้วยหวังจะจับมือเป็นพันธมิตร แต่พบว่านักรบผู้ยิ่งใหญ่ผู้นี้ไม่ใช่ใครอื่นนอกจากลูเซียสที่พวกเขาเชื่อว่าจะใช้เล่ห์เหลี่ยมแบบเดิมอีก

ขณะพยายามปิดระบบที่ไม่จำเป็นที่แอนเชียนต์เปิดใช้งานไว้ก่อนจะถูกเรพลิเคเตอร์ฆ่าเมื่อไม่นานเพื่อประหยัดพลังงาน แมคเคย์ถูกลำแสงจากอุปกรณ์ลึกลับยิงใส่โดยเกิดจากความผิดพลาด

ลอร์นค้นพบดาวเคราะห์ที่มีดาวเทียมโคจรล้อมรอบหลายสิบดวง แต่ผู้คนบนดาวดวงนี้กลับไม่ได้ก้าวหน้าไปกว่ายุคฟื้นฟูศิลปวิทยาการและมีรูปหน้าของแมคเคย์อยู่บนธง ทีมพบว่าเกมที่พวกเขาพบก่อนหน้านั้นอาจเป็นมากกว่าแค่เกม

ในการสำรวจสถานีอวกาศร้าง แมคเคย์บังเอิญปลุกนักวิทยาศาสตร์ที่อยู่ในภาวะหลับลึกคนหนึ่งขึ้น นักวิทยาศาสตร์เล่าว่าฐานนี้คือความพยายามสุดท้ายของเผ่าพันธุ์เขาในการหลบหนีการกวาดล้างซ้ำๆ ของเรธ

ในวันที่ทั้งเมืองได้รับอนุญาตให้พักผ่อน ทีมพยายามเต็มที่ที่จะผ่อนคลายและเพลิดเพลินกับเวลาพักผ่อนของพวกเขา แต่ก็เกิดเหตุระเบิดลึกลับขึ้นกลางเมืองโดยไม่มีการเตือนก่อน ซึ่งคร่าชีวิตและทำให้พลเมืองที่ไม่ทันระวังตัวบาดเจ็บจำนวนมาก

ทีมออกค้นหาสถานีเจาะพลังงานความร้อนใต้พิภพเคลื่อนที่ซึ่งชาวแอนเชียนต์ทิ้งไว้ในทะเล เทย์ลาสำรวจสถานีอย่างระมัดระวัง เธอคิดว่าเธอรู้สึกได้ถึงการมีอยู่ของเรธ แต่เวียร์คิดว่าเป็นแค่ความกดดันที่ส่งผลต่อเทย์ลาจึงให้ภารกิจดำเนินต่อจึงให้ทีมเดินหน้าต่อ

หลังช่วยย้ายถิ่นฐานชาวทารานันแล้ว ทีมแอตแลนติสก็ตระหนักว่าพวกเขาไม่ได้ยินข่าวคราวจากหมู่บ้านดังกล่าวมานาน ปรากฎว่าชาวทารานันเพิ่งทิ้งหมู่บ้านตัวเอง จนกระทั่งแมคเคย์ตรวจพบสัญญาณชีวิตใต้พื้นดิน

ทีมตกใจเมื่อดาวเทียมที่มีสตาร์เกตอยู่ข้างในได้เข้าสู่วงโคจรเหนือแอตแลนติส เมื่อสตาร์เกตเริ่มเริ่มยิงลำแสง โจมตีใส่เมือง แมคเคย์ใช้แผนของชาวแอนเชียนต์และตัดสินใจจมแอตแลนติสคืนสู่ใต้มหาสมุทร