スターゲイト アトランティス

レイスとの同盟が裏目に出たあと、チームは地球へ向かう2隻のハイヴシップを阻止する方法を見つける必要があった。ウィア博士は攻撃を命じ、シェパードは捕らわれているマッケイとロノンを救うため、マイケルに頼らざるを得なくなる。

レトロウイルスを使ってハイヴシップ全体のレイスを人間へと変えることに成功したチームは、囚われた者たちを冷凍睡眠状態のままアトランティスへ連れ帰る。一方ウィア博士は、IOA（国際監視機関）が実施する独立調査に対峙しながら、継続して自身の指揮権を守ろうとする。

チームは、敬愛される指導者がいる小さな村に遭遇する。ベケットはすぐさまその人物に心を奪われ、彼をアトランティスへ連れてくる。しかしまもなく、マッケイは指導者ルシウスが何らかのフェロモンを使って周囲の人々を魅了していることを突き止める。

村を探索していたチームは、ロノンが知らぬ間にレイスを引き寄せてしまったことで突如攻撃を受け、捕らわれてしまう。村人たちはシェパードとテイラを解放し、二人は攻撃部隊を編成する。しかし二人が戻ると、村はすでに壊滅していたのだった。

マッケイ博士は、放棄されたエンシェントの実験施設への手がかりを発見する。その場でチームは、数百万ものエンシェントが暮らす巨大都市を発見。同盟締結を願うウィアだったが、指導者オベロスにその提案を拒否され、ショックを受ける。

ワシントンD.C.郊外の精神病院で目を覚ましたウィアは、この2年間のアトランティスでの経験がすべて自分の想像だったと知らされ、衝撃を受ける。彼女は、自動車事故が原因で妄想性精神障害を患っているという。

通信コードによって惑星へ呼び出されたチームは、幹部から追放された後に、自らジェニイの派閥を立ち上げたコルヤの待ち伏せを受ける。チームの残りはなんとか脱出するが、シェパードは捕らわれてしまう。

マッケイは、疎遠になっている妹ジーニー・ミラーに空軍への協力を説得するため、地球へ呼び戻される。マッケイとジーニーはアトランティスへ向かい、実験を開始する。実験は当初順調に進むが、並行宇宙からもう一人のマッケイが現れ、事態は一変する。

レナード少佐のチームが任務中にアトランティスと連絡を取れなくなる。少佐と部下たちを見つける希望を胸に、マッケイはチームを率いて洞窟へ向かう。そしてエネルギー急上昇の原因がレイスの発電装置であることを突き止める。

目覚めたエンシェントたちはオニールとウールジーに会い、都市を守ってくれたことに感謝すると同時に、アトランティスを明け渡すよう求める。ロノンとテイラはペガサス銀河に留まる一方で、残りのメンバーは地球での日常生活を取り戻そうと奮闘する。

レプリケーターの血なまぐさいクーデターで唯一生き残ったオニールとウールジーは、都市の廃墟となった一角に潜伏する。もしレプリケーターが足場を築いた場合には、ランドリーがアトランティスを核攻撃する使命を負っていることを知り、二人は身を潜めて運命を待つことに。

テイラは苦しむエンシェントたちの幻影を見るようになり、それが最近レプリケーターによって虐殺されたエンシェントの亡霊だと信じるようになる。一方マッケイは、1年前に沈没したパドルジャンパーに閉じ込められていた際に、自分を救ったクジラを見つけたと思い込むのだった。

チームは、ジェニイとレイスの両方を打ち負かしたという伝説の偉大な戦士の噂を耳にし、新たな味方を得ることを期待して戦士を探しに行く。しかし、その偉大な戦士がルシウス本人だと知ると、チームは、彼がまた昔の手口を使っていると考えるのだった。

レプリケーターによって殺される前にエンシェントたちが最近起動させた、すべての非必須システムを停止して電力を節約しようとするマッケイ。だが、誤って謎の装置から放たれたエネルギービームを受けてしまう。

ローンは、軌道上に数十個の衛星を持つ惑星を発見する。しかし、この惑星の住民はルネサンス期程度の技術しか持たず、マッケイの顔が描かれた旗を掲げていた。チームは、以前見つけたゲームが単なるゲーム以上のものかもしれないと気づく。

廃棄された宇宙ステーションを調査していたマッケイは、誤ってその基地の科学者の一人を冷凍睡眠状態から目覚めさせてしまう。その科学者はチームに、この基地が自分たちの種族がレイスによる度重なる虐殺を避けるための最後の試みであったことを説明する。

都市全体が個人休暇を取るよう指示され、チームはできるだけリラックスして自由な時間を楽しもうとする。しかし、予告もなく謎の爆発が都市を襲い、無防備な市民が死亡し負傷してしまう。

チームは、エンシェントたちが休眠状態で残した移動式海洋地熱掘削ステーションを海中で捜索する。慎重にステーションを探索する中で、テイラはレイスの存在を感知する。しかしウィアは、それが水圧の影響だと考え、チームに探索を続けさせる。

タラナン族の移住を手助けした後、アトランティスのチームは長い間その村からの連絡がないことに気づく。村は放棄されたように見えたが、マッケイが地表のはるか下に生命反応を検知する。

アトランティスの上空の軌道にターゲイトを搭載した衛星が乗ると、チームは衝撃に見舞われる。衛星のスターゲイトがエネルギービームを発射して都市を攻撃し始めると、マッケイはエンシェントの手法を参考に、アトランティスを再び海中に沈めることを選択する。