I pilotepisoden av "Butterfly" møter vi David Jung, en koreansk-amerikansk mann som fingerte sin egen død for ni år siden. Han blir konfrontert med fortiden sin når datteren hans, Rebecca, som nå jobber som snikmorder for det private etterretningsbyrået Caddis, blir sendt for å drepe ham.

David og Rebecca er på rømmen fra Caddis etter et spenningsfylt stopp ved en politibarrikade, men den uventede gjenforeningen byr på vonde følelser da Rebecca er bitter over at faren forlot henne.

Rebecca, David og familien rømmer til et skjulested i kystbyen Busan. Det blir anspent mens Rebecca sliter med tanken på farens nye familie. En sjokkerende avsløring om David og Junos fortid kommer etter en voldelig konfrontasjon på en småbåthavn.

Etter at de har bortført Oliver, bruker David og Rebecca informasjonen de får fra ham til å klekke ut en plan for å ta Juno. Veien fører tilbake til Seoul, der Gun og Caddis venter.

Juno avhører Oliver og får vite at han svek henne mens han ble holdt fanget av David. Samtidig fører David og Rebecca en PSYOP-kampanje mot Juno. Planen er å splitte henne og Oliver og knuse Caddis en gang for alle.

David følger etter Rebecca etter at hun blir tatt til fange av Juno og andre Caddis-agenter. Det fører til en intens jakt og et brutalt bakholdsangrep ved en forlatt fabrikk.