Alice torna in Istituto e tra i compiti che la Wally le affida c’è quello di fare da tutor a Erika, una nuova specializzanda. Nei sotterranei di un’area archeologica, vengono ritrovate delle ossa umane. Alice e Claudio si recano sul posto. Qui Alice fa la conoscenza del fascinoso PM Sergio Einardi e scopre che, tra l’uomo e Conforti, c’è un misterioso rancore legato al passato.

Claudio e Alice continuano ad avere punti di vista opposti sull’amore. Nel frattempo Ambra scompare misteriosamente e Claudio sembra essere molto preoccupato. Una rapina in farmacia degenerata in omicidio porta Alice e Conforti a incontrare nuovamente Einardi, il quale anche stavolta non nasconde un vivo interesse per l’allieva.

Durante le indagini per il tentato omicidio di una regista teatrale, Alice intuisce il motivo della ruggine tra Conforti ed Einardi: tra i due c’è una guerra che rischia di coinvolgerla. Nel corso delle indagini, che tirano in ballo anche Cordelia, la coinquilina di Alice, una formidabile intuizione scientifica dell’allieva svela il movente del tentato omicidio.

Claudio ha una proposta per Alice: accetterà di ufficializzare la loro relazione e di aprirsi al progetto di una famiglia con lei, a patto che Alice lasci l’Istituto. Alice resta di sasso: un aut aut così è impossibile da accettare. Nel frattempo, un delitto avvenuto su una barca a vela rende ancora più vicini l’allieva e il PM Einardi.

Alice confessa a Claudio quello che è successo con Einardi. L’omicidio di un addetto alla manutenzione del cimitero cattura l’interesse dell’allieva: la sua collega e amica Lara sembra essere coinvolta nella vicenda. Sul fronte sentimentale, intanto, Conforti non cessa le ostilità, mentre Einardi continua il suo corteggiamento. Alice si sente sempre più confusa.

Il delitto di un giovane detenuto libico porta Alice a contatto con il mondo penitenziario. Claudio cerca di riavvicinarsi alla ragazza, ma le intromissioni di Einardi non fanno che alimentare le incomprensioni. Alice deve ammettere che la corte del brillante PM le fa piacere e, quando l’uomo la invita a passare un fine settimana in campagna, la ragazza accetta.

Alice è convinta di essere stata “usata” da Einardi. Intanto Calligaris li convoca presso una scuola dove uno studente è morto cadendo da una struttura in costruzione. Mentre segue gli sviluppi dell’indagine, Alice apprende dall’ex moglie del PM che cosa è successo in passato tra Einardi e Conforti. Conoscere la verità non la farà stare meglio.

Un chirurgo viene ucciso durante una rapina in casa. Nel corso delle indagini, i dubbi sentimentali di Alice su Claudio si mischiano a quelli professionali: è quasi certa che Conforti stia nascondendo qualcosa sul caso che stanno seguendo. Lo spirito d’osservazione di Alice sarà decisivo per comprendere quanto è accaduto e per permettere a Claudio di svelare i motivi del suo strano comportamento.

Tra Alice e Claudio sembra essere tornato il sereno. La morte di uno studente americano dedito ad aiutare i senzatetto, farà incontrare nuovamente l’allieva ad Einardi, ancora interessato a lei. L’improvviso ritorno di Arthur, però, rimetterà tutto in gioco.

Un misterioso malore provoca la morte di una giovane oboista e il sopralluogo compiuto da Conforti e Alice in un lussuoso studio di registrazione porta l’allieva a riflettere su pulsioni umane come la gelosia, l’invidia per il talento e l’ambizione sfrenata. In Istituto, intanto, viene comunicato il vincitore del concorso per Baltimora.

Claudio annuncia ad Alice che probabilmente diventerà direttore dell’Istituto e dice alla ragazza di voler conoscere i suoi genitori, per ufficializzare il loro amore. L’atmosfera romantica viene bruscamente interrotta dal tragico ferimento del vicequestore Calligaris davanti l’ingresso dell’istituto. Le indagini allontaneranno progressivamente Claudio e Alice.

Un allenatore podistico viene ritrovato cadavere ai bordi di una pista. Si tratta di un’indagine complicata, con un’unica testimone ipovedente. Alice, nel frattempo, deve riflettere sui suoi sentimenti verso Arthur che le rivela di voler tornare a vivere a Roma pur di starle vicino.