Stargate Atlantis

Zespół zostaje uratowany dzięki przybyciu pułkownika Caldwella na Dedalu i zniszczeniu dwóch statków Widm. McKay ma nadzieję, że Moduł Punktu Zerowego będzie kluczem do sukcesu, a Ford po wypadku zaczyna dziwnie się zachowywać.

Gdy po powrocie zespołu z Ziemi na pokładzie Dedala mają miejsce dziwne awarie, Sheppard zaczyna się niepokoić. Zespół odkrywa, że statek został zainfekowany wirusem Widm, przez co wszedł w tryb przetrwania.

Poszukiwania porucznika Forda prowadzą Shepparda i Teylę na planetę P3M-736, gdzie zostają pojmani przez Ronona Dexa, ściganego przez Widma. Zespół oferuje mu pomoc w walce z wrogiem.

Podczas pobytu na planecie Thenora McKay i oficer marynarki Laura Cadman zostają wciągnięci na pokład statku Widm. Po zestrzeleniu go zespół odkrywa, że na skutek błędu technicznego świadomość Cadman znalazła się w ciele McKaya.

Zespół znajduje planetę, gdzie przestępcom grozi okrutna kara: zostają pozostawieni przy wrotach na pastwę Widm. Aby zadowolić Widma, społeczeństwo zaczyna wsadzać niewinnych do więzienia.

Zespół trafia na pozostałości eksperymentu Pradawnych mającego na celu stworzenie potężnego generatora mocy, a McKay uważa, że może dokończyć ich dzieło. Teyla i Ronon odkrywają, że mężczyzna nie jest ostatnim ze swojego ludu.

Beckett usiłuje stworzyć nową metodę leczenia, które może zmienić Widma w ludzi. Zespół znajduje młodą dziewczynę-Widmo, która może być jego pierwszą pacjentką. Wychowana przez ludzi dziewczyna jest gotowa na wszystko.

Życie Shepparda jest w niebezpieczeństwie po tym, jak wstrzyknięto mu lek Becketta. Powoli przekształca się w hybrydę robaka Iratusa. Zespół usiłuje znaleźć lekarstwo i odwrócić skutki uboczne, ale ostatecznie wszystko może zależeć od Shepparda.

Sheppard i jego zespół znajdują Aurorę, statek wojenny Pradawnych. Sheppard wchodzi na pokład przez wirtualne środowisko, mając nadzieję na zdobycie cennych informacji.

Zespół zostaje porwany przez porucznika Aidena Forda, który stworzył własny oddział superżołnierzy używających enzymu Widm. Zespół Forda planuje zniszczyć statek Widm, aby udowodnić potęgę enzymu.

Po nieudanej próbie zniszczenia ich statku Widma biorą członków zespołu na zakładników. Sheppard staje przed Królową Widm, która chce odpowiedzi. McKay wraca na Atlantydę, licząc, że przekona strażników do pomocy w uratowaniu pozostałych.

Zespół odkrywa urządzenie stworzone przez Pradawnych, które nagle wciąga Shepparda do środka. Zespół próbuje go uwolnić, a McKay odkrywa, że czas płynie tam inaczej.

Zespół ściga się z czasem, aby powstrzymać Goa'uldów przed zniszczeniem Atlantydy po tym, jak gen. Landry informuje, że podłożono bombę, która wybuchnie przy kolejnym powrocie na Ziemię. Tymczasem dwa statki Widm zbliżają się do miasta.

Podczas testowania naprawionego skoczka McKay i kapitan Hugh Griffin tracą kontrolę nad statkiem i rozbijają się na oceanie. Griffin poświęca się, aby uratować McKaya, gdy statek powoli tonie.

Sheppard i zespół odkrywają planetę, na której znajduje się technologia stworzona przez Pradawnych. Jednak tamtejsza rodzina królewska nie pozwala nikomu innemu z niej korzystać i traktuje mieszkańców bez szacunku.

Zespół znajduje w kosmosie dwie kapsuły ratunkowe. Umysły ich mieszkańców przenoszą się do ciał Shepparda i Weir. Sprawy komplikują się, gdy okazuje się, że chcą się nawzajem zniszczyć.

Zespół płk. Shepparda zostaje pilnie wezwany na M1K-177, gdzie zaatakowano majora Lorne'a. Na miejscu znajdują jedynie spalone budynki i zwęglone ciała należące prawdopodobnie do Lorne'a i jego ludzi.

Porucznik Kenmore budzi się w izbie chorych, niczego nie pamiętając. Koszmary o byciu Widmem wydają się zbyt realne. Jego obawy byłyby bezpodstawne, gdyby nie serum, które zmienia Widma w ludzi.

Sheppard z zespołem udaje się na planetę Taranis na zaproszenie dr Noriny Pero i kanclerza Lycusa, którzy chcą, aby McKay naprawił generator tarczy i statek wojenny Pradawnych.

Kenmore wraca na Atlantydę z grupą Widm w trakcie wojny domowej. Chcąc wykorzystać swoją wiedzę o Atlantydzie przeciwko Sheppardowi i reszcie zespołu, proponuje wymianę: serum Becketta za ukrycie Atlantydy.