Shinji våkner opp etter 14 år om bord AAA Wunder, kampskipet til en anti-NERV-organisasjon grunnlagt av tidligere NERV-medlemmer. Shinji hører Reis stemme fra EVA Mark-09, som er sendt for å redde ham, så han forlater Wunder og drar til NERV. Kaworu Nagisa viser Shinji det forvandlede landet. Han får vite at å redde Rei utløste Det tredje nedslaget, som førte til katastrofale skader på jorden.
