Yıldız Geçidi: Atlantis

Wraith'lerle yapılan ittifak ellerinde patlayınca ekip, Dünya'ya doğru ilerleyen iki ana gemiyi durdurmanın bir yolunu arar. Weir saldırı emri verir, Sheppard ise tutsak alınan McKay ve Ronon'ı kurtarmak için Michael'a bel bağlamak zorunda kalır.

Bir Ana Gemi dolusu Wraith'i retrovirüsle insana dönüştürmeyi başaran ekip, tutsakları yaşamları askıda hâlde Atlantis'e getirir. Bu sırada Weir, IOA tarafından yürütülen bağımsız soruşturma karşısında liderliğini savunmaya devam eder.

Ekip, küçük bir köyde saygıdeğer bir lidere rastlar. Beckett, lider Lucius'tan öylesine etkilenir ki onu Atlantis'e getirir. Ancak çok geçmeden McKay, Lucius'un çevresindekileri büyülemek için bir tür feromon kullandığını keşfeder.

Bir köyü keşfederken, Ronon farkında olmadan Wraith'leri oraya çektiği için ekip saldırıya uğrar ve esir alınır. Köylüler Sheppard ve Teyla'yı serbest bırakır; ikili hemen bir saldırı ekibi oluşturur. Ancak geri döndüklerinde köy yerle bir olmuştur.

Dr. McKay terk edilmiş bir Antik test sahasına dair bir kayıt keşfeder. Bölgeye giden ekip, milyonlarca Antik'in yaşadığı devasa bir metropol bulur. Weir ittifak kurma umuduyla yaklaşırken, şehrin lideri Oberoth'un teklifi reddetmesiyle şok geçirir.

Washington dışında bir akıl hastanesinde uyanan Weir, son iki yıldır Atlantis'te yaşadığını sandığı her şeyin hayal ürünü olduğunu öğrenince sarsılır. Bir trafik kazasının ardından sanrılı psikoz geçirdiği söylenir.

Bir iletişim koduyla bir gezegene çağrılan ekip pusuya düşer. Saldırının arkasında dışlandıktan sonra kendi Genii grubunu kuran Kolya vardır. Ekip kaçmayı başarır, ancak Sheppard esir düşer.

McKay, uzun süredir görüşmediği kız kardeşi Jeannie Miller'ı Hava Kuvvetleri'yle çalışmaya ikna etmesi için Dünya'ya çağrılır. İkili birlikte Atlantis'e gider ve deney başarılı gider ancak daha sonra paralel evrenden başka bir McKay ortaya çıkar.

Görevde Atlantis'le bağlantıya geçmeyen Binbaşı Leonard'ın ekibini bulmak için yola çıkan ekip enerji izlerini takip eder. McKay'in önderliğinde bir mağaraya girerler ve enerjideki ani yükselişin sebebinin bir Wraith jeneratörü olduğunu keşfederler.

Artık uyanmış olan Antikler, O'Neill ve Woolsey ile görüşerek şehre göz kulak oldukları için teşekkür eder ancak Atlantis'i boşaltmalarını isterler. Ronon ve Teyla, Pegasus galaksisinde kalır, diğerleri Dünya'daki hayatlarına geri dönmekte zorlanır.

Replikatör'lerin katliamından sağ kurtulan tek kişiler olan O'Neill ve Woolsey, şehrin terk edilmiş bir köşesine saklanır. Atlantis düşman eline geçerse nükleer bombayla Landry tarafından yok edileceğini bilen ikili, sessizce kaderlerini bekler.

Teyla, zor durumdaki Antikler'in hayaletlerini gördüğüne inanır ve bunların Replikatör'ler tarafından katledilenler olduğunu düşünür. McKay bir yıl önce su altında bir Jumper'da mahsur kaldığında hayatını kurtaran balinanın izini bulduğunu düşünür.

Ekip, Genii ve Wraith'leri alt ettiği anlatılan efsanevi bir savaşçının hikâyelerini duyar ve yeni bir müttefik edinme umuduyla peşine düşer. Ancak bu savaşçının Lucius olduğunu öğrenince, onun yine eski numaralarına başvurduğundan şüphelenirler.

Replikatör'ler tarafından öldürülmeden önce Antikler'in aktif hâle getirdiği elzem olmayan sistemleri kapatarak enerji tasarrufu sağlamaya çalışan McKay, gizemli bir cihazdan çıkan enerji ışınına kazara maruz kalır.

Lorne, yörüngesinde onlarca uydu bulunan bir gezegen keşfeder. Ancak gezegen halkı Rönesans'tan öteye geçememiştir ve bayraklarında McKay'in yüzü vardır. Ekip, daha önce buldukları oyunun aslında oyundan fazlası olabileceğini fark eder.

Terk edilmiş bir uzay istasyonunu araştıran McKay, yanlışlıkla istasyondaki bilim insanlarından birini uyandırır. Bilim insanı, bu üssün halkının Wraith tarafından defalarca toplu katliama uğramasını önlemek için son çabaları olduğunu açıklar.

Şehirde herkese kişisel izin günü verilince ekip de dinlenip rahatlamaya çalışır. Aniden gerçekleşen gizemli bir patlama şehri sarsar ve birçok kişiyi yaralar ve hayattan koparır.

Ekip, Antikler'in okyanusun derinliklerinde bıraktığı mobil jeotermal sondaj istasyonunu arar. İstasyonda temkinle ilerlerken Teyla bir Wraith'in varlığını hissettiğini söyler. Weir bunun basıncın etkisi olduğunu düşünüp ekibin devam etmesini ister.

Taranis halkının taşınmasına yardım ettikten sonra, Atlantis ekibi uzun süredir köyden haber alamadıklarını fark eder. İlk bakışta köy terk edilmiş gibi görünür, ta ki McKay yerin derinliklerinde yaşam belirtileri tespit edene kadar.

Atlantis yörüngesine yıldız geçidi taşıyan bir uydunun yerleşmesi ekipte büyük şaşkınlık yaratır. Geçit bir enerji ışını gönderip şehre saldırınca McKay, Antikler'den ilham alarak Atlantis'i yeniden okyanusun derinliklerine batırmaya karar verir.