Stargate Atlantis

Gdy na Atlantydzie zaczyna brakować mocy z powodu uszkodzonego systemu zasilania, Rodney McKay wyłącza wszystkie nieistotne systemy. Jednak po 28 godzinach McKay zdaje sobie sprawę, że osłony mogą całkowicie zawieść i mieszkańcy zginą w próżni.

Sheppard rozpoczyna śmiałą misję, której celem jest zdobycie MPZ mającego uratować Atlantydę. Gdy Replikatory odkrywają obecność zespołu, musi ich powstrzymać lub porzucić misję i nadzieję na ocalenie miasta.

Ronon odnawia kontakt z grupą Satedan z przeszłości, którzy proszą o pomoc w niebezpiecznej misji przeciw Widmom. Po tym, jak załoga Atlantydy zostaje schwytana, Ronon odkrywa prawdę na temat tego, komu służą jego starzy przyjaciele.

Podczas eksploracji dżungli Sheppard dotyka świecącej krystalicznej narośli i staje się nosicielem zaraźliwej formy energii. Po powrocie na Atlantydę byt zaczyna przenosić się z osoby na osobę, narażając całą załogę na niebezpieczeństwo.

W drodze powrotnej na Atlantydę pułkownik Sheppard zostaje pojmany przez zbuntowaną załogę statku dowodzoną przez bezwzględnego człowieka. Zespół szuka Shepparda, a jego zaradność zostaje poddana próbie, gdy walczy o przetrwanie.

Atlantydę nęka wirus powodujący amnezję, a McKay budzi się, nie mając pojęcia, kim jest i co się dzieje. Postępując zgodnie z instrukcjami z nagranego wcześniej filmu, mężczyzna szuka klucza do rozwiązania tej tajemnicy.

Po przybyciu do New Athos Teyla i dr Keller zastają tam opuszczoną osadę i Bola Kai, dzikie plemię groźnych wojowników. Muszą uniknąć schwytania, dopóki Atlantyda nie wyśle ekipy poszukiwawczej.

Teyla wciąż nie może znaleźć Athosian, więc prosi o pozwolenie na wizytę u wieszcza Davosa, który może pomóc odszukać jej ludzi. Tymczasem na Atlantydę przybywa agent Woolsey, by obserwować i ocenić płk Carter.

Po wielu godzinach pracy nad kodem Replikatorów dr McKay niechętnie przyznaje, że potrzebuje pomocy swojej siostry Jeanie. Ona jednak znika. McKay wyrusza na Ziemię, aby ją odnaleźć i odkryć, kto stoi za porwaniem.

Gdy dr McKay usiłuje dowiedzieć się, dlaczego wrota nie działają, w mieście pojawia się tajemnicza sonda. Przegląd sondy ukazuje kod nanitowy, ale zaraz potem program diagnostyczny McKaya ulega awarii i wszystkie dane zostają utracone.

Uzbrojony w narzędzia do śledzenia statków Replikatorów zespół Atlantydy stara się wyeliminować ich raz na zawsze. Musi ewakuować ludzkie osady znajdujące się na drodze postępujących sił Replikatorów.

Czujniki Atlantydy wykrywają sygnał urządzenia śledzącego znany McKayowi. Zespół znajduje uszkodzony statek Widm dryfujący w kosmosie. W jego rejestrach odkrywają odniesienia do tajnej bazy Widm.

Gdy włącza się alarm, McKay podejrzewa, że wysoce zakaźna choroba uruchomiła system samoobrony Atlantydy. Kluczowe systemy ulegają awarii, a członkowie zespołu zostają uwięzieni w różnych sekcjach miasta bez możliwości ucieczki.

Chcąc utrzymać stosunki dyplomatyczne, Sheppard i McKay towarzyszą księżniczce Harmony podczas obowiązkowego rytuału przejścia. Jednak nie są świadomi, że ma wrogów i wady, z którymi trzeba się jeszcze uporać.

Kiedy John Sheppard otrzymuje wiadomość o śmierci ojca, wraca na Ziemię. Jednak na miejscu zostaje wplątany w niebezpieczny nieudany eksperyment – na wolności jest humanoidalny Replikator, który musi zostać schwytany za wszelką cenę.

Podczas misji w wiosce wstrząsanej trzęsieniami ziemi pułkownik Samantha Carter, dr McKay i dr Keller wpadają do zapadliska. Każda próba ucieczki pogarsza ich sytuację.

Komisja powierzyła Coolidge'owi zadanie przeprowadzenia rozmów z Teylą Emmagan i Ronanem Dexem na temat ich dalszej przydatności w misji Atlantydy. Nikt nie wie, że Widma planują inwazję na stację Midway.

Teyla, zdeterminowana, by znaleźć zaginionych Athosian, przekonuje Shepparda do podróży do osady handlowej. Odkrywają tam zaskakującą prawdę, której nikt się nie spodziewał.

Po nieoczekiwanym powrocie dr Carson Beckett ujawnia, że był więziony. Teyla, która odnalazła część zaginionych Athosian, zaczyna planować ucieczkę – o ile uda jej się znaleźć resztę na czas.

Zniechęcony kolejnym nieudanym poszukiwaniem Teyli Sheppard wraca na Atlantydę i wyczuwa, że coś jest nie tak – miasto jest opuszczone. McKay realizuje ryzykowny plan odwrócenia straszliwej przyszłości.