Stargate Atlantis

Gdy nie udaje się nawiązać sojuszu z Widmami, zespół musi powstrzymać ich statki zmierzające w kierunku Ziemi. Weir wydaje rozkaz ataku, a Sheppard musi polegać na Michaelu, aby uratować McKaya i Ronona więzionych przez Widma.

Po przemienieniu całego statku Widm w ludzi za pomocą retrowirusa zespół wraca na Atlantydę z więźniami w stanie hibernacji. Weir broni swoich działań w czasie niezależnej oceny prowadzonej przez Komisję.

Zespół znajduje małą wioskę i poznaje jej szanowanego przywódcę. Beckett tak zachwyca się gospodarzem, że zabiera go na Atlantydę. McKay odkrywa, że Lucius używa feromonu do oczarowania wszystkich wokół.

Podczas eksploracji wioski zespół zostaje zaatakowany i wzięty do niewoli, gdyż Ronon nieświadomie zwabił tam Widma. Mieszkańcy uwalniają Shepparda i Teylę, którzy organizują kontratak. Gdy wracają, okazuje się, że wioska została zniszczona.

Dr McKay znajduje wzmiankę o opuszczonym terenie badań Pradawnych. Zespół odkrywa tam ogromną metropolię zamieszkaną przez miliony Pradawnych. Weir, chcąca nawiązać sojusz, jest zszokowana, gdy ich lider Oberoth odrzuca ofertę.

Budząc się w szpitalu psychiatrycznym pod Waszyngtonem, Weir odkrywa, że cała jej przygoda na Atlantydzie była tylko wyobrażeniem. Dowiaduje się, że na skutek wypadku samochodowego ma urojenia.

Zespół jest wezwany na planetę przez kod komunikacyjny i wpada w zasadzkę Kolyi, który stworzył własną frakcję Genii po wewnętrznym rozłamie. Reszcie zespołu udaje się uciec, ale Sheppard zostaje schwytany.

McKay wraca na Ziemię, by przekonać swoją siostrę Jeannie do pomocy Siłom Powietrznym. Razem udają się na Atlantydę i zaczynają eksperyment, który początkowo wydaje się udany, aż pojawia się McKay z równoległego wszechświata.

Zespół majora Leonarda, który udał się na misję, nie melduje się. Śledząc odczyty energii w nadziei na odnalezienie majora i jego ludzi, McKay prowadzi zespół do jaskini, gdzie odkrywają, że przyczyną skoku energii jest generator Widm.

Przebudzeni Pradawni spotykają się z O’Neillem i Woolseyem, dziękując im za opiekę nad miastem, ale proszą o opuszczenie Atlantydy. Ronon i Teyla zostają w Galaktyce Pegaza, a reszta próbuje na powrót przyzwyczaić się do życia na Ziemi.

O'Neill i Woolsey, jedyni ocaleni z krwawego przewrotu Replikatorów, ukrywają się w opuszczonej części miasta. Wiedząc, że Landry ma rozkaz zniszczenia Atlantydy w razie potrzeby, czekają w ukryciu na rozwój sytuacji.

Teyla zaczyna widzieć zjawy Pradawnych i sądzi, że to duchy zamordowanych przez Replikatorów. McKay uważa, że znalazł wieloryba, który uratował go rok temu, gdy był uwięziony w zatopionym skoczku.

Zespół słyszy o potężnym wojowniku, który pokonał zarówno Genii, jak i Widma. Szukają go, licząc na zyskanie nowego sojusznika. Kiedy okazuje się, że to nikt inny jak Lucius, sądzą, że znów stosuje swoje stare sztuczki.

McKay próbuje oszczędzać energię, wyłączając wszystkie nieistotne systemy aktywowane przez Pradawnych, nim zginęli z rąk Replikatorów. Zostaje trafiony wiązką energii z tajemniczego urządzenia.

Lorne odkrywa planetę, która ma dziesiątki satelitów na orbicie. Społeczeństwo jest mało rozwinięte, a mieszkańcy mają flagę z twarzą McKaya. Zespół uświadamia sobie, że gra, którą wcześniej znaleźli, może być czymś więcej.

Badając opuszczoną stację kosmiczną, McKay przypadkowo wybudza z hibernacji jednego z naukowców. Wyjaśnia on, że baza była ostatnią szansą jego ludu na uniknięcie powtarzających się nalotów Widm.

Cała Atlantyda ma dzień wolny, a zespół stara się zrelaksować. Niespodziewanie tajemnicza eksplozja wstrząsa miastem, zabijając i raniąc niewinnych mieszkańców.

Zespół przeszukuje ocean w poszukiwaniu mobilnej geotermalnej stacji wiertniczej, którą pozostawili Pradawni. Badająca stację Teyla sądzi, że wyczuwa obecność Widma. Weir, myśląc, że to tylko działanie ciśnienia, nakazuje kontynuować misję.

Zespół z Atlantydy uświadamia sobie, że od dawna nie ma kontaktu z Tarańczykami. Wydaje się, że ich wioska została opuszczona, dopóki McKay nie wykrywa oznak życia głęboko pod powierzchnią.

Zespół jest zszokowany, gdy satelita z wrotami pojawia się na orbicie nad Atlantydą. Gdy ktoś atakuje miasto, emitując z wrót wiązkę energii, McKay decyduje się na zanurzenie Atlantydy z powrotem w oceanie.