ハンナは、ウトラックス訓練計画を率いるジョン・カーマイケルの手配で、忠実なウトラックス訓練生という仮面を付け、メドウズに戻る。彼はマリッサに脅され、協力者となったのだ。訓練生が最初の任務の準備に取りかかる間、マリッサは暗殺の標的リストに載っているウィーンのＣＩＡ分析官と連絡を取り、彼に情報提供を依頼する。パリに赴いたハンナは標的のアッバスと出会う。彼はカリスマ的な魅力を備えた若き活動家だった。

アッバスを忘れることができないハンナはルールを破り、彼の隠れ家を訪ねてしまう。マリッサはハンナの写真から“チェアマン”を探り当てるが、それはマリッサの世界を打ち砕く人物だった。ハンナとマリッサは次に行われる暗殺を阻止すべく計画をしていたが、小さなミスが上層部の疑惑を引き起こしてしまう。ハンナはウトラックスから送られたエージェントの任務を妨害するが、カーマイケルの正体はバレてしてしまった。ハンナとマリッサは奇襲攻撃にさらされる。

企みが露呈したハンナとマリッサは、すぐさま行動を起こす。二人は、ウィーンにパイオニアの本部があり、そこが暗殺計画の本拠地であると信じ、ウィーンに向かうことにする。だが、ハンナはその前にアッバスを捜しに行き、マリッサは先にウィーンへ向かう。どちらも、ワナに向かっているとは知る由もなかった。

ハンナとマリッサはパイオニア本部に侵入し、暗殺リストの背後にある恐ろしい真実とその作成過程を知る。内部にいる間、マリッサはエヴァンズ（別名：チェアマン）と対面を果たす。そして、逃げきれないハンナを残し、計画を阻止するため、証拠データを手に逃亡する。

ハンナとマリッサは危機的状況だった。ハンナはエヴァンスに捕らえられ、マリッサが計画を阻止するために持ち出した証拠データは暗号化されて使用できないことが判明したのだ。ハンナは逃亡を企て、パイオニアを倒す鍵となるものを見つける。しかし、ハンナがそれを生かす前に、エヴァンズの冷酷な尋問が彼女の心を追い詰めていく。

ハンナとマリッサは囚人としてパイオニア本部に戻るが、計画を阻止するために必要な証拠データを公にする使命を諦めてはいなかった。そして、アッバスと彼の娘が危険にさらされていることを知った二人は、親子を救出に向かう。ウィーン郊外の森で、ハンナはアッバスを守るために戦い、マリッサはエヴァンズとの最後の対決に臨む。