NCIS　ネイビー犯罪捜査班(字幕版)

ヴァンスが拉致されてから１カ月が経った。その間ギブスは局長代理を務め、チームはヴァンス捜索の手を世界に広げる。シーズン16の幕開け。

海軍大尉が住宅の浴槽で発見される。チームは近所に聞き込みをするが、揃いも揃って風変わりな隣人たちだった。一方トーレスはパーマーと夜遊びに出かけ、思わぬ結果を引き起こす。

海軍下士官トッド･ニコラス（キャメロン･ラディーチェ）の自宅前で爆発が起こり、ギブスたちが調査に乗り出す。ニコラスの妻シーバ（タラ･ホルト）はリアリティ番組のスターでチームの１人が彼女のファンになる。　一方ヴァンスは、人質になった際に負ったケガのリハビリを続ける。

山小屋で静かに休暇を過ごすギブスの元に、トバイアス･フォーネル（ジョー･スパーノ）と海軍大佐フィル･ブルックス（ドン･レイク）が突然訪ねてくる。そこにNCISから、彼のいる近くの森に強盗犯が逃げたと捜索の協力要請の連絡が入る。

殺人の被害者が残した50年前の録音テープが見つかり、NCISチームはその事件で終身刑で服役中の海兵隊員レイ･ジェニングス（チャーリー･ロビンソン）の容疑を晴らそうとする。

NCISがハロウィーンの犯罪現場に到着すると、トーレスは被害者が訓練中に親しくしていた旧友であることに気づく。一方検視室で、物が移動する奇妙な出来事が続くき、パーマーは悪霊の仕業ではないかと疑う。

ストリートアーティストの壁画が盗まれた。チームが捜査を進めると、海軍の請負業者と魚類野生生物局の犯罪が絡んでいることが判明する。一方ビショップは、そのアーティストに特別なつながりを感じる。

マクギーとビショップはアフガニスタンに向かうことに。国内での殺人事件と、誤爆で亡くなった海兵隊員との繋がりが見つかったからだ。一方、ケイシーはトーレスと現場に行き、証拠集めに奮闘する。

共犯者不明のまま未解決となった有名な強盗事件の主犯が出所した。ギブスたちは再捜査に乗り出し、彼女を尾行する。

クリスマス休暇を目前にして、ギブスたちは海軍の退役軍人殺害の捜査をすることに。なんと事件には身元不明の赤ん坊も関係していた。

ウィン･クロフォード国防長官（ミッチ･ピレッジ）はギブスの殺人事件の捜査を中止させ、特別捜査官のマクギーとトーレスの行動に対し、逮捕を命じた。

ギブスの父親の友人シドニー伍長（ダブニー･コールマン）がギブスを訪ねてきた。紛失したミリタリーIDブレスレットを一緒に捜してほしいと頼みに来たのだった。一方、NCISの保護下にあった海軍大尉が、悪名高い麻薬密売人に毒殺される。

基地の倉庫で９歳の少女が、栄養失調の状態で発見された。少女の母親が10年前に失踪した海軍新兵であることが判明し、NCISは行方不明事件の捜査を再開する。一方ビショップは、NCISが捜査を打ち切った後も捜査を続けていた特別捜査官ジヴァ・ダヴィードのメモを発見する。

高校時代に使用していたパスワードが殺人事件に関係している事を知ったマクギーは、しぶしぶ母校を訪ねる。その後、何者かがマクギーの自宅に侵入しマクギーの高校生時代の古いコンピュータを盗もうとしたことから、事件は更にエスカレートしていく。

チームは、駆逐艦から落水し死亡した隊員の事故の捜査にあたる。　一方、ヴァンスに命じられて３人の高校生を教育するハメになったトーレスは、不満を隠せない。

家族と仕事の板挟みに悩むパーマー。　義父のエド（ラリー･ミラー）に、捜査中の殺人事件の偽装を頼まれたからだった。そしてエドのポーカー仲間であるディノッゾ･シニア（ロバート・ワーグナー）が捜査協力を申し出る。

ヴァンスにペンタゴンから連絡が入る。殺人事件の捜査で、ギブスとビショップが乗艦していた原子力潜水艦が消息を絶ったのだ。

荒れた釣り船で目覚めたトーレス。彼はなぜか血まみれだったが12時間の記憶をなくしており、真相解明をチームの捜査に頼る。

海軍病院で銃乱射事件が発生し、犯人は現場から逃走。ギブスたちが犯人の行方を追う。そして病院内にいる事件の重要な目撃者が、スローンの過去に関わっていることが判明する。

工事現場で発見された遺体は、９・11同時多発テロの際にペンタゴンでの爆発で死亡したはずの海兵隊員だった。チームが捜査にあたるが、ギブスは被害者と接点があり、事件への思い入れがあった。

ケイシーはDNAをデータ化し30年前の迷宮入り殺人事件を解決した。しかし犯人は、法の抜け穴を使い無罪放免。一方マクギーは、好条件の仕事のオファーがあったシリコンバレーの企業を訪れる。

NCISは闇の私刑執行組織の資金源になっている政府の隠し口座を発見。組織は国中にネットワークを持っていた。誰が善悪の判断をし正義の鉄槌を下しているのか…。チームは捜査に乗り出す。

海軍の軍曹が殺された。彼は戦功を称えられた英雄だった。チームが捜査を進める中、ギブスは彼らしくない振る舞いをする。捜査を放り出して現場を立ち去った後、精神科医グレイス･カンファローン（ローラ･サン･ジャコモ）に助言を求めた。

元FBI捜査官トバイアス･フォーネル（ジョー･スパーノ）の娘エミリー（ジュリエット･アンジェロ）があへん剤の過剰摂取で入院した。フォーネルはギブスに、何としてでも売人を見つけてほしいと頼む。一方ギブスは自分自身の心の闇と過去の行為の正義に悩まされる。シーズン16最終話。