Kaname Chidori: una normalissima studentessa delle superiori la cui tranquilla vita verrà presto sconvolta dall'arrivo di un nuovo alunno, Sousuke Sagara. Questi, un fissato di roba militare attento a non perderla mai di vista, è in realtà un membro della Mithril, un'organizzazione super partes votata alla lotta contro il terrorismo.

Sousuke si rivela essere una vera e propria calamità naturale e la tolleranza di Kaname nei confronti del nuovo arrivato sembra destinata a scendere sempre più. Se prima è indispettita dall'essere palesemente pedinata dal ragazzo, lo è ancor di più quando, ad ogni sua richiesta di spiegazioni, questi le risponde che si tratta solo di casuali coincidenze.

Mentre all'Istituto Superiore Jindai Kaname è impegnata ad affidare agli studenti le mansioni da svolgere durante la gita scolastica, sull'ipertecnologico sottomarino Tuatha De Danaan il colonnello Teletha Testarossa si appresta a lanciare l'offensiva contro un centro ricerche russo.

L'aereo su cui viaggiano Sousuke e gli studenti della quarta sezione del secondo anno subisce un dirottamento ad opera di un gruppo di terroristi interessati a Kaname Chidori. Alla testa del gruppo Sousuke riconosce Gauron, un suo vecchio avversario che dovrebbe essere morto proprio per mano sua.

Kaname viene sottoposta a una serie di test mirati a stabilire se lei sia o meno una whispered. Contrariata per quello che sta subendo, la ragazza tenta la fuga, ma sarà solo l'intervento di Sousuke a permetterle di scappare.

Le forze d'attacco della Mithril riescono ad avere la meglio sui terroristi di Khanka e a mettere in salvo gli ostaggi nel tempo prestabilito, ma sono sfortunatamente costrette a rinunciare al recupero dei tre dispersi: Kurz, Sousuke e Kaname.

Sousuke si trova ora a bordo dell'Arbalest ma, nonostante si tratti di un modello particolarmente potente, non sembra poter nulla contro l'AS argentato pilotato da Gauron. Sarà Kaname a fornire a Sousuke un aiuto determinante.

Finiti i problemi coi terroristi, la vita di Kaname Chidori ritorna alla normalità, ma i guai non le danno tregua. Questa volta il problema si chiama Mizuki Inaba, una ragazza gelosa di Kaname in quanto il suo ragazzo l'ha lasciata interessato a lei.

Teletha lascia il De Danaan per raggiungere il maggiore Kalinin a Tokyo, dove è stato arrestato un giovane, Takuma Kugayama, che pare aver subito un trattamento volto a permettergli di usare il lambda driver. Mentre Teletha e Kalinin sono nel centro di ricerche in cui è ricoverato il ragazzo, il gruppo di terroristi a cui questi appartiene sferra un attacco nel tentativo di liberarlo.

Kaname, intenzionata a chiedere scusa a Sousuke per essersi arrabbiata senza motivo, si reca a casa sua portandogli la cena. Continua a risultarle difficile credere che la giovanissima ragazza che trova in sua compagnia sia in realtà un suo superiore e la presenza di Takuma ammanettato ad un letto la incuriosce ulteriormente.

Mentre il maggiore Kalinin, immobilizzato a letto, ascolta la storia di Seina, che si rivela essere a capo del gruppo terroristico A-21, Sousuke, Kurz e Mao si mettono sulle tracce di Kaname e Teletha, che sono state portate via insieme a Takuma.

Takuma, una volta salito a bordo del Behemoth, comincia a seminare morte e distruzione in città. Nel frattempo Sousuke, Kurz e Kaname cercano disperatamente di fuggire dalla sua furia a bordo di un furgone.

Teletha, in una giornata in cui è particolarmente di cattivo umore, si lascia coinvolgere in un'accesa discussione con Mao. La giovane sergente maggiore non accetta infatti di essere definita "ultima ruota del carro dell'esercito" dal suo superiore, accusandola di non essere neppure in grado di pilotare un AS.

È estate ma Kaname, pur sognando di passare le vacanze al mare su bianche distese di sabbia, si ritrova a Narashino nell'ambito dell'annuale Festival della guarnigione, in cui la squadra di AS del posto e quella di Nerima si sfidano in una sorta di torneo sportivo.

Sousuke viene chiamato a partecipare a una missione in Hermajistan con l'uccisione del redivivo Gauron come obiettivo principale. Il ragazzo si troverà a combattere insieme ad una squadra delle forze della Mithril stanziate nell'Oceano Indiano, dei mercenari americani piuttosto contrariati dalla presenza di un ragazzo nella loro squadra.

Gli avvertimenti di Sousuke vengono ignorati e, quando la sua squadra si trova ad affrontare il potente AS di Gauron, la situazione precipita. Bill perde la vita e Batist viene gravemente ferito. Sarà solo l'intervento di Sousuke a permettere agli altri di fuggire.

Agli ordini di Gauron c'è Zaied, un mercenario che un tempo aveva fatto parte dello stesso gruppo di guerriglieri in cui aveva combattuto Sousuke in Hermajistan. Essendo stato lui a insegnare a Sousuke tutte le migliori tattiche e strategie di battaglia, non gli riesce difficile capire dove si sia rifugiata la squadra della Mithril e la tattica che questa userà per difendersi.

Kaname è ormai rassegnata a passare l'ultima settimana delle sue vacanze estive a casa da sola, fino a quando non riceve da Sousuke un invito ad andare con lui su un'isola del sud. La ragazza accoglie con entusiasmo la notizia ma, non appena scopre che la destinazione altro non è che una base della Mithril, il suo umore torna a essere dei peggiori.

Il Tuatha De Danaan è ormai vicino al luogo dove si terranno le operazioni, ma Tessa, Mao e Kaname ne approfittano ugualmente per prendersi un momento di relax facendo un bagno caldo. Tra una chiacchiera e l'altra, Mao comincia a raccontare del suo primo incontro con Kurz e Sousuke.

Prima dell'inizio delle operazioni, Teletha chiede a Kaname di incontrarla nei suoi alloggi per parlarle dei whispered e del "contatto" avvenuto tra loro durante la battaglia contro il Behemoth. Le confessa di essere anche lei una whispered, individui dotati della facoltà di fondere le proprie menti attraverso quella che si chiama "risonanza", riuscendo così a comunicare tra loro.

Gauron viene fatto salire a bordo del De Danaan come prigioniero. Sousuke si sente responsabile per quanto successo a Mao durante l'operazione ed il suo umore è pessimo. Kaname si preoccupa del ragazzo e parla con lui nella speranza di risollevare il suo morale, ma questi le risponde sgarbatamente e la ragazza, non prima di aver fatto una delle sue solite sfuriate, scappa via piangendo.

L'AI del De Danaan ora obbedisce solo agli ordini di Gauron, ma Tessa è a conoscenza di un modo per riprendere il controllo del sottomarino. Conscia di avere dei pessimi riflessi, la giovane comandante usa i suoi poteri di whispered per entrare in risonanza con Kaname, tenuta prigioniera insieme a lei sul ponte di comando.

Gauron lancia un attacco a una nave statunitense, ma fortunatamente Teletha ha fatto rimuovere le testate dai missili e, per quanto riporti dei danni, la nave non viene distrutta. Resosi conto dell'accaduto, il Pasadena, sottomarino che da tempo sta dando la caccia alla "toy box", non perde l'occasione di lanciare i suoi siluri contro il De Danaan.

Gauron è riuscito a salire sul suo AS, il Venom, ma Sousuke lo contrasta a bordo del suo Arbalest. Dopo un breve combattimento Gauron, nonostante si dichiari sconfitto, attiva il dispositivo di autodistruzione del suo AS, la cui esplosione potrebbe segnare la fine del De Danaan.