Seizoenspremière. Starfleet moet opnieuw een beroep doen op de legendarische Jean-Luc Picard nadat leden van zijn voormalige bemanning, Cristóbal Rios, Seven of Nine, Raffi Musiker en dr. Agnes Jurati , een anomalie in de ruimte hebben ontdekt die de melkweg bedreigt.

Picard wordt getransporteerd naar een alternatieve tijdlijn in het jaar 2400 waar zijn oude aartsvijand, Q, een laatste 'proef' heeft georkestreerd. Picard zoekt zijn vertrouwde bemanning terwijl hij de oorzaak van deze dystopische toekomst probeert te vinden.

Picard en de bemanning reizen terug in de tijd naar het Los Angeles van 2024 op zoek naar de 'Hoeder', die hen kan helpen te bepalen wanneer de tijdlijn verstoord werd. Seven, Raffi en Rios moeten zich zien te redden in een voor hen onbekende wereld, terwijl Picard en Jurati informatie proberen te verzamelen van een onwaarschijnlijke en gevaarlijke bondgenoot.

Nu de tijd dringt om de toekomst te kunnen redden, neemt Picard het heft in eigen handen en zoekt hij hulp bij een oude vriend. Ondertussen belandt Rios aan de verkeerde kant van de wet en sluit Jurati een deal met de Borg-koningin.

Picard ontdekt dat een belangrijk persoon uit zijn verleden een belangrijk onderdeel kan zijn van de afwijking in de tijdlijn. Q blijft de tijdlijn manipuleren en toont interesse in dr. Adam Soong. Seven en Raffi proberen Rios op gedurfde wijze te redden, terwijl Jurati wordt geconfronteerd met de gevolgen van haar deal met de Borg-koningin.

Met de hulp van Tallinn infiltreren Picard en de bemanning een gala aan de vooravond van een gezamenlijke ruimtemissie om een van de astronauten te beschermen die volgens hen cruciaal is voor het herstel van de tijdlijn: Renee Picard. Kore doet een verrassende ontdekking over het werk van haar vader.

Tallinn waagt zich in Picards onderbewustzijn om hem uit een coma te helpen ontwaken en zowel zijn donkerste geheimen als diepste angsten onder ogen te zien. Seven en Raffi gaan op zoek naar Jurati van wie ze vrezen dat ze is gezwicht voor het monster binnenin haar. Rios probeert de waarheid over wie hij werkelijk is voor Teresa te verbergen.

Omdat de lancering van de Europa-missie nadert, moeten Picard en Guinan zichzelf bevrijden uit de hechtenis van de FBI. Seven en Raffi komen oog in oog te staan met Jurati en de gruwel van wat ze is geworden.

Picard en zijn bemanning vechten voor hun leven als ze worden aangevallen door een nieuwe incarnatie van een oude vijand. Maar om te overleven, moet Picard eerst zijn verleden onder ogen zien. Seven en Raffi hebben een laatste confrontatie met Jurati.

In de finale van seizoen twee, met nog maar enkele uren tot de Europa Lancering, bevinden Picard en de bemanning zich in een race tegen de klok om de toekomst te redden.